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- EMDB-60274: SARS-CoV-2 XBB.1.5 spike glycoprotein trimer in complex with anti... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-60274
タイトルSARS-CoV-2 XBB.1.5 spike glycoprotein trimer in complex with antigen-binding fragments (Fabs)
マップデータb-factor sharpened map
試料
  • 複合体: SARS-CoV-2 XBB.1.5 spike glyco protein-human Fab complex
    • 複合体: Antigen-binding fragments (Fab)
    • 複合体: SARS-CoV-2 XBB.1.5 spike glyco protein
キーワードComplex / VIRAL PROTEIN
生物種SARS-CoV-2 (ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.76 Å
データ登録者Sugita Y / Kimura K / Noda T / Hashiguchi T
資金援助 日本, 1件
OrganizationGrant number国
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP21ym0126048 日本
引用ジャーナル: EBioMedicine / 年: 2024
タイトル: Induction of IGHV3-53 public antibodies with broadly neutralising activity against SARS-CoV-2 including Omicron subvariants in a Delta breakthrough infection case.
著者: Takeo Kuwata / Yu Kaku / Shashwata Biswas / Kaho Matsumoto / Mikiko Shimizu / Yoko Kawanami / Ryuta Uraki / Kyo Okazaki / Rumi Minami / Yoji Nagasaki / Mami Nagashima / Isao Yoshida / Kenji ...著者: Takeo Kuwata / Yu Kaku / Shashwata Biswas / Kaho Matsumoto / Mikiko Shimizu / Yoko Kawanami / Ryuta Uraki / Kyo Okazaki / Rumi Minami / Yoji Nagasaki / Mami Nagashima / Isao Yoshida / Kenji Sadamasu / Kazuhisa Yoshimura / Mutsumi Ito / Maki Kiso / Seiya Yamayoshi / Masaki Imai / Terumasa Ikeda / Kei Sato / Mako Toyoda / Takamasa Ueno / Takako Inoue / Yasuhito Tanaka / Kanako Tarakado Kimura / Takao Hashiguchi / Yukihiko Sugita / Takeshi Noda / Hiroshi Morioka / Yoshihiro Kawaoka / Shuzo Matsushita / /
要旨: BACKGROUND: Emergence of SARS-CoV-2 variants that escape neutralising antibodies hampers the development of vaccines and therapeutic antibodies against SARS-CoV-2. IGHV3-53/3-66-derived public ...BACKGROUND: Emergence of SARS-CoV-2 variants that escape neutralising antibodies hampers the development of vaccines and therapeutic antibodies against SARS-CoV-2. IGHV3-53/3-66-derived public antibodies, which are generally specific to the prototype virus and are frequently induced in infected or vaccinated individuals, show minimal affinity maturation and high potency against prototype SARS-CoV-2.
手法: Monoclonal antibodies isolated from a Delta breakthrough infection case were analysed for cross-neutralising activities against SARS-CoV-2 variants. The broadly neutralising antibody K4-66 ...手法: Monoclonal antibodies isolated from a Delta breakthrough infection case were analysed for cross-neutralising activities against SARS-CoV-2 variants. The broadly neutralising antibody K4-66 was further analysed in a hamster model, and the effect of somatic hypermutations was assessed using the inferred germline precursor.
FINDINGS: Antibodies derived from IGHV3-53/3-66 showed broader neutralising activity than antibodies derived from IGHV1-69 and other IGHV genes. IGHV3-53/3-66 antibodies neutralised the Delta variant ...FINDINGS: Antibodies derived from IGHV3-53/3-66 showed broader neutralising activity than antibodies derived from IGHV1-69 and other IGHV genes. IGHV3-53/3-66 antibodies neutralised the Delta variant better than the IGHV1-69 antibodies, suggesting that the IGHV3-53/3-66 antibodies were further maturated by Delta breakthrough infection. One IGHV3-53/3-66 antibody, K4-66, neutralised all Omicron subvariants tested, including EG.5.1, BA.2.86, and JN.1, and decreased the viral load in the lungs of hamsters infected with Omicron subvariant XBB.1.5. The importance of somatic hypermutations was demonstrated by the loss of neutralising activity of the inferred germline precursor of K4-66 against Beta and Omicron variants.
INTERPRETATION: Broadly neutralising IGHV3-53/3-66 antibodies have potential as a target for the development of effective vaccines and therapeutic antibodies against newly emerging SARS-CoV-2 variants.
FUNDING: This work was supported by grants from AMED (JP23ym0126048, JP22ym0126048, JP21ym0126048, JP23wm0125002, JP233fa627001, JP223fa627009, JP24jf0126002, and JP22fk0108572), and the JSPS ...FUNDING: This work was supported by grants from AMED (JP23ym0126048, JP22ym0126048, JP21ym0126048, JP23wm0125002, JP233fa627001, JP223fa627009, JP24jf0126002, and JP22fk0108572), and the JSPS (JP21H02970, JK23K20041, and JPJSCCA20240006).
履歴
登録2024年5月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年11月6日-
マップ公開2024年11月6日-
更新2025年5月21日-
現状2025年5月21日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_60274.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_60274.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 152.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈b-factor sharpened map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.93 Å/pix.
x 342 pix.
= 316.35 Å		0.93 Å/pix.
x 342 pix.
= 316.35 Å		0.93 Å/pix.
x 342 pix.
= 316.35 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.925 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大-0.43544054 - 0.79701513
平均 (標準偏差)-0.00040951677 (±0.022052795)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ342342342
Spacing342342342
セルA=B=C: 316.35 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_60274_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: a locally refined map

ファイルemd_60274_additional_1.map
注釈a locally refined map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: a half map

ファイルemd_60274_half_map_1.map
注釈a half map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: a half map

ファイルemd_60274_half_map_2.map
注釈a half map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : SARS-CoV-2 XBB.1.5 spike glyco protein-human Fab complex

全体名称: SARS-CoV-2 XBB.1.5 spike glyco protein-human Fab complex
要素
  • 複合体: SARS-CoV-2 XBB.1.5 spike glyco protein-human Fab complex
    • 複合体: Antigen-binding fragments (Fab)
    • 複合体: SARS-CoV-2 XBB.1.5 spike glyco protein

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超分子 #1: SARS-CoV-2 XBB.1.5 spike glyco protein-human Fab complex

超分子名称: SARS-CoV-2 XBB.1.5 spike glyco protein-human Fab complex
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: SARS-CoV-2 (ウイルス) / 株: XBB.1.5

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超分子 #2: Antigen-binding fragments (Fab)

超分子名称: Antigen-binding fragments (Fab) / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #3: SARS-CoV-2 XBB.1.5 spike glyco protein

超分子名称: SARS-CoV-2 XBB.1.5 spike glyco protein / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: SARS-CoV-2 (ウイルス) / 株: XBB.1.5

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R0.6/1 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.02 kPa / 詳細: 10 mA
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5469 / 平均電子線量: 52.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm / 倍率（公称値）: 150000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1222638
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.1.1) / タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.76 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.1.1) / 使用した粒子像数: 60704
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.1.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.1.1)
最終 3次元分類クラス数: 1 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.1.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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