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- EMDB-60160: Cryo-EM structure of pAg-bound BTN2A1-BTN3A1-BTN3A3 in complex wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-60160
タイトルCryo-EM structure of pAg-bound BTN2A1-BTN3A1-BTN3A3 in complex with Vgamma9-Vdelta2 TCR (G115 genotype)
マップデータ
試料
  • 複合体: Human BTN complex
    • タンパク質・ペプチド: Butyrophilin subfamily 2 member A1
    • タンパク質・ペプチド: T cell receptor delta variable 2, T cell receptor delta constant 1
    • タンパク質・ペプチド: Butyrophilin subfamily 3 member A3
    • タンパク質・ペプチド: Butyrophilin subfamily 3 member A1
    • タンパク質・ペプチド: T cell receptor gamma variable 9, T cell receptor gamma constant 1
  • リガンド: (2E)-4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl trihydrogen diphosphate
キーワードReceptor / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


Butyrophilin (BTN) family interactions / T cell mediated immunity / activated T cell proliferation / regulation of cytokine production / positive regulation of cytokine production / lipid metabolic process / positive regulation of type II interferon production / T cell receptor signaling pathway / adaptive immune response / nuclear body ...Butyrophilin (BTN) family interactions / T cell mediated immunity / activated T cell proliferation / regulation of cytokine production / positive regulation of cytokine production / lipid metabolic process / positive regulation of type II interferon production / T cell receptor signaling pathway / adaptive immune response / nuclear body / signaling receptor binding / external side of plasma membrane / intracellular membrane-bounded organelle / nucleoplasm / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Butyrophilin subfamily 1/2, SPRY/PRY domain / Butyrophilin subfamily 3, PRY/SPRY domain / : / : / Butyrophilin subfamily 3 member A2-like, Ig-C domain / SPRY-associated domain / SPRY-associated / PRY / Butyrophylin-like, SPRY domain / SPRY domain ...Butyrophilin subfamily 1/2, SPRY/PRY domain / Butyrophilin subfamily 3, PRY/SPRY domain / : / : / Butyrophilin subfamily 3 member A2-like, Ig-C domain / SPRY-associated domain / SPRY-associated / PRY / Butyrophylin-like, SPRY domain / SPRY domain / B30.2/SPRY domain / B30.2/SPRY domain profile. / B30.2/SPRY domain superfamily / Domain in SPla and the RYanodine Receptor. / SPRY domain / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Butyrophilin subfamily 3 member A3 / Butyrophilin subfamily 3 member A1 / Butyrophilin subfamily 2 member A1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Xin W / Huang B / Su Q / Zhou Q
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32100975 中国
引用ジャーナル: Biorxiv / 年: 2025
タイトル: Phosphoantigen-Driven Dissociation of Butyrophilin Oligomers Activates gamma delta T Cells
著者: Xin W / Huang B / Gao W / Zhang W / Hu Y / Liu Y / Liang E / Shi Y / Su Q / Zhou Q
履歴
登録2024年5月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年11月26日-
マップ公開2025年11月26日-
更新2025年11月26日-
現状2025年11月26日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_60160.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_60160.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.09 Å/pix.
x 400 pix.
= 434.8 Å		1.09 Å/pix.
x 400 pix.
= 434.8 Å		1.09 Å/pix.
x 400 pix.
= 434.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.087 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.00386
最小 - 最大-0.011588788 - 0.029699279
平均 (標準偏差)0.0000015591738 (±0.0005802027)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 434.80002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_60160_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_60160_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_60160_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Human BTN complex

全体名称: Human BTN complex
要素
  • 複合体: Human BTN complex
    • タンパク質・ペプチド: Butyrophilin subfamily 2 member A1
    • タンパク質・ペプチド: T cell receptor delta variable 2, T cell receptor delta constant 1
    • タンパク質・ペプチド: Butyrophilin subfamily 3 member A3
    • タンパク質・ペプチド: Butyrophilin subfamily 3 member A1
    • タンパク質・ペプチド: T cell receptor gamma variable 9, T cell receptor gamma constant 1
  • リガンド: (2E)-4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl trihydrogen diphosphate

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超分子 #1: Human BTN complex

超分子名称: Human BTN complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 213 kDa/nm

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分子 #1: Butyrophilin subfamily 2 member A1

分子名称: Butyrophilin subfamily 2 member A1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 60.684453 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDMRVPAQLL GLLLLWLSGA RCQFIVVGPT DPILATVGEN TTLRCHLSPE KNAEDMEVRW FRSQFSPAVF VYKGGRERTE EQMEEYRGR TTFVSKDISR GSVALVIHNI TAQENGTYRC YFQEGRSYDE AILHLVVAGL GSKPLISMRG HEDGGIRLEC I SRGWYPKP ...文字列:
MDMRVPAQLL GLLLLWLSGA RCQFIVVGPT DPILATVGEN TTLRCHLSPE KNAEDMEVRW FRSQFSPAVF VYKGGRERTE EQMEEYRGR TTFVSKDISR GSVALVIHNI TAQENGTYRC YFQEGRSYDE AILHLVVAGL GSKPLISMRG HEDGGIRLEC I SRGWYPKP LTVWRDPYGG VAPALKEVSM PDADGLFMVT TAVIIRDKSV RNMSCSINNT LLGQKKESVI FIPESFMPSV SP CAVALPI IVVILMIPIA VCIYWINKLQ KEKKILSGEK EFERETREIA LKELEKERVQ KEEELQVKEK LQEELRWRRT FLH AVDVVL DPDTAHPDLF LSEDRRSVRR CPFRHLGESV PDNPERFDSQ PCVLGRESFA SGKHYWEVEV ENVIEWTVGV CRDS VERKG EVLLIPQNGF WTLEMHKGQY RAVSSPDRIL PLKESLCRVG VFLDYEAGDV SFYNMRDRSH IYTCPRSAFS VPVRP FFRL GCEDSPIFIC PALTGANGVT VPEEGLTLHR VGTHQSLGSS GMDYKDDDDK

UniProtKB: Butyrophilin subfamily 2 member A1

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分子 #2: T cell receptor delta variable 2, T cell receptor delta constant 1

分子名称: T cell receptor delta variable 2, T cell receptor delta constant 1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 22.746854 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: IELVPEHQTV PVSIGVPATL RCSMKGEAIG NYYINWYRKT QGNTMTFIYR EKDIYGPGFK DNFQGDIDIA KNLAVLKILA PSERDEGSY YCASDTLGMG GEYTDKLIFG KGTRVTVEPR SQPHTKPSVF VMKNGTNVAC LVKEFYPKDI RINLVSSKKI T EFDPAIVI ...文字列:
IELVPEHQTV PVSIGVPATL RCSMKGEAIG NYYINWYRKT QGNTMTFIYR EKDIYGPGFK DNFQGDIDIA KNLAVLKILA PSERDEGSY YCASDTLGMG GEYTDKLIFG KGTRVTVEPR SQPHTKPSVF VMKNGTNVAC LVKEFYPKDI RINLVSSKKI T EFDPAIVI SPSGKYNAVK LGKYEDSNSV TCSVQHDNKT VHSTDF

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分子 #3: Butyrophilin subfamily 3 member A3

分子名称: Butyrophilin subfamily 3 member A3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 65.729406 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDMRVPAQLL GLLLLWLSGA RCQFSVLGPS GPILAMVGED ADLPCHLFPT MSAETMELRW VSSSLRQVVN VYADGKEVED RQSAPYRGR TSILRDGITA GKAALRIHNV TASDSGKYLC YFQDGDFYEK ALVELKVAAL GSDLHIEVKG YEDGGIHLEC R STGWYPQP ...文字列:
MDMRVPAQLL GLLLLWLSGA RCQFSVLGPS GPILAMVGED ADLPCHLFPT MSAETMELRW VSSSLRQVVN VYADGKEVED RQSAPYRGR TSILRDGITA GKAALRIHNV TASDSGKYLC YFQDGDFYEK ALVELKVAAL GSDLHIEVKG YEDGGIHLEC R STGWYPQP QIKWSDTKGE NIPAVEAPVV ADGVGLYAVA ASVIMRGSSG GGVSCIIRNS LLGLEKTASI SIADPFFRSA QP WIAALAG TLPISLLLLA GASYFLWRQQ KEKIALSRET EREREMKEMG YAATEQEISL REKLQEELKW RKIQYMARGE KSL AYHEWK MALFKPADVI LDPDTANAIL LVSEDQRSVQ RAEEPRDLPD NPERFEWRYC VLGCENFTSG RHYWEVEVGD RKEW HIGVC SKNVERKKGW VKMTPENGYW TMGLTDGNKY RALTEPRTNL KLPEPPRKVG IFLDYETGEI SFYNATDGSH IYTFP HASF SEPLYPVFRI LTLEPTALTI CPIPKEVESS PDPDLVPDHS LETPLTPGLA NESGEPQAEV TSLLLPAHPG AEVSPS ATT NQNHKLQART EALYGSSGHH HHHHHH

UniProtKB: Butyrophilin subfamily 3 member A3

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分子 #4: Butyrophilin subfamily 3 member A1

分子名称: Butyrophilin subfamily 3 member A1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 54.42882 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QFSVLGPSGP ILAMVGEDAD LPCHLFPTMS AETMELKWVS SSLRQVVNVY ADGKEVEDRQ SAPYRGRTSI LRDGITAGKA ALRIHNVTA SDSGKYLCYF QDGDFYEKAL VELKVAALGS DLHVDVKGYK DGGIHLECRS TGWYPQPQIQ WSNNKGENIP T VEAPVVAD ...文字列:
QFSVLGPSGP ILAMVGEDAD LPCHLFPTMS AETMELKWVS SSLRQVVNVY ADGKEVEDRQ SAPYRGRTSI LRDGITAGKA ALRIHNVTA SDSGKYLCYF QDGDFYEKAL VELKVAALGS DLHVDVKGYK DGGIHLECRS TGWYPQPQIQ WSNNKGENIP T VEAPVVAD GVGLYAVAAS VIMRGSSGEG VSCTIRSSLL GLEKTASISI ADPFFRSAQR WIAALAGTLP VLLLLLGGAG YF LWQQQEE KKTQFRKKKR EQELREMAWS TMKQEQSTRV KLLEELRWRS IQYASRGERH SAYNEWKKAL FKPADVILDP KTA NPILLV SEDQRSVQRA KEPQDLPDNP ERFNWHYCVL GCESFISGRH YWEVEVGDRK EWHIGVCSKN VQRKGWVKMT PENG FWTMG LTDGNKYRTL TEPRTNLKLP KPPKKVGVFL DYETGDISFY NAVDGSHIHT FLDVSFSEAL YPVFRILTLE PTALT ICPA

UniProtKB: Butyrophilin subfamily 3 member A1

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分子 #5: T cell receptor gamma variable 9, T cell receptor gamma constant 1

分子名称: T cell receptor gamma variable 9, T cell receptor gamma constant 1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 25.92758 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: GHLEQPQISS TKTLSKTARL ECVVSGITIS ATSVYWYRER PGEVIQFLVS ISYDGTVRKE SGIPSGKFEV DRIPETSTST LTIHNVEKQ DIATYYCALW EAQQELGKKI KVFGPGTKLI ITDKQLDADV SPKPTIFLPS IAETKLQKAG TYLCLLEKFF P DVIKIHWQ ...文字列:
GHLEQPQISS TKTLSKTARL ECVVSGITIS ATSVYWYRER PGEVIQFLVS ISYDGTVRKE SGIPSGKFEV DRIPETSTST LTIHNVEKQ DIATYYCALW EAQQELGKKI KVFGPGTKLI ITDKQLDADV SPKPTIFLPS IAETKLQKAG TYLCLLEKFF P DVIKIHWQ EKKSNTILGS QEGNTMKTND TYMKFSWLTV PEESLDKEHR CIVRHENNKN GVDQEIIFPP I

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分子 #6: (2E)-4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl trihydrogen diphosphate

分子名称: (2E)-4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl trihydrogen diphosphate
タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: H6P
分子量理論値: 262.092 Da
Chemical component information

ChemComp-H6P:
(2E)-4-hydroxy-3-methylbut-2-en-1-yl trihydrogen diphosphate

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1023733
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.1) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 5) / 使用した粒子像数: 413213
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.1)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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