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万見
- EMDB-60115: Cryo-EM map of PpiD-YfgM-Bte1 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-60115
タイトルCryo-EM map of PpiD-YfgM-Bte1 complex
マップデータ
試料
  • 複合体: complex of PpiD-YfgM-Bte1
    • タンパク質・ペプチド: PpiD
    • タンパク質・ペプチド: YfgM
    • タンパク質・ペプチド: Bte1
キーワードcomplex / ISOMERASE
生物種Bacteroides (バクテリア) / Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア) / Bacteroides fragilis (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Xu JH / Chen Z / Gao X
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Cell Host Microbe / 年: 2025
タイトル: A human gut bacterium antagonizes neighboring bacteria by altering their protein-folding ability.
著者: Bentley Lim / Jinghua Xu / Igor H Wierzbicki / Carlos G Gonzalez / Zhe Chen / David J Gonzalez / Xiang Gao / Andrew L Goodman /
要旨: Antagonistic interactions play a key role in determining microbial community dynamics. Here, we report that one of the most widespread contact-dependent effectors in human gut microbiomes, Bte1, ...Antagonistic interactions play a key role in determining microbial community dynamics. Here, we report that one of the most widespread contact-dependent effectors in human gut microbiomes, Bte1, directly targets the PpiD-YfgM periplasmic chaperone complex in related microbes. Structural, biochemical, and genetic characterization of this interaction reveals that Bte1 reverses the activity of the chaperone complex, promoting substrate aggregation and toxicity. Using Bacteroides, we show that Bte1 is active in the mammalian gut, conferring a fitness advantage to expressing strains. Recipient cells targeted by Bte1 exhibit sensitivity to membrane-compromising conditions, and human gut microbes can use this effector to exploit pathogen-induced inflammation in the gut. Further, Bte1 allelic variation in gut metagenomes provides evidence for an arms race between Bte1-encoding and immunity-encoding strains in humans. Together, these studies demonstrate that human gut microbes alter the protein-folding capacity of neighboring cells and suggest strategies for manipulating community dynamics.
履歴
登録2024年5月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年2月12日-
マップ公開2025年2月12日-
更新2025年2月26日-
現状2025年2月26日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_60115.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_60115.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 40.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.02 Å/pix.
x 220 pix.
= 224.4 Å		1.02 Å/pix.
x 220 pix.
= 224.4 Å		1.02 Å/pix.
x 220 pix.
= 224.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.02 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.2
最小 - 最大-2.4155216 - 3.0530672
平均 (標準偏差)-0.0005057843 (±0.06065011)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ220220220
Spacing220220220
セルA=B=C: 224.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_60115_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_60115_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : complex of PpiD-YfgM-Bte1

全体名称: complex of PpiD-YfgM-Bte1
要素
  • 複合体: complex of PpiD-YfgM-Bte1
    • タンパク質・ペプチド: PpiD
    • タンパク質・ペプチド: YfgM
    • タンパク質・ペプチド: Bte1

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超分子 #1: complex of PpiD-YfgM-Bte1

超分子名称: complex of PpiD-YfgM-Bte1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Bacteroides (バクテリア)

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分子 #1: PpiD

分子名称: PpiD / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MQPHQAHDVG EVNGDALSAQ EYQNLVEEYT EVIKLSRGVT ALNDEQTNQV RDEVWRSYVN NKLVEKEAKA LGLTVSAAEI QDILKAGVHP LLQQTPFRNP QTGAFDKDML NKFLVDYAKM NESQMPAQYA EQYNNMYKYW SFIQKTLVQS RLAEKYQALV AKALLSNPVE ...文字列:
MQPHQAHDVG EVNGDALSAQ EYQNLVEEYT EVIKLSRGVT ALNDEQTNQV RDEVWRSYVN NKLVEKEAKA LGLTVSAAEI QDILKAGVHP LLQQTPFRNP QTGAFDKDML NKFLVDYAKM NESQMPAQYA EQYNNMYKYW SFIQKTLVQS RLAEKYQALV AKALLSNPVE AQDAFDARVN QYDLLMAAVP YSSIVDSTIV VKESELKDLY NKKKEQFKQY QESRDIKYID VQVTASAEDR AAIQQEVDEA TAQLATTTDD YTSFIRSVGS EAPYVDLFYN KTAFPSDVVA RLDSASVGSV YGPYYNGADN TINSFKVVAK TAAADSIEFR QIQVFAEDAL KTKALADSIY TAIKGGANFA DLAKKYGQTG ETNWMSSAQY EGAQIDGDNL KFISAINNTG VNEVVNLPLG QANVILQVTN KKAVKDKYKV AVVKREVEFS KETYNRAYND FSQFIAANPT AEKMIANAEE AGYKLLDRRD LYSSEHTIGG VRGTKEALRW AFSAKPGDVS GLYECGESDH MVAVALVGVT PEGYRPLKAV QDQLRAEIVK DKKAEKIMAD MKAANATSLD QYKAMSGAVS DSLKLVTFAA PAYVSALRSS EPLVGAYASV AEMNKLSAPI KGNAGVFVLQ MYGKDKLSDT FNAKDEEATL ANMHARFASR LMNDLYLKGK VKDTRYLFFL EHHHHHH

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分子 #2: YfgM

分子名称: YfgM / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
EEKAQAALFK GQEYFEQDAY EQALNGDSIG YVGFLKVADE YSGTKAANLA KAYAGICYAQ LGKYDEAVKM LDGFNGGDQM VAPAILGATG NCYAQLGQLD KAASTLLSAA DKADNNSLSP IFLMQAGEIL VKQGKYDDAV NAYTKIKDKY FQSYQAMDID KYIEQAKLMK K

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分子 #3: Bte1

分子名称: Bte1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacteroides fragilis (バクテリア)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: GKEIEIKKLP EFEAMVNAGN TTYTGLVEGI GYVYWTTETL YFIRTNPEQL WAIPKYQQIP FPYFQRKDAI IETKTLHTLH VLSKDELLKL DYDAYYAFYG IVEEMLKFIH RADAIKSYCE IPLPIIKSKG ALKGNDARNG ILSLGSQIND QIGAPLDAAN MLMDNKHIGK ...文字列:
GKEIEIKKLP EFEAMVNAGN TTYTGLVEGI GYVYWTTETL YFIRTNPEQL WAIPKYQQIP FPYFQRKDAI IETKTLHTLH VLSKDELLKL DYDAYYAFYG IVEEMLKFIH RADAIKSYCE IPLPIIKSKG ALKGNDARNG ILSLGSQIND QIGAPLDAAN MLMDNKHIGK IGDGLSLISI IDEVGNGEYW SAAGDILLFA AGKTKLSPYM TVISLGTWMY ETDLMQWRLA CINYSDYKKT LIKYRELQKK FESGDKSVEE KMNECHKILN SHYIEMQKNL GNLGVKF

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 151004
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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