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- EMDB-55480: The Cullin 2 RING VHL E3 ligase dimerised by the homoPROTAC CM11 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-55480
タイトルThe Cullin 2 RING VHL E3 ligase dimerised by the homoPROTAC CM11
マップデータ
試料
  • 複合体: The ternary complex of the heteropentameric CRL2VHL (VHL-ElonginC-ElonginC-Cul2-Rbx1) dimerized by the homoPROTAC CM11
    • タンパク質・ペプチド: Elongin-B
    • タンパク質・ペプチド: Elongin-C
    • タンパク質・ペプチド: Cullin-2
    • タンパク質・ペプチド: E3 ubiquitin-protein ligase RBX1, N-terminally processed
    • タンパク質・ペプチド: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
  • リガンド: (2~{S},4~{R})-1-[(2~{S})-2-[2-[2-[2-[2-[2-[2-[2-[[(2~{S})-3,3-dimethyl-1-[(2~{S},4~{R})-2-[[4-(4-methyl-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]methylcarbamoyl]-4-oxidanyl-pyrrolidin-1-yl]-1-oxidanylidene-butan-2-yl]amino]-2-oxidanylidene-ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethanoylamino]-3,3-dimethyl-butanoyl]-~{N}-[[4-(4-methyl-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]methyl]-4-oxidanyl-pyrrolidine-2-carboxamide
キーワードPROTAC / homoPROTAC / dimerizer / CM11 / VHL / von Hippel-Lindau / Cullin 2 / RING / E3 / ligase / targeted protein degradation
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of cellular response to hypoxia / cullin-RING-type E3 NEDD8 transferase / NEDD8 transferase activity / cullin-RING ubiquitin ligase complex / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / RHOBTB3 ATPase cycle / Cul7-RING ubiquitin ligase complex / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the C-end degron rule pathway / cellular response to chemical stress / Loss of Function of FBXW7 in Cancer and NOTCH1 Signaling ...regulation of cellular response to hypoxia / cullin-RING-type E3 NEDD8 transferase / NEDD8 transferase activity / cullin-RING ubiquitin ligase complex / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / RHOBTB3 ATPase cycle / Cul7-RING ubiquitin ligase complex / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the C-end degron rule pathway / cellular response to chemical stress / Loss of Function of FBXW7 in Cancer and NOTCH1 Signaling / transcription elongation factor activity / target-directed miRNA degradation / elongin complex / positive regulation of protein autoubiquitination / RNA polymerase II transcription initiation surveillance / protein neddylation / Replication of the SARS-CoV-1 genome / NEDD8 ligase activity / negative regulation of response to oxidative stress / VCB complex / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / SCF ubiquitin ligase complex / negative regulation of type I interferon production / ubiquitin-ubiquitin ligase activity / intracellular membraneless organelle / SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex / Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex / SUMOylation of ubiquitinylation proteins / negative regulation of mitophagy / Prolactin receptor signaling / Cul4B-RING E3 ubiquitin ligase complex / ubiquitin ligase complex scaffold activity / cullin family protein binding / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / protein monoubiquitination / negative regulation of signal transduction / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / protein K48-linked ubiquitination / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / negative regulation of TORC1 signaling / transcription-coupled nucleotide-excision repair / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / positive regulation of TORC1 signaling / regulation of cellular response to insulin stimulus / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / intrinsic apoptotic signaling pathway / protein serine/threonine kinase binding / negative regulation of autophagy / post-translational protein modification / T cell activation / Regulation of BACH1 activity / transcription corepressor binding / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / cellular response to amino acid stimulus / positive regulation of cell differentiation / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / Degradation of DVL / transcription elongation by RNA polymerase II / Degradation of GLI1 by the proteasome / GSK3B and BTRC:CUL1-mediated-degradation of NFE2L2 / Negative regulation of NOTCH4 signaling / G1/S transition of mitotic cell cycle / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / Hedgehog 'on' state / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / Degradation of GLI2 by the proteasome / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / RING-type E3 ubiquitin transferase / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / Degradation of beta-catenin by the destruction complex / DNA Damage Recognition in GG-NER / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / Evasion by RSV of host interferon responses / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / Dual Incision in GG-NER / Transcription-Coupled Nucleotide Excision Repair (TC-NER) / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / Formation of Incision Complex in GG-NER / Interleukin-1 signaling / cell morphogenesis / protein polyubiquitination / Orc1 removal from chromatin / Regulation of RAS by GAPs
類似検索 - 分子機能
von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta/alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / VHL superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain superfamily / VHL beta domain / VHL box domain / Zinc finger, RING-H2-type / RING-H2 zinc finger domain ...von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta/alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / VHL superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain superfamily / VHL beta domain / VHL box domain / Zinc finger, RING-H2-type / RING-H2 zinc finger domain / Cullin protein neddylation domain / : / Cullin, conserved site / Cullin family signature. / Cullin repeat-like-containing domain superfamily / Cullin protein, neddylation domain / Cullin / Cullin protein neddylation domain / Elongin-C / Elongin B / Cullin / Cullin, N-terminal / Cullin homology domain / Cullin homology domain superfamily / Cullin alpha solenoid domain / Cullin family profile. / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Ubiquitin-like domain superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
von Hippel-Lindau disease tumor suppressor / E3 ubiquitin-protein ligase RBX1 / Cullin-2 / Elongin-C / Elongin-B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.9 Å
データ登録者Crowe C / Ciulli A
資金援助European Union, 英国, 5件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)ERC-2012-StG-311460 DrugE3CRLsEuropean Union
European Research Council (ERC)875510European Union
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/R015791/1 英国
Wellcome Trust223816/Z/21/Z 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)PO 4050845509 英国
引用ジャーナル: Biorxiv / 年: 2025
タイトル: Linker-rigidified VHL homodimerizers convert degraders into stabilizers of non-ubiquitinable ternary complexes
著者: Crowe C / Salerno A / Sathe G / Marsh G / Maple H / Ciulli A
履歴
登録2025年10月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年12月3日-
マップ公開2025年12月3日-
更新2025年12月3日-
現状2025年12月3日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_55480.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_55480.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 824 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.74 Å/pix.
x 600 pix.
= 444. Å		0.74 Å/pix.
x 600 pix.
= 444. Å		0.74 Å/pix.
x 600 pix.
= 444. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.74 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0183
最小 - 最大-0.039400566 - 0.115613624
平均 (標準偏差)0.00050421513 (±0.0031562021)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ600600600
Spacing600600600
セルA=B=C: 444.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_55480_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_55480_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : The ternary complex of the heteropentameric CRL2VHL (VHL-ElonginC...

全体名称: The ternary complex of the heteropentameric CRL2VHL (VHL-ElonginC-ElonginC-Cul2-Rbx1) dimerized by the homoPROTAC CM11
要素
  • 複合体: The ternary complex of the heteropentameric CRL2VHL (VHL-ElonginC-ElonginC-Cul2-Rbx1) dimerized by the homoPROTAC CM11
    • タンパク質・ペプチド: Elongin-B
    • タンパク質・ペプチド: Elongin-C
    • タンパク質・ペプチド: Cullin-2
    • タンパク質・ペプチド: E3 ubiquitin-protein ligase RBX1, N-terminally processed
    • タンパク質・ペプチド: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
  • リガンド: (2~{S},4~{R})-1-[(2~{S})-2-[2-[2-[2-[2-[2-[2-[2-[[(2~{S})-3,3-dimethyl-1-[(2~{S},4~{R})-2-[[4-(4-methyl-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]methylcarbamoyl]-4-oxidanyl-pyrrolidin-1-yl]-1-oxidanylidene-butan-2-yl]amino]-2-oxidanylidene-ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethanoylamino]-3,3-dimethyl-butanoyl]-~{N}-[[4-(4-methyl-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]methyl]-4-oxidanyl-pyrrolidine-2-carboxamide

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超分子 #1: The ternary complex of the heteropentameric CRL2VHL (VHL-ElonginC...

超分子名称: The ternary complex of the heteropentameric CRL2VHL (VHL-ElonginC-ElonginC-Cul2-Rbx1) dimerized by the homoPROTAC CM11
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Elongin-B

分子名称: Elongin-B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.619226 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MDVFLMIRRH KTTIFTDAKE SSTVFELKRI VEGILKRPPD EQRLYKDDQL LDDGKTLGEC GFTSQTARPQ APATVGLAFR ADDTFEALC IEPFSSPPEL PDVM

UniProtKB: Elongin-B

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分子 #2: Elongin-C

分子名称: Elongin-C / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 10.740277 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MYVKLISSDG HEFIVKREHA LTSGTIKAML SGPGQFAENE TNEVNFREIP SHVLSKVCMY FTYKVRYTNS STEIPEFPIA PEIALELLM AANFLD

UniProtKB: Elongin-C

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分子 #3: Cullin-2

分子名称: Cullin-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 76.636797 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: KPRVVDFDET WNKLLTTIKA VVMLEYVERA TWNDRFSDIY ALCVAYPEPL GERLYTETKI FLENHVRHLH KRVLESEEQV LVMYHRYWE EYSKGADYMD CLYRYLNTQF IKKNKLTEAD LQYGYGGVDM NEPLMEIGEL ALDMWRKLMV EPLQAILIRM L LREIKNDR ...文字列:
KPRVVDFDET WNKLLTTIKA VVMLEYVERA TWNDRFSDIY ALCVAYPEPL GERLYTETKI FLENHVRHLH KRVLESEEQV LVMYHRYWE EYSKGADYMD CLYRYLNTQF IKKNKLTEAD LQYGYGGVDM NEPLMEIGEL ALDMWRKLMV EPLQAILIRM L LREIKNDR GGEDPNQKVI HGVINSFVHV EQYKKKFPLK FYQEIFESPF LTETGEYYKQ EASNLLQESN CSQYMEKVLG RL KDEEIRC RKYLHPSSYT KVIHECQQRM VADHLQFLHA ECHNIIRQEK KNDMANMYVL LRAVSTGLPH MIQELQNHIH DEG LRATSN LTQENMPTLF VESVLEVHGK FVQLINTVLN GDQHFMSALD KALTSVVNYR EPKSVCKAPE LLAKYCDNLL KKSA KGMTE NEVEDRLTSF ITVFKYIDDK DVFQKFYARM LAKRLIHGLS MSMDSEEAMI NKLKQACGYE FTSKLHRMYT DMSVS ADLN NKFNNFIKNQ DTVIDLGISF QIYVLQAGAW PLTQAPSSTF AIPQELEKSV QMFELFYSQH FSGRKLTWLH YLCTGE VKM NYLGKPYVAM VTTYQMAVLL AFNNSETVSY KELQDSTQMN EKELTKTIKS LLDVKMINHD SEKEDIDAES SFSLNMN FS SKRTKFKITT SMQ

UniProtKB: Cullin-2

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分子 #4: E3 ubiquitin-protein ligase RBX1, N-terminally processed

分子名称: E3 ubiquitin-protein ligase RBX1, N-terminally processed
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 10.526048 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
KRFEVKKWNA VALWAWDIVV DNCAICRNHI MDLCIECQAN QASATSEECT VAWGVCNHAF HFHCISRWLK TRQVCPLDNR EWEFQKYGH

UniProtKB: E3 ubiquitin-protein ligase RBX1

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分子 #5: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor

分子名称: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 16.33562 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
VLRSVNSREP SQVIFCNRSP RVVLPVWLNF DGEPQPYPTL PPGTGRRIHS YRGHLWLFRD AGTHDGLLVN QTELFVPSLN VDGQPIFAN ITLPVYTLKE RCLQVVRSLV KPENYRRLDI VRSLYEDLED HPNVQKDLER LT

UniProtKB: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor

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分子 #6: (2~{S},4~{R})-1-[(2~{S})-2-[2-[2-[2-[2-[2-[2-[2-[[(2~{S})-3,3-dim...

分子名称: (2~{S},4~{R})-1-[(2~{S})-2-[2-[2-[2-[2-[2-[2-[2-[[(2~{S})-3,3-dimethyl-1-[(2~{S},4~{R})-2-[[4-(4-methyl-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]methylcarbamoyl]-4-oxidanyl-pyrrolidin-1-yl]-1-oxidanylidene- ...名称: (2~{S},4~{R})-1-[(2~{S})-2-[2-[2-[2-[2-[2-[2-[2-[[(2~{S})-3,3-dimethyl-1-[(2~{S},4~{R})-2-[[4-(4-methyl-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]methylcarbamoyl]-4-oxidanyl-pyrrolidin-1-yl]-1-oxidanylidene-butan-2-yl]amino]-2-oxidanylidene-ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethanoylamino]-3,3-dimethyl-butanoyl]-~{N}-[[4-(4-methyl-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]methyl]-4-oxidanyl-pyrrolidine-2-carboxamide
タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: A1JTC
分子量理論値: 1.179447 KDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態3D array

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 57.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.7 µm

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

8rwz

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 68789
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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