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万見
- EMDB-51761: Cryo-STEM tomogram of a Mitochondrion from MFF-/- MEFs under fiss... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-51761
タイトルCryo-STEM tomogram of a Mitochondrion from MFF-/- MEFs under fission inducing conditions
マップデータCSTET tomogram of MFF-/- MEF cell under fission inducing conditions
試料
  • 細胞: Mouse embryonic fibroblast
キーワードMitochondrial morphology / whole cell tomography / cryo-STEM Tomography / CSTET / UNKNOWN FUNCTION
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Kirchweger P / Wolf SG / Elbaum M / Fass D
資金援助 オーストリア, イスラエル, European Union, 4件
OrganizationGrant number国
Austrian Science FundJ4449-B オーストリア
Israel Science Foundation1696/18 イスラエル
European Union (EU)IMpaCT (grant no.857203)European Union
European Research Council (ERC)101055413European Union
引用ジャーナル: Biorxiv / 年: 2024
タイトル: Snapshots of Mitochondrial Fission Imaged by Cryo-Scanning Transmission Electron Tomography
著者: Kirchweger P / Wolf SG / Varsano N / Dadosh T / Resch GP / Elbaum M
履歴
登録2024年10月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年11月27日-
マップ公開2024年11月27日-
更新2024年11月27日-
現状2024年11月27日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_51761.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_51761.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 4.6 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈CSTET tomogram of MFF-/- MEF cell under fission inducing conditions
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
30.01 Å/pix.
x 296 pix.
= 8881.646 Å		30.01 Å/pix.
x 2048 pix.
= 61451.391 Å		30.01 Å/pix.
x 2048 pix.
= 61451.391 Å

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 30.00556 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
最小 - 最大-10841.091000000000349 - 14815902.0
平均 (標準偏差)3901.014999999999873 (±1150.865500000000111)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-1314-132
サイズ20482048296
Spacing20482048296
セルA: 61451.39 Å / B: 61451.39 Å / C: 8881.646 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Mouse embryonic fibroblast

全体名称: Mouse embryonic fibroblast
要素
  • 細胞: Mouse embryonic fibroblast

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超分子 #1: Mouse embryonic fibroblast

超分子名称: Mouse embryonic fibroblast / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: Mitochondrial fission factor (MFF) deletion MEF, expressing a mito-GFP, 10 uM Oligomycin
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.4 / 詳細: DMEM growth media
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 120 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 310.15 K / 装置: LEICA EM GP
切片作成その他: NO SECTIONING
位置合わせマーカーManufacturer: Home made / 直径: 15 nm

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: OTHER / デジタル化 - サイズ - 横: 2048 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 2048 pixel / 平均電子線量: 1.05 e/Å2
詳細: Images were recorded on a Fischione HAADF detector in BrightField mode (described in Kirchweger et al., 2023).
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 0.0 µm / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 0.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.0 µm / 倍率（公称値）: 29000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成アルゴリズム: BACK PROJECTION
ソフトウェア:
名称詳細
IMOD (ver. 4.12.10)
PRIISM/IVE (ver. 4.7.2)Deconvolved using core2_decon

詳細: After WBP, the tomogram was deconvolved as described in Waugh et al. (2021) and Kirchweger et al. (2023)
使用した粒子像数: 61

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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