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基本情報
| 登録情報 |  | |||||||||
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| タイトル | Universal PSII assembly intermediate | |||||||||
 マップデータ | ||||||||||
 試料 |
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 キーワード | Green alga / PSII / D.salina / membrane protein / Cryo-EM / PHOTOSYNTHESIS / assembly intermediate / water-ferricyanide oxidoreductase. | |||||||||
| 機能・相同性 |  機能・相同性情報chloroplast thylakoid / photosystem II oxygen evolving complex / photosystem II assembly / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II reaction center / photosystem II / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / photosystem II ...chloroplast thylakoid / photosystem II oxygen evolving complex / photosystem II assembly / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II reaction center / photosystem II / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / photosystem II / response to herbicide / extrinsic component of membrane / chlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem II / : / phosphate ion binding / chloroplast thylakoid membrane / photosynthesis, light reaction / photosynthesis / electron transfer activity / protein stabilization / iron ion binding / heme binding / calcium ion binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
| 生物種 |  Dunaliella salina (しおひげむし) | |||||||||
| 手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.93 Å | |||||||||
 データ登録者 | Fadeeva M / Klaiman D / Nelson N | |||||||||
| 資金援助 |  イスラエル, 1件
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 引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Universal PSII assembly intermediate 著者: Fadeeva M / Klaiman D / Nelson N | |||||||||
| 履歴 |
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構造の表示
| 添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
| マップデータ | emd_51482.map.gz | 96.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
|---|---|---|---|---|
| ヘッダ (付随情報) | emd-51482-v30.xmlemd-51482.xml | 43.4 KB 43.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
| FSC (解像度算出) | emd_51482_fsc.xml | 10.6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
| 画像 |  emd_51482.png | 35.2 KB | ||
| Filedesc metadata | emd-51482.cif.gz | 9.2 KB | ||
| その他 | emd_51482_half_map_1.map.gzemd_51482_half_map_2.map.gz | 81 MB 81 MB | ||
| アーカイブディレクトリ |  http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-51482ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-51482 | HTTPS FTP |
-検証レポート
| 文書・要旨 | emd_51482_validation.pdf.gz | 893.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
|---|---|---|---|---|
| 文書・詳細版 | emd_51482_full_validation.pdf.gz | 892.9 KB | 表示 | |
| XML形式データ | emd_51482_validation.xml.gz | 17.9 KB | 表示 | |
| CIF形式データ | emd_51482_validation.cif.gz | 23.6 KB | 表示 | |
| アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-51482ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-51482 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
| EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
|---|---|
| 「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
| ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_51482.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| 投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.645 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 密度 |
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| 対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 詳細 | EMDB XML:
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Z (Sec.)
Y (Row.)
X (Col.)
-添付データ
-ハーフマップ: #2
| ファイル | emd_51482_half_map_1.map | ||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 投影像・断面図 |
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| 密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
| ファイル | emd_51482_half_map_2.map | ||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 投影像・断面図 |
| ||||||||||||
| 密度ヒストグラム |
-
試料の構成要素
+全体 : Photosystem II
+超分子 #1: Photosystem II
+分子 #1: Photosystem II protein D1
+分子 #2: Photosystem II CP47 reaction center protein
+分子 #3: Photosystem II reaction center protein Psb30
+分子 #4: Photosystem II CP43 reaction center protein
+分子 #5: Photosystem II D2 protein
+分子 #6: Cytochrome b559 subunit alpha
+分子 #7: Cytochrome b559 subunit beta
+分子 #8: Photosystem II reaction center protein H
+分子 #9: Photosystem II reaction center protein I
+分子 #10: Photosystem II reaction center protein J
+分子 #11: Photosystem II reaction center protein K
+分子 #12: Photosystem II reaction center protein L
+分子 #13: Photosystem II reaction center protein M
+分子 #14: PsbO
+分子 #15: PsbP
+分子 #16: Photosystem II reaction center protein T
+分子 #17: PSII 6.1 kDa protein
+分子 #18: Photosystem II PsbX
+分子 #19: Photosystem II reaction center protein Z
+分子 #20: Photosystem II reaction center protein U, PsbU
+分子 #21: CA-MN4-O5 CLUSTER
+分子 #22: FE (II) ION
+分子 #23: CHLORIDE ION
+分子 #24: CHLOROPHYLL A
+分子 #25: PHEOPHYTIN A
+分子 #26: BETA-CAROTENE
+分子 #27: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
+分子 #28: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
+分子 #29: SODIUM ION
+分子 #30: BICARBONATE ION
+分子 #31: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
+分子 #32: (1~{S})-3,5,5-trimethyl-4-[(1~{E},3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},...
+分子 #33: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
+分子 #34: 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE
+分子 #35: DIACYL GLYCEROL
+分子 #36: 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,...
+分子 #37: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
+分子 #38: (3R)-beta,beta-caroten-3-ol
+分子 #39: DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE
+分子 #40: water
-実験情報
-構造解析
| 手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
|---|---|
 解析 | 単粒子再構成法 |
| 試料の集合状態 | particle |
-試料調製
| 緩衝液 | pH: 6.5 |
|---|---|
| グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER |
| 凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-
電子顕微鏡法
| 顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
|---|---|
| 撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 29916 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
| 電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源:  FIELD EMISSION GUN |
| 電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.25 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.75 µm / 倍率（公称値）: 130000 |
| 試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
| 実験機器 |  モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
