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- EMDB-49496: Thermothelomyces thermophilus SAM complex bound to darobactin A -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-49496
タイトルThermothelomyces thermophilus SAM complex bound to darobactin A
マップデータnon-sharpened map SAM complex bound to darobactin A
試料
  • 複合体: Thermothelomyces thermophilus SAM complex bound to darobactin A
    • タンパク質・ペプチド: Sam35
    • タンパク質・ペプチド: Sam50
    • タンパク質・ペプチド: Sam37
    • タンパク質・ペプチド: darobactin A
  • リガンド: ERGOSTEROL
キーワードbeta-barrel / sorting and assembly machinery / MEMBRANE PROTEIN-ANTIBIOTIC complex
機能・相同性
機能・相同性情報


SAM complex / protein insertion into mitochondrial outer membrane / mitochondrion organization / protein transport / mitochondrial outer membrane
類似検索 - 分子機能
Metaxin, glutathione S-transferase domain / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase N-terminal domain / Mitochondrial outer membrane transport complex Sam37/metaxin, N-terminal domain / : / Outer mitochondrial membrane transport complex protein / Thioredoxin-like fold / Surface antigen D15-like / Bacterial surface antigen (D15) / Omp85 superfamily domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Mitochondrial outer membrane transport complex Sam37/metaxin N-terminal domain-containing protein / Thioredoxin-like fold domain-containing protein / Bacterial surface antigen (D15) domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Thermothelomyces thermophilus (菌類) / Photorhabdus khanii (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Diederichs K / Botos I / Buchanan SK
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)ZIA DK036139 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: The dynamic lateral gate of the mitochondrial β-barrel biogenesis machinery is blocked by darobactin A.
著者: Kathryn A Diederichs / Istvan Botos / Scout Hayashi / Gvantsa Gutishvili / Vadim Kotov / Katie Kuo / Akira Iinishi / Gwendolyn Cooper / Benjamin Schwarz / Herve Celia / Thomas C Marlovits / ...著者: Kathryn A Diederichs / Istvan Botos / Scout Hayashi / Gvantsa Gutishvili / Vadim Kotov / Katie Kuo / Akira Iinishi / Gwendolyn Cooper / Benjamin Schwarz / Herve Celia / Thomas C Marlovits / Kim Lewis / James C Gumbart / Joseph A Mindell / Susan K Buchanan /
要旨: The folding and insertion of β-barrel proteins into the mitochondrial outer membrane is facilitated by the sorting and assembly machinery (SAM) complex. Here we report two 2.8 Å cryo-EM ...The folding and insertion of β-barrel proteins into the mitochondrial outer membrane is facilitated by the sorting and assembly machinery (SAM) complex. Here we report two 2.8 Å cryo-EM structures of the Thermothelomyces thermophilus SAM complex in the absence of substrate in which the Sam50 lateral gate adopts two different conformations: the first is a closed lateral gate as observed in previously published structures, while the second contains a Sam50 with the first four β-strands rotated outwards by approximately 45°, resulting in an open lateral gate. The observed monomeric open conformation contrasts our previous work where the open conformation was adopted by non-physiological up-down dimers. To understand how these lateral gate dynamics are influenced by substrate, we studied the interaction of the SAM complex with a β-signal peptide mimic, darobactin A. Darobactin A binds to the SAM complex with nanomolar affinity and inhibits the import and assembly of mitochondrial β-barrel proteins in vitro. Lastly, we solved a 3.0 Å cryo-EM structure of the Thermothelomyces thermophilus SAM complex bound to darobactin A, which reveals that darobactin A stabilizes the Sam50 lateral gate similar to the open conformation by binding to strand β1, therefore blocking β-barrel biogenesis.
履歴
登録2025年2月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年12月3日-
マップ公開2025年12月3日-
更新2025年12月3日-
現状2025年12月3日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_49496.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_49496.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈non-sharpened map SAM complex bound to darobactin A
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 360 pix.
= 298.8 Å		0.83 Å/pix.
x 360 pix.
= 298.8 Å		0.83 Å/pix.
x 360 pix.
= 298.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0394
最小 - 最大-0.071454614 - 0.2114961
平均 (標準偏差)0.000053081407 (±0.0044770753)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 298.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: half-map B SAM complex bound to darobactin A

ファイルemd_49496_half_map_1.map
注釈half-map B SAM complex bound to darobactin A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half-map A SAM complex bound to darobactin A

ファイルemd_49496_half_map_2.map
注釈half-map A SAM complex bound to darobactin A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Thermothelomyces thermophilus SAM complex bound to darobactin A

全体名称: Thermothelomyces thermophilus SAM complex bound to darobactin A
要素
  • 複合体: Thermothelomyces thermophilus SAM complex bound to darobactin A
    • タンパク質・ペプチド: Sam35
    • タンパク質・ペプチド: Sam50
    • タンパク質・ペプチド: Sam37
    • タンパク質・ペプチド: darobactin A
  • リガンド: ERGOSTEROL

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超分子 #1: Thermothelomyces thermophilus SAM complex bound to darobactin A

超分子名称: Thermothelomyces thermophilus SAM complex bound to darobactin A
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Thermothelomyces thermophilus (菌類)

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分子 #1: Sam35

分子名称: Sam35 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermothelomyces thermophilus (菌類)
分子量理論値: 36.88268 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
配列文字列: MSASIPSAAP SWRKMQIPRP LQRLFDYFPL RIYEPNELPE RSQQLTSGDL PTLYVFSTDS DARLGLPSFN PGCLKWQTLL RLANLDFRI LPSTNHSSPT GSLPFLLPPR TSPTASPAPI PASGLLSFAR KNPWRPGKAA DLDLGHLDAD LPPRAQAYLA L ITHSLRNA ...文字列:
MSASIPSAAP SWRKMQIPRP LQRLFDYFPL RIYEPNELPE RSQQLTSGDL PTLYVFSTDS DARLGLPSFN PGCLKWQTLL RLANLDFRI LPSTNHSSPT GSLPFLLPPR TSPTASPAPI PASGLLSFAR KNPWRPGKAA DLDLGHLDAD LPPRAQAYLA L ITHSLRNA WLCALYLDPT HDALLRRLYV DPASSSRAVR AALLHQLRRA AAEQVATASS GGGKIVSLAP VDSADGIDEE AV YRSARDA LDALASLLRE SETAWFFGTE RPGSFDAALF SYTHLMVEYM SEEEDTESAK GRVSLGRMVK EAGNGELAEH RER MLGVAW PEWDGYRR

UniProtKB: Thioredoxin-like fold domain-containing protein

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分子 #2: Sam50

分子名称: Sam50 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermothelomyces thermophilus (菌類)
分子量理論値: 53.468043 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
配列文字列: MSASSLGFGG SNAVDKVNAT TTPGTVATPN SGPTKMLDEH ILTPASISTL EVHGATNTRR SLLDQIFKPV LEDTAAAGTT LGQVLDRVG AATKKLARFD IFKEEGFGVF LSEAAPPQSA PPTDRTDLDI SIRVKEKSRL VFSAGTDFGN AEGSAYTNAV V RNIFGGAE ...文字列:
MSASSLGFGG SNAVDKVNAT TTPGTVATPN SGPTKMLDEH ILTPASISTL EVHGATNTRR SLLDQIFKPV LEDTAAAGTT LGQVLDRVG AATKKLARFD IFKEEGFGVF LSEAAPPQSA PPTDRTDLDI SIRVKEKSRL VFSAGTDFGN AEGSAYTNAV V RNIFGGAE TLTVNASTGT RTRSAYNATF STPINGNPDL RLSVEALRSA TQKPWASHEE HLTGANLRLA WLTEKGDTHA LA YSSVWRQ LTGLAPTASP TVRADAGDSL KSSLTHTFTR DRRDNPMLPQ SGYLFRSVSE LAGWGPLNGD VSFAKTEVEA SGA LPVAIP GLAGKSGVSV GGGLRLGVLY PLPLGYSLTG AAQPSRINDR FQLGGPNDVR GFKIGGLGPH DGVDAVGGDV FAAG SVNAL LPLPRTGPDS PLRLQLYANA GRLVALNSKG TDKEGKEGLA MDSAAVFKGV KSAVGKLTNG IPSLAAGVGL VYAHP VARF ELNFSLPLVL RRGEEGRKGL QVGVGISFL

UniProtKB: Bacterial surface antigen (D15) domain-containing protein

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分子 #3: Sam37

分子名称: Sam37 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermothelomyces thermophilus (菌類)
分子量理論値: 49.327566 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
配列文字列: MSSAWSHPQF EKGGGSGGGS GGSAWSHPQF EKGGAVQLHV WGPAFGLPSI DAECLAAIAY LAQTLGSADY QLIQSSPSAV PTQHLPTLY DSRTSTWIGG FTSITAHLHT HPPPTFQSAP QPTDGSSSTT TTTTTTTTAA SATADGTAYT AFLSAHAAPL L ALSLYVSS ...文字列:
MSSAWSHPQF EKGGGSGGGS GGSAWSHPQF EKGGAVQLHV WGPAFGLPSI DAECLAAIAY LAQTLGSADY QLIQSSPSAV PTQHLPTLY DSRTSTWIGG FTSITAHLHT HPPPTFQSAP QPTDGSSSTT TTTTTTTTAA SATADGTAYT AFLSAHAAPL L ALSLYVSS ANYGAATRPA YSAVLPLPLP WTEPPAVRAA MARRAAHLGL SSLDADAAAE RARAEERRAA ADGWVAVPPH AT AGRAAGG GGGGGGGGGK GGGVAAVLTP EQKSRIRLEE AAREVLDVLA EVDWAAGGGG RQVAAEVRCL AFGYLALMLL PDV PRPWLR EIMEGRYPAL CTFVRDFRAR VFPQGGKLLP WADGGAQASA SASASASAVA LRFVRAVMAE VPLVGEWWSR WWTA RKKRE VLASKGAKPA PSNDLLLLLG AGLGLTVVGA GVFFYRGLPP FGEAVQVWRK PVVGLSSFGA AGAMFSGALY GLD

UniProtKB: Mitochondrial outer membrane transport complex Sam37/metaxin N-terminal domain-containing protein

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分子 #4: darobactin A

分子名称: darobactin A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Photorhabdus khanii (バクテリア)
分子量理論値: 971.047 Da
配列文字列:
WN(UX8)SKSF

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分子 #5: ERGOSTEROL

分子名称: ERGOSTEROL / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 12 / 式: ERG
分子量理論値: 396.648 Da
Chemical component information

ChemComp-ERG:
ERGOSTEROL

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 54.4 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 163391
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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