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- EMDB-4947: Cryo electron tomogram of Metamorphosis associated contractile ar... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4947
タイトルCryo electron tomogram of Metamorphosis associated contractile array isolated from P. luteoviolacea WT
マップデータTomogram of MAC array isolated from P. luteoviolacea HI1 WT
試料
  • 複合体: Metamorphosis associated contractile array (MAC array)
生物種Pseudoalteromonas luteoviolacea (バクテリア)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Eisenstein F / Pilhofer M
資金援助2件
OrganizationGrant number国
European Research Council
Swiss National Science Foundation
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2019
タイトル: A Bacterial Phage Tail-like Structure Kills Eukaryotic Cells by Injecting a Nuclease Effector.
著者: Iara Rocchi / Charles F Ericson / Kyle E Malter / Sahar Zargar / Fabian Eisenstein / Martin Pilhofer / Sinem Beyhan / Nicholas J Shikuma /
要旨: Many bacteria interact with target organisms using syringe-like structures called contractile injection systems (CISs). CISs structurally resemble headless bacteriophages and share evolutionarily ...Many bacteria interact with target organisms using syringe-like structures called contractile injection systems (CISs). CISs structurally resemble headless bacteriophages and share evolutionarily related proteins such as the tail tube, sheath, and baseplate complex. In many cases, CISs mediate trans-kingdom interactions between bacteria and eukaryotes by delivering effectors to target cells. However, the specific effectors and their modes of action are often unknown. Here, we establish an ex vivo model to study an extracellular CIS (eCIS) called metamorphosis-associated contractile structures (MACs) that target eukaryotic cells. MACs kill two eukaryotic cell lines, fall armyworm Sf9 cells and J774A.1 murine macrophage cells, by translocating an effector termed Pne1. Before the identification of Pne1, no CIS effector exhibiting nuclease activity against eukaryotic cells had been described. Our results define a new mechanism of CIS-mediated bacteria-eukaryote interaction and are a step toward developing CISs as novel delivery systems for eukaryotic hosts.
履歴
登録2019年5月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年7月17日-
マップ公開2019年7月17日-
更新2020年11月25日-
現状2020年11月25日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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添付画像

emd_4947.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4947.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 181.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED BYTE
注釈Tomogram of MAC array isolated from P. luteoviolacea HI1 WT
ボクセルのサイズX=Y=Z: 10.88 Å
密度
最小 - 最大-128 - 127
平均 (標準偏差)11.853061 (±8.764856)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-1616131
サイズ928960262
Spacing960928262
セルA: 10444.8 Å / B: 10096.64 Å / C: 2850.56 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeenvelope stored as signed bytes (from -128 lowest to 127 highest)
Å/pix. X/Y/Z10.8810.8810.88
M x/y/z960928262
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z10444.80010096.6402850.560
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ320320320
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS16-16131
NC/NR/NS960928262
D min/max/mean-128.000127.00011.853

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Metamorphosis associated contractile array (MAC array)

全体名称: Metamorphosis associated contractile array (MAC array)
要素
  • 複合体: Metamorphosis associated contractile array (MAC array)

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超分子 #1: Metamorphosis associated contractile array (MAC array)

超分子名称: Metamorphosis associated contractile array (MAC array)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Pseudoalteromonas luteoviolacea (バクテリア)
株: HI1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
切片作成その他: NO SECTIONING
位置合わせマーカーManufacturer: Cytodiagnostics / 直径: 10 nm

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 1.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成アルゴリズム: BACK PROJECTION / ソフトウェア - 名称: IMOD / 使用した粒子像数: 61

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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