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- EMDB-48837: Cryo-EM structure of F. johnsoniae BamAD -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-48837
タイトルCryo-EM structure of F. johnsoniae BamAD
マップデータdeepEMhancer sharpened map
試料
  • 複合体: BamAD complex
    • タンパク質・ペプチド: DNA uptake lipoprotein-like protein
  • タンパク質・ペプチド: Surface antigen (D15)
キーワードBAM complex / BamA / BamD / outer-membrane proteins / OMP / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane assembly / cell outer membrane
類似検索 - 分子機能
Outer membrane protein assembly factor BamD / Outer membrane lipoprotein BamD-like / Outer membrane lipoprotein / Outer membrane protein assembly factor BamA / POTRA domain, BamA/TamA-like / Surface antigen variable number repeat / POTRA domain / POTRA domain profile. / Bacterial surface antigen (D15) / Omp85 superfamily domain ...Outer membrane protein assembly factor BamD / Outer membrane lipoprotein BamD-like / Outer membrane lipoprotein / Outer membrane protein assembly factor BamA / POTRA domain, BamA/TamA-like / Surface antigen variable number repeat / POTRA domain / POTRA domain profile. / Bacterial surface antigen (D15) / Omp85 superfamily domain / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA uptake lipoprotein-like protein / Surface antigen (D15)
類似検索 - 構成要素
生物種Flavobacterium johnsoniae UW101 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Deme JC / Lea SM
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CCR Core Funding for Lea Group 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: An extended BAM complex in the Bacteroidota
著者: Liu X / Orenday Tapia L / Deme JC / Lea SM / Berks BC
履歴
登録2025年1月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月16日-
マップ公開2025年7月16日-
更新2025年7月16日-
現状2025年7月16日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_48837.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_48837.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈deepEMhancer sharpened map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.73 Å/pix.
x 512 pix.
= 374.784 Å		0.73 Å/pix.
x 512 pix.
= 374.784 Å		0.73 Å/pix.
x 512 pix.
= 374.784 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.732 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.04
最小 - 最大-0.0018210866 - 1.8808244
平均 (標準偏差)0.0003291367 (±0.012629725)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 374.784 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_48837_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: unsharpened map

ファイルemd_48837_additional_1.map
注釈unsharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: global b factor sharpened map

ファイルemd_48837_additional_2.map
注釈global b factor sharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: DeepEMhancer version of volume from refinement focussed on...

ファイルemd_48837_additional_3.map
注釈DeepEMhancer version of volume from refinement focussed on second, unassigned, outer membrane barrel
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 1

ファイルemd_48837_half_map_1.map
注釈half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 2

ファイルemd_48837_half_map_2.map
注釈half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : BamAD complex

全体名称: BamAD complex
要素
  • 複合体: BamAD complex
    • タンパク質・ペプチド: DNA uptake lipoprotein-like protein
  • タンパク質・ペプチド: Surface antigen (D15)

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超分子 #1: BamAD complex

超分子名称: BamAD complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Flavobacterium johnsoniae UW101 (バクテリア)

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分子 #1: DNA uptake lipoprotein-like protein

分子名称: DNA uptake lipoprotein-like protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Flavobacterium johnsoniae UW101 (バクテリア)
株: ATCC 17061 / DSM 2064 / JCM 8514 / BCRC 14874 / CCUG 350202 / NBRC 14942 / NCIMB 11054 / UW101
分子量理論値: 30.219377 KDa
配列文字列: MKKIVSLLIV AALFCSCSEY QKALKNEDVA AKFEVATKMY DAGKYNKAIR LFEQLAPTYR GKPQAEKLFY MFSQSYYKTK QYYLAGYQF ESFVSGYPRS EKVQEAAFLG AYSYSKLAPV YSLDQADTVK ALDKLQAFID NYPNSEYLAQ ANESVKILNG K LEKKAYEN ...文字列:
MKKIVSLLIV AALFCSCSEY QKALKNEDVA AKFEVATKMY DAGKYNKAIR LFEQLAPTYR GKPQAEKLFY MFSQSYYKTK QYYLAGYQF ESFVSGYPRS EKVQEAAFLG AYSYSKLAPV YSLDQADTVK ALDKLQAFID NYPNSEYLAQ ANESVKILNG K LEKKAYEN AKGYNTISDY KSALVAFDNF IADFPGTPLK EDALFYKYDS AYQLAINSVP SKMEERLHVA QTAYANLMKY KS DTKYKEK ADQMNARVET DLQKFTK

UniProtKB: DNA uptake lipoprotein-like protein

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分子 #2: Surface antigen (D15)

分子名称: Surface antigen (D15) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Flavobacterium johnsoniae UW101 (バクテリア)
株: ATCC 17061 / DSM 2064 / JCM 8514 / BCRC 14874 / CCUG 350202 / NBRC 14942 / NCIMB 11054 / UW101
分子量理論値: 101.49032 KDa
配列文字列: MLQKRIPQII CTLLLLGSFS QIKAQDRVPF DQGKKYTLAK VSVVGKISFN EQTVVTFSGL QKGQEITVPG EEITSAIKKL GKLGLFDEI AFYINKVEND SIYLDLNIVE LPKLNEVKIT GVKKSKVEGL IKDNNLTKNK IVNENLITTT KNYIENKYKK D GFYNTKVV ...文字列:
MLQKRIPQII CTLLLLGSFS QIKAQDRVPF DQGKKYTLAK VSVVGKISFN EQTVVTFSGL QKGQEITVPG EEITSAIKKL GKLGLFDEI AFYINKVEND SIYLDLNIVE LPKLNEVKIT GVKKSKVEGL IKDNNLTKNK IVNENLITTT KNYIENKYKK D GFYNTKVV ITTTPDTTAG NQVNMLVRVD KGDKVKISSI DFTGNKQLSD SKLRAAMKDT KQKNVLRVFK ASKFIPEKYK TD LEKVIAS YKEKGYRDAR IIYDSVIYNK KKNMLAIKID VEEGNKYYFG NIKFLGNTVY SDQQLNRYLG IKKGETYNGV LLE KRIADN TKPDGEDITN LYQNNGYLFS KINAVEVKTV NDTIDFEIRI TEGPIAYFNK IYVTGNDKTN DHVIYRELRT KPGN KYSKE ELVRTIREIG QLGFFDPESI KPEFRNVDPA AGTVDIEYQL VEKGSSQVEL QGGYGGGGFI GTLGLSFNNF SARKL FDKD AYKPLPMGDG QKVALRLQGS TYFQTYSLSF SEPWFGGKKP VQFSSSISYS KQFNYNYSSR DVNRNQSFNI FTVQVG LAK RLTVPDDYFV LSQSVSYQHY DLNNYYTGLF TFGNGASRNL AYTIGLSRSN KGVNPIFPTY GSEFSISAKV TPPYSLF NN INYGDLQNQK EYKTQYTGTT TTTGIDGQAI NPGDYTKTET VNGQSGTVSV GSDYKSADTD VGKVDQKKYN WLEYYKVK F KADWYTKIYG KLVLRTLTEF GFLGAYDQSR GVVPFERFYL GGDGMANYSM DGRETIQLRG YPNNSLTPII EDRNSSRYG QQIGATIYNK FSMELRYPIT LKSSASIYAL TFLEAGSSYP TFKDYNPFDL NRSAGAGLRV FMPAFGLLGI DFGYGFDALP GSTTNKANG WETHFIIGQQ F

UniProtKB: Surface antigen (D15)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
平均電子線量: 52.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 534368
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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