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万見
- EMDB-48342: Structure of acid-sensing ion channel 5 with calcium -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-48342
タイトルStructure of acid-sensing ion channel 5 with calcium
マップデータUnsharpened Map
試料
  • 複合体: acid-sensing ion channel 5 with calcium
    • タンパク質・ペプチド: Acid-sensing ion channel 5
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードIon channel / MEMBRANE PROTEIN / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


bile acid-gated sodium channel activity / sodium ion import across plasma membrane / proton channel activity / ligand-gated sodium channel activity / neuronal action potential / sodium ion transmembrane transport / Stimuli-sensing channels / apical plasma membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Epithelial sodium channel / Amiloride-sensitive sodium channel
類似検索 - ドメイン・相同性
Bile acid-sensitive ion channel
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Freitas MM / Gouaux E
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)F31 NS120713 米国
National Science Foundation (NSF, United States)1000271223 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: The bile acid-sensitive ion channel is gated by Ca-dependent conformational changes in the transmembrane domain.
著者: Makayla M Freitas / Eric Gouaux /
要旨: The bile acid-sensitive ion channel (BASIC) is the least understood member of the mammalian epithelial Na channel/degenerin (ENaC/DEG) superfamily of ion channels, which are involved in a variety of ...The bile acid-sensitive ion channel (BASIC) is the least understood member of the mammalian epithelial Na channel/degenerin (ENaC/DEG) superfamily of ion channels, which are involved in a variety of physiological processes. While some members of this superfamily, including BASIC, are inhibited by extracellular Ca (Ca), the molecular mechanism underlying Ca modulation remains unclear. Here, by determining the structure of human BASIC (hBASIC) in the presence and absence of Ca using single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM), we reveal Ca-dependent conformational changes in the transmembrane domain and β-linkers. Electrophysiological experiments further show that a glutamate residue in the extracellular vestibule of the pore underpins the Ca-binding site, whose occupancy determines the conformation of the pore and therefore ion flow through the channel. These results reveal the molecular principles governing gating of BASIC and its regulation by Ca ions, demonstrating that Ca ions modulate BASIC function via changes in protein conformation rather than solely from a pore-block, as proposed for other members of this superfamily.
履歴
登録2024年12月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年9月24日-
マップ公開2025年9月24日-
更新2025年9月24日-
現状2025年9月24日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_48342.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_48342.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 144.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Unsharpened Map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.84 Å/pix.
x 336 pix.
= 283.584 Å		0.84 Å/pix.
x 336 pix.
= 283.584 Å		0.84 Å/pix.
x 336 pix.
= 283.584 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.844 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0799
最小 - 最大-0.19717765 - 0.5107675
平均 (標準偏差)0.0003849263 (±0.012928133)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ336336336
Spacing336336336
セルA=B=C: 283.58398 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: #1

ファイルemd_48342_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map, B

ファイルemd_48342_half_map_1.map
注釈Half map, B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map, A

ファイルemd_48342_half_map_2.map
注釈Half map, A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : acid-sensing ion channel 5 with calcium

全体名称: acid-sensing ion channel 5 with calcium
要素
  • 複合体: acid-sensing ion channel 5 with calcium
    • タンパク質・ペプチド: Acid-sensing ion channel 5
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: acid-sensing ion channel 5 with calcium

超分子名称: acid-sensing ion channel 5 with calcium / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Acid-sensing ion channel 5

分子名称: Acid-sensing ion channel 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 57.531012 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MEQTEKSKVY AENGLLEKIK LCLSKKPLPS PTERKKFDHD FAISTSFHGI HNIVQNRSKI RRVLWLVVVL GSVSLVTWQI YIRLLNYFT WPTTTSIEVQ YVEKMEFPAV TFCNLNRFQT DAVAKFGVIF FLWHIVSKVL HLQEITANST GSREATDFAA S HQNFSIVE ...文字列:
MEQTEKSKVY AENGLLEKIK LCLSKKPLPS PTERKKFDHD FAISTSFHGI HNIVQNRSKI RRVLWLVVVL GSVSLVTWQI YIRLLNYFT WPTTTSIEVQ YVEKMEFPAV TFCNLNRFQT DAVAKFGVIF FLWHIVSKVL HLQEITANST GSREATDFAA S HQNFSIVE FIRNKGFYLN NSTLLDCEFF GKPCSPKDFA HVFTEYGNCF TFNHGETLQA KRKVSVSGRG LSLLFNVNQE AF TDNPALG FVDAGIIFVI HSPKKVPQFD GLGLLSPVGM HARVTIRQVK TVHQEYPWGE CNPNIKLQNF SSYSTSGCLK ECK AQHIKK QCGCVPFLLP GYGIECDLQK YFSCVSPVLD HIEFKDLCTV GTHNSSCPVS CEEIEYPATI SYSSFPSQKA LKYL SKKLN QSRKYIRENL VKIEINYSDL NYKITQQQKA VSVSELLADL GGQLGLFCGA SLITIIEIIE YLFTNFYWIC IFFLL KISE MTQWTPPPQN HLGNKNRIEE C

UniProtKB: Bile acid-sensitive ion channel

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分子 #2: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 15 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度3.5 mg/mL
緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.4 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Alphafold-Q9NY37-F1-V4
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3) / 使用した粒子像数: 52213
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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