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- EMDB-48181: Goose Parvovirus Capsid -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-48181
タイトルGoose Parvovirus Capsid
マップデータ
試料
  • ウイルス: Goose parvovirus (ガチョウパルボウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: VP1
キーワードGPV / capsid / cryo-EM / parvovirus / gene therapy / vector / VIRUS LIKE PARTICLE
機能・相同性Phospholipase A2-like domain / Phospholipase A2-like domain / Parvovirus coat protein VP2 / Parvovirus coat protein VP1/VP2 / Parvovirus coat protein VP2 / Capsid/spike protein, ssDNA virus / T=1 icosahedral viral capsid / structural molecule activity / VP1
機能・相同性情報
生物種Goose parvovirus (ガチョウパルボウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.43 Å
データ登録者Jabbari K / Mietzsch M / McKenna R
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM082946 米国
引用ジャーナル: Microorganisms / 年: 2025
タイトル: The Structural, Biophysical, and Antigenic Characterization of the Goose Parvovirus Capsid.
著者: Korosh Jabbari / Mario Mietzsch / Jane Hsi / Paul Chipman / Jianming Qiu / Robert McKenna /
要旨: Goose parvovirus (GPV) is an etiological agent of Derzsy's disease, afflicting geese and Muscovy ducks worldwide. Its high mortality rate among goslings and ducklings causes large losses to the ...Goose parvovirus (GPV) is an etiological agent of Derzsy's disease, afflicting geese and Muscovy ducks worldwide. Its high mortality rate among goslings and ducklings causes large losses to the waterfowl industry. Toward molecular and structural characterization, virus-like particles (VLPs) of GPV were produced, and the capsid structure was determined by cryogenic electron microscopy (cryo-EM) at a resolution of 2.4 Å. The capsid exhibited structural features conserved among parvoviruses, including surface two-fold depressions, three-fold protrusions, and five-fold channels. A structural comparison of the GPV viral protein (VP) structure with other adeno-associated viruses (AAVs), including human AAV2, AAV5, and quail AAV (QAAV), revealed unique conformations of several surface-accessible variable regions (VRs). Furthermore, the GPV capsid was found to be thermally stable at physiological pH, but less so under lower pH conditions. As a member of the genus , GPV could also be bound by cross-reactive anti-AAV capsid antibodies that bind to the five-fold region of the viruses, as shown by native immuno-dot blot analysis. Finally, the GPV VP structure was compared to those of other bird dependoparvoviruses, which revealed that VR-III may be important for GPV and Muscovy duck parvovirus (MDPV) infection.
履歴
登録2024年12月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年2月5日-
マップ公開2025年2月5日-
更新2025年2月5日-
現状2025年2月5日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_48181.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_48181.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 476.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)X (Row.)Y (Col.)
0.82 Å/pix.
x 500 pix.
= 411. Å		0.82 Å/pix.
x 500 pix.
= 411. Å		0.82 Å/pix.
x 500 pix.
= 411. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.822 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 2.0
最小 - 最大-8.236236 - 16.593575999999999
平均 (標準偏差)-0.000000000342541 (±0.99999994)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderYXZ
Origin-250-250-250
サイズ500500500
Spacing500500500
セルA=B=C: 411.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_48181_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_48181_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Goose parvovirus

全体名称: Goose parvovirus (ガチョウパルボウイルス)
要素
  • ウイルス: Goose parvovirus (ガチョウパルボウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: VP1

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超分子 #1: Goose parvovirus

超分子名称: Goose parvovirus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 38251 / 生物種: Goose parvovirus / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes

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分子 #1: VP1

分子名称: VP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 60 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Goose parvovirus (ガチョウパルボウイルス)
分子量理論値: 81.551055 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MSTFLDSFEE WYETAAASWR NLKAGAPQPK PNQQSQSVSP DREPERKDNN RGFVLPGYKY LGPGNGLDKG PPVNKADSVA LEHDKAYDQ QLKAGDNPYI KFNHADQDFI DSLQDDQSFG GNLGKAVFQA KKRILEPFGL VEDPVNTAPA KKNTGKLTDH Y PVVKKPKL ...文字列:
MSTFLDSFEE WYETAAASWR NLKAGAPQPK PNQQSQSVSP DREPERKDNN RGFVLPGYKY LGPGNGLDKG PPVNKADSVA LEHDKAYDQ QLKAGDNPYI KFNHADQDFI DSLQDDQSFG GNLGKAVFQA KKRILEPFGL VEDPVNTAPA KKNTGKLTDH Y PVVKKPKL TEEVSAGGGS SAVQDGGATA EGTEPVAASE MAEGGGGAMG DSSGGADGVG NASGNWHCDS QWMGNTVITK TT RTWVLPS YNNHIYKAIT SGTSQDANVQ YAGYSTPWGY FDFNRFHCHF SPRDWQRLIN NHWGIRPKSL KFKIFNVQVK EVT TQDQTK TIANNLTSTI QVFTDDEHQL PYVLGSATEG TMPPFPSDVY ALPQYGYCTM HTNQNGARFN DRSAFYCLEY FPSQ MLRTG NNFEFTFDFE EVPFHSMFAH SQDLDRLMNP LVDQYLWNFN EVDSSRNAQF KKAVKGAYGT MGRNWLPGPK FLDQR VRAY TGGTDNYANW NIWSNGNKVN LKDRQYLLQP GPVSATYTEG EASSLPAQNI LGIAKDPYRS GSTTAGISDI MVTEEQ EVA PTNGVGWKPY GRTVTNEQNT TTAPTSSDLD VLGALPGMVW QNRDIYLQGP IWAKIPKTDG KFHPSPNLGG FGLHNPP PQ VFIKNTPVPA DPPVEYVHQK WNSYITQYST GQCTVEMVWE LRKENSKRWN PEIQFTSNFS NRTSIMFAPN ETGGYVED R LIGTRYLTQN L

UniProtKB: VP1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.7 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.4 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.43 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 15471
初期 角度割当タイプ: COMMON LINE
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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