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- EMDB-48097: Local refined cryoEM map of CXCL1-KSHV ORF74 region -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-48097
タイトルLocal refined cryoEM map of CXCL1-KSHV ORF74 region
マップデータLocal refined map of KSHV ORF74-CXCL1 region
試料
  • 複合体: CXCL1 bound to KSHV ORF74
    • 複合体: KSHV ORF74
    • 複合体: CXCL1
キーワードKSHV vGPCR / Viral GPCR / KSHV ORF74 / CXCL1-ORF74 / ORF74 Active / CXCL1 bound ORF74 / CXCL1-KSHV ORF74-Gi-scFv16 / VIRAL PROTEIN
生物種Human gammaherpesvirus 8 (ヘルペスウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Sahoo B / Seo HD / Dai X / Jung J
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01CA251275 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Structural basis for ligand promiscuity and high signaling activity of Kaposi's Sarcoma-associated Herpesvirus-encoded GPCR.
著者: Jun Bae Park / Bibekananda Sahoo / Amita Rani Sahoo / Dokyun Kim / Hogyu David Seo / James Bowman / Mi-Jeong Kwak / Sophia Suh / Matthias Buck / Xinghong Dai / Jae U Jung /
要旨: Kaposi's Sarcoma-associated Herpesvirus encodes ORF74, a viral G protein-coupled receptor homologous to CXCR2, which plays a crucial role in Kaposi's Sarcoma development through its high basal ...Kaposi's Sarcoma-associated Herpesvirus encodes ORF74, a viral G protein-coupled receptor homologous to CXCR2, which plays a crucial role in Kaposi's Sarcoma development through its high basal signaling activity. Our cryoEM analysis of ORF74 in ligand-free, BRIL-fused ligand-free, and CXCL1/Gi-bound forms elucidates its ligand-independent signaling activity. A widely open, static extracellular cavity facilitates ligand promiscuity by enabling dynamic access and diverse binding modes. Structural alterations in CWxP, E/DRY, and NPxxY micro-switches stabilize the active conformation, leading to constitutive signaling. Metadynamics simulations reveal a dynamic ensemble between local switch structures corresponding to the inactive and active states, supporting spontaneous activation. CXCR2-ORF74 chimeras highlight intracellular loops 2 and 3 as key modulators of basal and agonist-induced activity. This study defines the structural basis of ORF74's ligand promiscuity, spontaneous activation, and high basal signaling, providing insights into its role in viral oncogenesis.
履歴
登録2024年11月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年9月3日-
マップ公開2025年9月3日-
更新2025年10月8日-
現状2025年10月8日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_48097.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_48097.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Local refined map of KSHV ORF74-CXCL1 region
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.66 Å/pix.
x 360 pix.
= 237.6 Å		0.66 Å/pix.
x 360 pix.
= 237.6 Å		0.66 Å/pix.
x 360 pix.
= 237.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.66 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大-0.0130397845 - 1.9847755
平均 (標準偏差)0.0006320206 (±0.017411003)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 237.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half map A for local refined KSHV ORF74-CXCL1 region

ファイルemd_48097_half_map_1.map
注釈Half map A for local refined KSHV ORF74-CXCL1 region
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map B for local refined KSHV ORF74-CXCL1 region

ファイルemd_48097_half_map_2.map
注釈Half map B for local refined KSHV ORF74-CXCL1 region
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : CXCL1 bound to KSHV ORF74

全体名称: CXCL1 bound to KSHV ORF74
要素
  • 複合体: CXCL1 bound to KSHV ORF74
    • 複合体: KSHV ORF74
    • 複合体: CXCL1

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超分子 #1: CXCL1 bound to KSHV ORF74

超分子名称: CXCL1 bound to KSHV ORF74 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
分子量理論値: 140 KDa

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超分子 #2: KSHV ORF74

超分子名称: KSHV ORF74 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Human gammaherpesvirus 8 (ヘルペスウイルス)

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超分子 #3: CXCL1

超分子名称: CXCL1 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度10 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 構成要素 - 濃度: 10.0 mM / 構成要素 - 式: C8H18N2O4S / 構成要素 - 名称: HEPES
詳細: 10 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl, 0.001% (w/v) LMNG, 0.0001% (w/v) CHS, 0.001% (w/v) GDN
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 278 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 190755
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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