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万見
- EMDB-47799: Polyclonal immune complex of Fab from pooled Ferret sera at day 2... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-47799
タイトルPolyclonal immune complex of Fab from pooled Ferret sera at day 28 binding B/Washington NA after infection with B/Washington/02/2019
マップデータNegative stain global refinement of particle stack used to sort polyclonal responses to B/Washington NA from pooled ferret sera at day 28 after infection with B/Washington/02/2019
試料
  • 複合体: Polyclonal immune complex of Fab from pooled Ferret sera at day 28 binding B/Washington NA after infection with B/Washington/02/2019
キーワードinfluenza / hemagglutinin / Flu B / polyclonal / complex / fab complex / VIRAL PROTEIN
生物種Mustela putorius furo (ヨーロッパケナガイタチ)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 20.0 Å
データ登録者Ferguson JA / Rodriguez AJ / Han J / Ward AB
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)75N93019C00051 米国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2025
タイトル: Neuraminidase-specific antibodies drive differential cross-protection between contemporary FLUBV lineages.
著者: Caroline K Page / Justin D Shepard / Sean D Ray / James A Ferguson / Alesandra J Rodriguez / Julianna Han / Joel C Jacob / Dawne K Rowe-Haas / Jasmine Y Akinpelu / Lilach M Friedman / Tomer ...著者: Caroline K Page / Justin D Shepard / Sean D Ray / James A Ferguson / Alesandra J Rodriguez / Julianna Han / Joel C Jacob / Dawne K Rowe-Haas / Jasmine Y Akinpelu / Lilach M Friedman / Tomer Hertz / Andrew B Ward / Stephen M Tompkins /
要旨: The two influenza B virus (FLUBV) lineages have continuously diverged from each other since the 1980s, with recent (post-2015) viruses exhibiting accelerated evolutionary rates. Emerging data from ...The two influenza B virus (FLUBV) lineages have continuously diverged from each other since the 1980s, with recent (post-2015) viruses exhibiting accelerated evolutionary rates. Emerging data from human studies and epidemiological models suggest that increased divergence in contemporary viruses may drive differential cross-protection, where infection with Yamagata lineage viruses provides limited immunity against Victoria lineage viruses. Here, we developed animal models to investigate the mechanisms behind asymmetric cross-protection between contemporary FLUBV lineages. Our results show that contemporary Victoria immunity provides robust cross-protection against the Yamagata lineage, whereas Yamagata immunity offers limited protection against the Victoria lineage. This differential cross-protection is driven by Victoria-elicited neuraminidase (NA)-specific antibodies, which show cross-lineage reactivity, unlike those from Yamagata infections. These findings identify a phenomenon in contemporary FLUBV that may help explain the recent disappearance of the Yamagata lineage from circulation, highlighting the crucial role of targeting NA in vaccination strategies to enhance cross-lineage FLUBV protection.
履歴
登録2024年11月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年4月9日-
マップ公開2025年4月9日-
更新2025年4月9日-
現状2025年4月9日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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添付画像

emd_47799.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_47799.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 34.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Negative stain global refinement of particle stack used to sort polyclonal responses to B/Washington NA from pooled ferret sera at day 28 after infection with B/Washington/02/2019
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2 Å/pix.
x 208 pix.
= 416. Å		2 Å/pix.
x 208 pix.
= 416. Å		2 Å/pix.
x 208 pix.
= 416. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.02
最小 - 最大-0.038389795 - 0.0610213
平均 (標準偏差)0.000104797335 (±0.002980008)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ208208208
Spacing208208208
セルA=B=C: 416.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Negative stain map of polyclonal Fab binding the...

ファイルemd_47799_additional_1.map
注釈Negative stain map of polyclonal Fab binding the B/Washington NA corner epitope from pooled ferret sera at day 28 after infection with B/Washington/02/2019
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Negative stain half map A for global refinement...

ファイルemd_47799_half_map_1.map
注釈Negative stain half map A for global refinement of particle stack used to sort polyclonal responses to B/Washington NA from pooled ferret sera at day 28 after infection with B/Washington/02/2019
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Negative stain half map B for global refinement...

ファイルemd_47799_half_map_2.map
注釈Negative stain half map B for global refinement of particle stack used to sort polyclonal responses to B/Washington NA from pooled ferret sera at day 28 after infection with B/Washington/02/2019
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Polyclonal immune complex of Fab from pooled Ferret sera at day 2...

全体名称: Polyclonal immune complex of Fab from pooled Ferret sera at day 28 binding B/Washington NA after infection with B/Washington/02/2019
要素
  • 複合体: Polyclonal immune complex of Fab from pooled Ferret sera at day 28 binding B/Washington NA after infection with B/Washington/02/2019

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超分子 #1: Polyclonal immune complex of Fab from pooled Ferret sera at day 2...

超分子名称: Polyclonal immune complex of Fab from pooled Ferret sera at day 28 binding B/Washington NA after infection with B/Washington/02/2019
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Mustela putorius furo (ヨーロッパケナガイタチ)
分子量理論値: 280 KDa

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.015 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: 2% w/v uranyl formate

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS TALOS F200C
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI CETA (4k x 4k) / 平均電子線量: 25.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DARK FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC / ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 20.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0) / 使用した粒子像数: 4250
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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