EMDB-46973: Plasma membrane bound clathrin vertex (HEK293)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-46973

タイトル

Plasma membrane bound clathrin vertex (HEK293)

マップデータ

試料

複合体: clathrin

キーワード

clathrin / membrane / lattice / complex / ENDOCYTOSIS

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 19.8 Å

データ登録者

Michalak DJ / Sochacki KA / Taraska JW

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Cryo-electron tomography pipeline for plasma membranes.
著者: Willy W Sun / Dennis J Michalak / Kem A Sochacki / Prasanthi Kunamaneni / Marco A Alfonzo-Méndez / Andreas M Arnold / Marie-Paule Strub / Jenny E Hinshaw / Justin W Taraska /

要旨: Cryo-electron tomography (cryoET) provides sub-nanometer protein structure within the dense cellular environment. Existing sample preparation methods are insufficient at accessing the plasma membrane ...

履歴

登録	2024年9月10日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2025年1月29日	-
マップ公開	2025年1月29日	-
更新	2025年1月29日	-
現状	2025年1月29日	処理サイト: RCSB / 状態: 公開

添付画像	emd_46973.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_46973.map.gz	49.1 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-46973-v30.xml emd-46973.xml	12.9 KB 12.9 KB	表示表示	EMDBヘッダ
FSC (解像度算出)	emd_46973_fsc.xml	9.3 KB	表示	FSCデータファイル
画像	emd_46973.png	72.7 KB
Filedesc metadata	emd-46973.cif.gz	4.2 KB
その他	emd_46973_half_map_1.map.gz emd_46973_half_map_2.map.gz	49.8 MB 49.7 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-46973 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-46973	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_46973_validation.pdf.gz	1 MB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_46973_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	emd_46973_validation.xml.gz	16.5 KB	表示
CIF形式データ	emd_46973_validation.cif.gz	21.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-46973 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-46973	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	44909C 44921C 44922C C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource
「今月の分子」の関連する項目	#88 - 2007年4月クラスリン (Clathrin) 類似性 (1)

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_46973.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	2.12 Å/pix. x 256 pix. = 541.696 Å	2.12 Å/pix. x 256 pix. = 541.696 Å	2.12 Å/pix. x 256 pix. = 541.696 Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 2.116 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 0.14
最小 - 最大	-0.33176085 - 0.9418986
平均 (標準偏差)	0.003495048 (±0.059915897)

対称性

空間群: 1

詳細

-
ハーフマップ: #2

ファイル

emd_46973_half_map_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイル

emd_46973_half_map_2.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
全体 : clathrin

全体	名称: clathrin
要素	複合体: clathrin

-
超分子 #1: clathrin

超分子	名称: clathrin / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)	生物種: Homo sapiens (ヒト)

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	サブトモグラム平均法
試料の集合状態	cell

-
試料調製

緩衝液	pH: 7.4
グリッド	モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING
凍結	凍結剤: ETHANE
詳細	Unroofed apical plasma membrane

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	TFS KRIOS
特殊光学系	エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 2.4 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大デフォーカス（公称値）: 6.0 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 4.0 µm
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

最終再構成	使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C₃ (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 19.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用したサブトモグラム数: 1550
抽出	トモグラム数: 20 / 使用した粒子像数: 2435 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 5)
最終角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
EMDBアーカイブ

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
マップ

画像のコントロール

-
添付データ

-
ハーフマップ: #2

-
ハーフマップ: #1

-
試料の構成要素

-
全体 : clathrin

-
超分子 #1: clathrin

-
実験情報

-
構造解析

-
試料調製

-
電子顕微鏡法

-
画像解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-EMDBアーカイブ

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-マップ

画像のコントロールX

-添付データ

-ハーフマップ: #2

-ハーフマップ: #1

-試料の構成要素

-全体 : clathrin

-超分子 #1: clathrin

-実験情報

-構造解析

-試料調製

-電子顕微鏡法

-画像解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
EMDBアーカイブ

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
マップ

画像のコントロール

-
添付データ

-
ハーフマップ: #2

-
ハーフマップ: #1

-
試料の構成要素

-
全体 : clathrin

-
超分子 #1: clathrin

-
実験情報

-
構造解析

-
試料調製

-
電子顕微鏡法

-
画像解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)