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万見
- EMDB-46868: Streptococcus pneumoniae GAPN with NADP -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-46868
タイトルStreptococcus pneumoniae GAPN with NADP
マップデータ
試料
  • 複合体: GAPN with NADP+
    • タンパク質・ペプチド: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
キーワードGAPN / NADP / OXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NADP+) / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NADP+) (non-phosphorylating) activity / lactaldehyde dehydrogenase (NAD+) activity
類似検索 - 分子機能
: / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP-dependent glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.82 Å
データ登録者Eunjeong L / Elan ZE
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Biochemical, structural, and biologial studies of Streptococcus pneumoniae GapN reveal a key metabolic player necessary for host infection.
著者: Eunjeong L / Elan ZE
履歴
登録2024年9月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年9月24日-
マップ公開2025年9月24日-
更新2025年9月24日-
現状2025年9月24日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_46868.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_46868.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.79 Å/pix.
x 256 pix.
= 201.728 Å		0.79 Å/pix.
x 256 pix.
= 201.728 Å		0.79 Å/pix.
x 256 pix.
= 201.728 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.788 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大-0.83469474 - 1.2069149
平均 (標準偏差)0.00039249868 (±0.05010124)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 201.728 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_46868_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_46868_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : GAPN with NADP+

全体名称: GAPN with NADP+
要素
  • 複合体: GAPN with NADP+
    • タンパク質・ペプチド: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

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超分子 #1: GAPN with NADP+

超分子名称: GAPN with NADP+ / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)

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分子 #1: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

分子名称: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MTRYQNLVNG KWKSSEQEIT IYSPINQEEL GTVPAMTQTE ADEAMQAARA ALPAWRALSA IERAAYLHKT AAILERDKEK IGTILAKEVA KGIKAAIGEV VRTADLIRYA AEEGLRITGQ AMEGGGFEAA SKNKLAVVRR EPVGIVLAIA PFNYPVNLSA SKIAPALIAG ...文字列:
MTRYQNLVNG KWKSSEQEIT IYSPINQEEL GTVPAMTQTE ADEAMQAARA ALPAWRALSA IERAAYLHKT AAILERDKEK IGTILAKEVA KGIKAAIGEV VRTADLIRYA AEEGLRITGQ AMEGGGFEAA SKNKLAVVRR EPVGIVLAIA PFNYPVNLSA SKIAPALIAG NVVMLKPPTQ GSISGLLLAK AFEEAGIPAG VFNTITGRGS EIGDYIIEHK EVNFINFTGS TPIGERIGRL AGMRPIMLEL GGKDAALVLE DADLEHAAKQ IVAGAFSYSG QRCTAIKRVI VLESVADKLA TLLQEEVSKL TVGDPFDNAD ITPVIDNASA DFIWGLIEDA QEKEAQALTP IKREGNLLWP VLFDQVTKDM KVAWEEPFGP VLPIIRVASV EEAIAFANES EFGLQSSVFT NDFKKAFEIA EKLEVGTVHI NNKTQRGPDN FPFLGVKGSG AGVQGIKYSI EAMTNVKSIV FDVK

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: OTHER
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.9 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.82 Å / 解像度の算出法: OTHER / 使用した粒子像数: 1068956
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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