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- EMDB-45424: PN-SIA49 Fab fragment in complex with the Y2 COBRA hemagglutinin -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-45424
タイトルPN-SIA49 Fab fragment in complex with the Y2 COBRA hemagglutinin
マップデータPN-SIA49 Fab fragment in complex with the Y2 COBRA hemagglutinin
試料
  • 複合体: Complex of PN-SIA49 Fab with the Y2 H1 COBRA hemagglutinin
    • タンパク質・ペプチド: Y2 COBRA HA
    • タンパク質・ペプチド: PN-SIA49 Fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: PN-SIA49 Fab light chain
キーワードAntibody / influenza / Fab / VIRAL PROTEIN
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.52 Å
データ登録者Nagashima KA / Mousa JJ
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)75N93019C00052 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM map of the PN-SIA49 Fab in complex with the Y2 H1 influenza hemagglutinin
著者: Nagashima KA / Mousa JJ
履歴
登録2024年6月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年6月25日-
マップ公開2025年6月25日-
更新2025年6月25日-
現状2025年6月25日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_45424.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_45424.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈PN-SIA49 Fab fragment in complex with the Y2 COBRA hemagglutinin
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.22 Å/pix.
x 384 pix.
= 468.48 Å		1.22 Å/pix.
x 384 pix.
= 468.48 Å		1.22 Å/pix.
x 384 pix.
= 468.48 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.22 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.06
最小 - 最大-0.02569748 - 2.297837
平均 (標準偏差)0.0005001541 (±0.013976184)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 468.48 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Additional Map

ファイルemd_45424_additional_1.map
注釈Additional Map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half Map A

ファイルemd_45424_half_map_1.map
注釈Half Map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half Map B

ファイルemd_45424_half_map_2.map
注釈Half Map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of PN-SIA49 Fab with the Y2 H1 COBRA hemagglutinin

全体名称: Complex of PN-SIA49 Fab with the Y2 H1 COBRA hemagglutinin
要素
  • 複合体: Complex of PN-SIA49 Fab with the Y2 H1 COBRA hemagglutinin
    • タンパク質・ペプチド: Y2 COBRA HA
    • タンパク質・ペプチド: PN-SIA49 Fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: PN-SIA49 Fab light chain

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超分子 #1: Complex of PN-SIA49 Fab with the Y2 H1 COBRA hemagglutinin

超分子名称: Complex of PN-SIA49 Fab with the Y2 H1 COBRA hemagglutinin
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)

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分子 #1: Y2 COBRA HA

分子名称: Y2 COBRA HA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MKAILVVLLY TFTTANADTL CIGYHANNST DTVDTVLEKN VTVTHSVNLL EDKHNGKLCK LRGVAPLHLG KCNIAGWILG NPECESLSTA SSWSYIVETS NSDNGTCYPG DFINYEELRE QLSSVSSFER FEIFPKTSSW PNHDSNKGVT AACPHAGAKS FYKNLIWLVK ...文字列:
MKAILVVLLY TFTTANADTL CIGYHANNST DTVDTVLEKN VTVTHSVNLL EDKHNGKLCK LRGVAPLHLG KCNIAGWILG NPECESLSTA SSWSYIVETS NSDNGTCYPG DFINYEELRE QLSSVSSFER FEIFPKTSSW PNHDSNKGVT AACPHAGAKS FYKNLIWLVK KGNSYPKLSQ SYINDKGKEV LVLWGIHHPS TTADQQSLYQ NADAYVFVGT SRYSKKFKPE IAIRPKVRDQ EGRMNYYWTL VEPGDKITFE ATGNLVVPRY AFTMERNAGS GIIISDTPVH DCNTTCQTPE GAINTSLPFQ NVHPITIGKC PKYVKSTKLR LATGLRNVPS IQSRGLFGAI AGFIEGGWTG MVDGWYGYHH QNEQGSGYAA DLKSTQNAID KITNKVNSVI EKMNTQFTAV GKEFNHLEKR IENLNKKVDD GFLDIWTYNA ELLVLLENER TLDYHDSNVK NLYEKVRNQL KNNAKEIGNG CFEFYHKCDN TCMESVKNGT YDYPKYSEEA KLNREKIDGV GTGYIPEAPR DGQAYVRKDG EWVLLSTFLG SGLNDIFEAQ KIEWHEGHHH HHH

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分子 #2: PN-SIA49 Fab heavy chain

分子名称: PN-SIA49 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: DEXTRO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
QVKLLESGGG LVQPGGSLRL SCAASGITFS SYAMSWVRQA PGKGLEWVST VNSGGGSTYY GDSVRGRFTI SRDNSKSTLY LQLNSLRAED TAIYYCAKDK GRPIFGLVTP SYYMDVWGNG TTVTVSS

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分子 #3: PN-SIA49 Fab light chain

分子名称: PN-SIA49 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: DEXTRO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
ELTQSPSSLS ASVGDSVTIT CRTSERISTY LNWYQQKPGK APRLLVSGAS TLQGGVPSRF SGSGSGTAFT LTINSLQPED FATYYCQQSY STPLTFGGGT KVEIK

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 57.96 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 110499
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.52 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 110499
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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