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- EMDB-45384: Cryo-EM structure of human SRCAP-nucleosome complex in the pre-en... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-45384
タイトルCryo-EM structure of human SRCAP-nucleosome complex in the pre-engaged state (composite structure)
マップデータ
試料
  • 複合体: SRCAP-nucleosome complex
    • 複合体: Endogenous human SRCAP complex
      • タンパク質・ペプチド: x 6種
    • タンパク質・ペプチド: x 4種
    • DNA: x 2種
  • リガンド: x 4種
キーワードChromatin Remodeler / Snf2 family ATPase / H2A.Z / GENE REGULATION
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of lymphoid progenitor cell differentiation / promoter-enhancer loop anchoring activity / telomerase RNA localization to Cajal body / intestinal stem cell homeostasis / regulation of DNA strand elongation / hematopoietic stem cell homeostasis / positive regulation of telomere maintenance in response to DNA damage / histone chaperone activity / establishment of protein localization to chromatin / R2TP complex ...positive regulation of lymphoid progenitor cell differentiation / promoter-enhancer loop anchoring activity / telomerase RNA localization to Cajal body / intestinal stem cell homeostasis / regulation of DNA strand elongation / hematopoietic stem cell homeostasis / positive regulation of telomere maintenance in response to DNA damage / histone chaperone activity / establishment of protein localization to chromatin / R2TP complex / heart process / dynein axonemal particle / negative regulation of G0 to G1 transition / Swr1 complex / RPAP3/R2TP/prefoldin-like complex / Ino80 complex / muscle cell differentiation / regulation of double-strand break repair / nucleolus organization / positive regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / box C/D snoRNP assembly / protein folding chaperone complex / negative regulation of transcription by RNA polymerase I / regulation of chromosome organization / NuA4 histone acetyltransferase complex / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / TFIID-class transcription factor complex binding / regulation of DNA replication / regulation of T cell proliferation / MLL1 complex / regulation of embryonic development / Telomere Extension By Telomerase / somatic stem cell population maintenance / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / histone acetyltransferase activity / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / regulation of DNA repair / calcium ion homeostasis / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / nucleosome binding / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / telomere maintenance / DNA helicase activity / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / TBP-class protein binding / positive regulation of DNA repair / cellular response to estradiol stimulus / euchromatin / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / helicase activity / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / DNA Damage Recognition in GG-NER / ADP binding / beta-catenin binding / chromatin DNA binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / histone deacetylase binding / nuclear matrix / cellular response to UV / structural constituent of chromatin / UCH proteinases / transcription corepressor activity / unfolded protein binding / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / protein folding / nucleosome / heterochromatin formation / nucleosome assembly / HATs acetylate histones / ATPase binding / spermatogenesis / histone binding / regulation of apoptotic process / DNA recombination / DNA helicase / transcription coactivator activity / cytoskeleton / regulation of cell cycle / Ub-specific processing proteases / protein stabilization / nuclear speck / nuclear body / ciliary basal body / cadherin binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / chromatin remodeling / ribonucleoprotein complex / protein heterodimerization activity / cell division / DNA repair / centrosome / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / perinuclear region of cytoplasm / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II
類似検索 - 分子機能
Vps71/ZNHIT1 / HIT zinc finger / Zinc finger HIT-type profile. / Vps72/YL1, N-terminal / YL1 nuclear protein / Zinc finger, HIT-type / : / Vps72/YL1, C-terminal / YL1 nuclear protein C-terminal domain / YL1 nuclear protein C-terminal domain ...Vps71/ZNHIT1 / HIT zinc finger / Zinc finger HIT-type profile. / Vps72/YL1, N-terminal / YL1 nuclear protein / Zinc finger, HIT-type / : / Vps72/YL1, C-terminal / YL1 nuclear protein C-terminal domain / YL1 nuclear protein C-terminal domain / domain in helicases and associated with SANT domains / DNA binding domain with preference for A/T rich regions / AT hook, DNA-binding motif / RuvB-like / RuvB-like, AAA-lid domain / RuvBL1/2, DNA/RNA binding domain / TIP49 P-loop domain / TIP49 AAA-lid domain / TIP49, P-loop domain / HSA domain / Helicase/SANT-associated domain / HSA domain profile. / : / SNF2-like, N-terminal domain superfamily / SNF2, N-terminal / SNF2-related domain / Actin / Actin family / Actin / : / Histone H2B signature. / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2B / Histone H2B / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / Histone 2A / Histone H2A / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / Histone H4 / Histone H4 / CENP-T/Histone H4, histone fold / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / Helicase conserved C-terminal domain / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / ATPase, nucleotide binding domain / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 domain / Histone-fold / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Zinc finger HIT domain-containing protein 1 / Histone H2B 1.1 / Histone H2A type 1 / Histone H4 / Histone H3.2 / Vacuolar protein sorting-associated protein 72 homolog / Helicase SRCAP / Actin-related protein 6 / RuvB-like 2 / RuvB-like 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Xenopus laevis (アフリカツメガエル) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.04 Å
データ登録者Louder RK / Park G
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural divergence of H2A.Z-associated human chromatin remodelers SRCAP and TIP60
著者: Park G / Patel AB / Wu C / Louder RK
履歴
登録2024年6月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年6月18日-
マップ公開2025年6月18日-
更新2025年6月18日-
現状2025年6月18日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_45384.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_45384.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.03 Å/pix.
x 384 pix.
= 393.6 Å		1.03 Å/pix.
x 384 pix.
= 393.6 Å		1.03 Å/pix.
x 384 pix.
= 393.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.025 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大-0.04959834 - 1.8999971
平均 (標準偏差)0.0014715712 (±0.026706617)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 393.59998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : SRCAP-nucleosome complex

全体名称: SRCAP-nucleosome complex
要素
  • 複合体: SRCAP-nucleosome complex
    • 複合体: Endogenous human SRCAP complex
      • タンパク質・ペプチド: Helicase SRCAP
      • タンパク質・ペプチド: Vacuolar protein sorting-associated protein 72 homolog
      • タンパク質・ペプチド: Actin-related protein 6
      • タンパク質・ペプチド: Zinc finger HIT domain-containing protein 1
      • タンパク質・ペプチド: RuvB-like 1
      • タンパク質・ペプチド: RuvB-like 2
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2A type 1
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2B 1.1
    • タンパク質・ペプチド: Histone H3.2
    • タンパク質・ペプチド: Histone H4
    • DNA: DNA (285-MER)
    • DNA: DNA (285-MER)
  • リガンド: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

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超分子 #1: SRCAP-nucleosome complex

超分子名称: SRCAP-nucleosome complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#12
詳細: Endogenous purified SRCAP in bound to 106N32 nucleosome
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 株: K-562 / 器官: BLOOD / 組織: BONE MARROW / Organelle: NUCLEUS / 細胞中の位置: NUCLEOPLASM

+
超分子 #2: Endogenous human SRCAP complex

超分子名称: Endogenous human SRCAP complex / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#6
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 株: K-562 / 器官: BLOOD / 組織: BONE MARROW / Organelle: NUCLEUS / 細胞中の位置: NUCLEOPLASM

+
分子 #1: Helicase SRCAP

分子名称: Helicase SRCAP / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 343.91525 KDa
配列文字列: MQSSPSPAHP QLPVLQTQMV SDGMTGSNPV SPASSSSPAS SGAGGISPQH IAQDSSLDGP PGPPDGATVP LEGFSLSQAA DLANKGPKW EKSHAEIAEQ AKHEAEIETR IAELRKEGFW SLKRLPKVPE PPRPKGHWDY LCEEMQWLSA DFAQERRWKR G VARKVVRM ...文字列:
MQSSPSPAHP QLPVLQTQMV SDGMTGSNPV SPASSSSPAS SGAGGISPQH IAQDSSLDGP PGPPDGATVP LEGFSLSQAA DLANKGPKW EKSHAEIAEQ AKHEAEIETR IAELRKEGFW SLKRLPKVPE PPRPKGHWDY LCEEMQWLSA DFAQERRWKR G VARKVVRM VIRHHEEQRQ KEERARREEQ AKLRRIASTM AKDVRQFWSN VEKVVQFKQQ SRLEEKRKKA LDLHLDFIVG QT EKYSDLL SQSLNQPLTS SKAGSSPCLG SSSAASSPPP PASRLDDEDG DFQPQEDEEE DDEETIEVEE QQEGNDAEAQ RRE IELLRR EGELPLEELL RSLPPQLLEG PSSPSQTPSS HDSDTRDGPE EGAEEEPPQV LEIKPPPSAV TQRNKQPWHP DEDD EEFTA NEEEAEDEED TIAAEEQLEG EVDHAMELSE LAREGELSME ELLQQYAGAY APGSGSSEDE DEDEVDANSS DCEPE GPVE AEEPPQEDSS SQSDSVEDRS EDEEDEHSEE EETSGSSASE ESESEESEDA QSQSQADEEE EDDDFGVEYL LARDEE QSE ADAGSGPPTP GPTTLGPKKE ITDIAAAAES LQPKGYTLAT TQVKTPIPLL LRGQLREYQH IGLDWLVTMY EKKLNGI LA DEMGLGKTIQ TISLLAHLAC EKGNWGPHLI IVPTSVMLNW EMELKRWCPS FKILTYYGAQ KERKLKRQGW TKPNAFHV C ITSYKLVLQD HQAFRRKNWR YLILDEAQNI KNFKSQRWQS LLNFNSQRRL LLTGTPLQNS LMELWSLMHF LMPHVFQSH REFKEWFSNP LTGMIEGSQE YNEGLVKRLH KVLRPFLLRR VKVDVEKQMP KKYEHVIRCR LSKRQRCLYD DFMAQTTTKE TLATGHFMS VINILMQLRK VCNHPNLFDP RPVTSPFITP GICFSTASLV LRATDVHPLQ RIDMGRFDLI GLEGRVSRYE A DTFLPRHR LSRRVLLEVA TAPDPPPRPK PVKMKVNRML QPVPKQEGRT VVVVNNPRAP LGPVPVRPPP GPELSAQPTP GP VPQVLPA SLMVSASPAG PPLIPASRPP GPVLLPPLQP NSGSLPQVLP SPLGVLSGTS RPPTPTLSLK PTPPAPVRLS PAP PPGSSS LLKPLTVPPG YTFPPAAATT TSTTTATATT TAVPAPTPAP QRLILSPDMQ ARLPSGEVVS IGQLASLAQR PVAN AGGSK PLTFQIQGNK LTLTGAQVRQ LAVGQPRPLQ RNVVHLVSAG GQHHLISQPA HVALIQAVAP TPGPTPVSVL PSSTP STTP APTGLSLPLA ANQVPPTMVN NTGVVKIVVR QAPRDGLTPV PPLAPAPRPP SSGLPAVLNP RPTLTPGRLP TPTLGT ARA PMPTPTLVRP LLKLVHSPSP EVSASAPGAA PLTISSPLHV PSSLPGPASS PMPIPNSSPL ASPVSSTVSV PLSSSLP IS VPTTLPAPAS APLTIPISAP LTVSASGPAL LTSVTPPLAP VVPAAPGPPS LAPSGASPSA SALTLGLATA PSLSSSQT P GHPLLLAPTS SHVPGLNSTV APACSPVLVP ASALASPFPS APNPAPAQAS LLAPASSASQ ALATPLAPMA APQTAILAP SPAPPLAPLP VLAPSPGAAP VLASSQTPVP VMAPSSTPGT SLASASPVPA PTPVLAPSST QTMLPAPVPS PLPSPASTQT LALAPALAP TLGGSSPSQT LSLGTGNPQG PFPTQTLSLT PASSLVPTPA QTLSLAPGPP LGPTQTLSLA PAPPLAPASP V GPAPAHTL TLAPASSSAS LLAPASVQTL TLSPAPVPTL GPAAAQTLAL APASTQSPAS QASSLVVSAS GAAPLPVTMV SR LPVSKDE PDTLTLRSGP PSPPSTATSF GGPRPRRQPP PPPRSPFYLD SLEEKRKRQR SERLERIFQL SEAHGALAPV YGT EVLDFC TLPQPVASPI GPRSPGPSHP TFWTYTEAAH RAVLFPQQRL DQLSEIIERF IFVMPPVEAP PPSLHACHPP PWLA PRQAA FQEQLASELW PRARPLHRIV CNMRTQFPDL RLIQYDCGKL QTLAVLLRQL KAEGHRVLIF TQMTRMLDVL EQFLT YHGH LYLRLDGSTR VEQRQALMER FNADKRIFCF ILSTRSGGVG VNLTGADTVV FYDSDWNPTM DAQAQDRCHR IGQTRD VHI YRLISERTVE ENILKKANQK RMLGDMAIEG GNFTTAYFKQ QTIRELFDMP LEEPSSSSVP SAPEEEEETV ASKQTHI LE QALCRAEDEE DIRAATQAKA EQVAELAEFN ENDGFPAGEG EEAGRPGAED EEMSRAEQEI AALVEQLTPI ERYAMKFL E ASLEEVSREE LKQAEEQVEA ARKDLDQAKE EVFRLPQEEE EGPGAGDESS CGTGGGTHRR SKKAKAPERP GTRVSERLR GARAETQGAN HTPVISAHQT RSTTTPPRCS PARERVPRPA PRPRPTPASA PAAIPALVPV PVSAPVPISA PNPITILPVH ILPSPPPPS QIPPCSSPAC TPPPACTPPP AHTPPPAQTC LVTPSSPLLL GPPSVPISAS VTNLPLGLRP EAELCAQALA S PESLELAS VASSETSSLS LVPPKDLLPV AVEILPVSEK NLSLTPSAPS LTLEAGSIPN GQEQEAPDSA EGTTLTVLPE GE ELPLCVS ESNGLELPPS AASDEPLQEP LEADRTSEEL TEAKTPTSSP EKPQELVTAE VAAPSTSSSA TSSPEGPSPA RPP RRRTSA DVEIRGQGTG RPGQPPGPKV LRKLPGRLVT VVEEKELVRR RRQQRGAAST LVPGVSETSA SPGSPSVRSM SGPE SSPPI GGPCEAAPSS SLPTPPQQPF IARRHIELGV TGGGSPENGD GALLAITPPA VKRRRGRPPK KNRSPADAGR GVDEA PSST LKGKTNGADP VPGPETLIVA DPVLEPQLIP GPQPLGPQPV HRPNPLLSPV EKRRRGRPPK ARDLPIPGTI SSAGDG NSE SRTQPPPHPS PLTPLPPLLV CPTATVANTV TTVTISTSPP KRKRGRPPKN PPSPRPSQLP VLDRDSTSVL ESCGLGR RR QPQGQGESEG SSSDEDGSRP LTRLARLRLE AEGMRGRKSG GSMVVAVIQD DLDLADSGPG GLELTPPVVS LTPKLRST R LRPGSLVPPL ETEKLPRKRA GAPVGGSPGL AKRGRLQPPS PLGPEGSVEE SEAEASGEEE EGDGTPRRRP GPRRLVGTT NQGDQRILRS SAPPSLAGPA VSHRGRKAKT

UniProtKB: Helicase SRCAP

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分子 #2: Vacuolar protein sorting-associated protein 72 homolog

分子名称: Vacuolar protein sorting-associated protein 72 homolog
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 40.658363 KDa
配列文字列: MSLAGGRAPR KTAGNRLSGL LEAEEEDEFY QTTYGGFTEE SGDDEYQGDQ SDTEDEVDSD FDIDEGDEPS SDGEAEEPRR KRRVVTKAY KEPLKSLRPR KVNTPAGSSQ KAREEKALLP LELQDDGSDS RKSMRQSTAE HTRQTFLRVQ ERQGQSRRRK G PHCERPLT ...文字列:
MSLAGGRAPR KTAGNRLSGL LEAEEEDEFY QTTYGGFTEE SGDDEYQGDQ SDTEDEVDSD FDIDEGDEPS SDGEAEEPRR KRRVVTKAY KEPLKSLRPR KVNTPAGSSQ KAREEKALLP LELQDDGSDS RKSMRQSTAE HTRQTFLRVQ ERQGQSRRRK G PHCERPLT QEELLREAKI TEELNLRSLE TYERLEADKK KQVHKKRKCP GPIITYHSVT VPLVGEPGPK EENVDIEGLD PA PSVSALT PHAGTGPVNP PARCSRTFIT FSDDATFEEW FPQGRPPKVP VREVCPVTHR PALYRDPVTD IPYATARAFK IIR EAYKKY ITAHGLPPTA SALGPGPPPP EPLPGSGPRA LRQKIVIK

UniProtKB: Vacuolar protein sorting-associated protein 72 homolog

+
分子 #3: Actin-related protein 6

分子名称: Actin-related protein 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 45.857902 KDa
配列文字列: MTTLVLDNGA YNAKIGYSHE NVSVIPNCQF RSKTARLKTF TANQIDEIKD PSGLFYILPF QKGYLVNWDV QRQVWDYLFG KEMYQVDFL DTNIIITEPY FNFTSIQESM NEILFEEYQF QAVLRVNAGA LSAHRYFRDN PSELCCIIVD SGYSFTHIVP Y CRSKKKKE ...文字列:
MTTLVLDNGA YNAKIGYSHE NVSVIPNCQF RSKTARLKTF TANQIDEIKD PSGLFYILPF QKGYLVNWDV QRQVWDYLFG KEMYQVDFL DTNIIITEPY FNFTSIQESM NEILFEEYQF QAVLRVNAGA LSAHRYFRDN PSELCCIIVD SGYSFTHIVP Y CRSKKKKE AIIRINVGGK LLTNHLKEII SYRQLHVMDE THVINQVKED VCYVSQDFYR DMDIAKLKGE ENTVMIDYVL PD FSTIKKG FCKPREEMVL SGKYKSGEQI LRLANERFAV PEILFNPSDI GIQEMGIPEA IVYSIQNLPE EMQPHFFKNI VLT GGNSLF PGFRDRVYSE VRCLTPTDYD VSVVLPENPI TYAWEGGKLI SENDDFEDMV VTREDYEENG HSVCEEKFDI

UniProtKB: Actin-related protein 6

+
分子 #4: Zinc finger HIT domain-containing protein 1

分子名称: Zinc finger HIT domain-containing protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 17.567023 KDa
配列文字列:
MVEKKTSVRS QDPGQRRVLD RAARQRRINR QLEALENDNF QDDPHAGLPQ LGKRLPQFDD DADTGKKKKK TRGDHFKLRF RKNFQALLE EQNLSVAEGP NYLTACAGPP SRPQRPFCAV CGFPSPYTCV SCGARYCTVR CLGTHQETRC LKWTV

UniProtKB: Zinc finger HIT domain-containing protein 1

+
分子 #5: RuvB-like 1

分子名称: RuvB-like 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 50.296914 KDa
配列文字列: MKIEEVKSTT KTQRIASHSH VKGLGLDESG LAKQAASGLV GQENAREACG VIVELIKSKK MAGRAVLLAG PPGTGKTALA LAIAQELGS KVPFCPMVGS EVYSTEIKKT EVLMENFRRA IGLRIKETKE VYEGEVTELT PCETENPMGG YGKTISHVII G LKTAKGTK ...文字列:
MKIEEVKSTT KTQRIASHSH VKGLGLDESG LAKQAASGLV GQENAREACG VIVELIKSKK MAGRAVLLAG PPGTGKTALA LAIAQELGS KVPFCPMVGS EVYSTEIKKT EVLMENFRRA IGLRIKETKE VYEGEVTELT PCETENPMGG YGKTISHVII G LKTAKGTK QLKLDPSIFE SLQKERVEAG DVIYIEANSG AVKRQGRCDT YATEFDLEAE EYVPLPKGDV HKKKEIIQDV TL HDLDVAN ARPQGGQDIL SMMGQLMKPK KTEITDKLRG EINKVVNKYI DQGIAELVPG VLFVDEVHML DIECFTYLHR ALE SSIAPI VIFASNRGNC VIRGTEDITS PHGIPLDLLD RVMIIRTMLY TPQEMKQIIK IRAQTEGINI SEEALNHLGE IGTK TTLRY SVQLLTPANL LAKINGKDSI EKEHVEEISE LFYDAKSSAK ILADQQDKYM K

UniProtKB: RuvB-like 1

+
分子 #6: RuvB-like 2

分子名称: RuvB-like 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 51.222465 KDa
配列文字列: MATVTATTKV PEIRDVTRIE RIGAHSHIRG LGLDDALEPR QASQGMVGQL AARRAAGVVL EMIREGKIAG RAVLIAGQPG TGKTAIAMG MAQALGPDTP FTAIAGSEIF SLEMSKTEAL TQAFRRSIGV RIKEETEIIE GEVVEIQIDR PATGTGSKVG K LTLKTTEM ...文字列:
MATVTATTKV PEIRDVTRIE RIGAHSHIRG LGLDDALEPR QASQGMVGQL AARRAAGVVL EMIREGKIAG RAVLIAGQPG TGKTAIAMG MAQALGPDTP FTAIAGSEIF SLEMSKTEAL TQAFRRSIGV RIKEETEIIE GEVVEIQIDR PATGTGSKVG K LTLKTTEM ETIYDLGTKM IESLTKDKVQ AGDVITIDKA TGKISKLGRS FTRARDYDAM GSQTKFVQCP DGELQKRKEV VH TVSLHEI DVINSRTQGF LALFSGDTGE IKSEVREQIN AKVAEWREEG KAEIIPGVLF IDEVHMLDIE SFSFLNRALE SDM APVLIM ATNRGITRIR GTSYQSPHGI PIDLLDRLLI VSTTPYSEKD TKQILRIRCE EEDVEMSEDA YTVLTRIGLE TSLR YAIQL ITAASLVCRK RKGTEVQVDD IKRVYSLFLD ESRSTQYMKE YQDAFLFNEL KGETMDTS

UniProtKB: RuvB-like 2

+
分子 #7: Histone H2A type 1

分子名称: Histone H2A type 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 13.907163 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
SGRGKQGGKT RAKAKTRSSR AGLQFPVGRV HRLLRKGNYA ERVGAGAPVY LAAVLEYLTA EILELAGNAA RDNKKTRIIP RHLQLAVRN DEELNKLLGR VTIAQGGVLP NIQSVLLPKK TESSKSKSK

UniProtKB: Histone H2A type 1

+
分子 #8: Histone H2B 1.1

分子名称: Histone H2B 1.1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 13.848097 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
PEPAKSAPAP KKGSKKAVTK TQKKDGKKRR KTRKESYAIY VYKVLKQVHP DTGISSKAMS IMNSFVNDVF ERIAGEASRL AHYNKRSTI TSREIQTAVR LLLPGELAKH AVSEGTKAVT KYTSAK

UniProtKB: Histone H2B 1.1

+
分子 #9: Histone H3.2

分子名称: Histone H3.2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 15.30393 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
ARTKQTARKS TGGKAPRKQL ATKAARKSAP ATGGVKKPHR YRPGTVALRE IRRYQKSTEL LIRKLPFQRL VREIAQDFKT DLRFQSSAV MALQEASEAY LVALFEDTNL CAIHAKRVTI MPKDIQLARR IRGERA

UniProtKB: Histone H3.2

+
分子 #10: Histone H4

分子名称: Histone H4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 11.263231 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
SGRGKGGKGL GKGGAKRHRK VLRDNIQGIT KPAIRRLARR GGVKRISGLI YEETRGVLKV FLENVIRDAV TYTEHAKRKT VTAMDVVYA LKRQGRTLYG FGG

UniProtKB: Histone H4

+
分子 #11: DNA (285-MER)

分子名称: DNA (285-MER) / タイプ: dna / ID: 11 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 87.851664 KDa
配列文字列: (DA)(DT)(DC)(DG)(DA)(DA)(DG)(DG)(DG)(DC) (DG)(DC)(DC)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DA) (DG)(DG)(DG)(DG)(DG)(DT)(DG)(DG)(DG) (DG)(DG)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DC)(DG) (DT) (DC)(DC)(DT)(DC)(DC) ...文字列:
(DA)(DT)(DC)(DG)(DA)(DA)(DG)(DG)(DG)(DC) (DG)(DC)(DC)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DA) (DG)(DG)(DG)(DG)(DG)(DT)(DG)(DG)(DG) (DG)(DG)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DC)(DG) (DT) (DC)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DT)(DC) (DT)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG)(DC) (DG)(DC) (DG)(DA)(DG)(DT)(DT)(DT)(DC) (DA)(DG)(DG)(DC)(DA)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT) (DG)(DC)(DG) (DT)(DC)(DC)(DT)(DG)(DC) (DT)(DG)(DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG) (DG)(DG)(DA)(DA) (DG)(DC)(DC)(DC)(DT) (DG)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT) (DC)(DC)(DC)(DG)(DG) (DT)(DG)(DC)(DG) (DC)(DA)(DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC) (DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DG) (DT)(DC)(DG) (DT)(DA)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC) (DT)(DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC) (DG)(DC) (DT)(DT)(DA)(DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DA)(DG) (DC)(DT)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC) (DT) (DG)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DG)(DC)(DG) (DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DG) (DC)(DC)(DA)(DA)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT) (DT)(DA)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DG) (DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA)(DG)(DG)(DC) (DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA) (DT) (DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DC)(DA)(DT) (DC)(DC)(DT)(DG)(DT)(DG)(DA)(DT)(DC)(DC) (DC)(DC) (DG)(DG)(DG)(DT)(DA)(DC)(DC) (DG)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DG)(DA)(DA)(DT) (DT)(DC)(DA) (DC)(DT)(DG)(DG)(DC)

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分子 #12: DNA (285-MER)

分子名称: DNA (285-MER) / タイプ: dna / ID: 12 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 88.19093 KDa
配列文字列: (DG)(DC)(DC)(DA)(DG)(DT)(DG)(DA)(DA)(DT) (DT)(DC)(DG)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG) (DT)(DA)(DC)(DC)(DC)(DG)(DG)(DG)(DG) (DA)(DT)(DC)(DA)(DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT) (DG) (DT)(DA)(DC)(DA)(DT) ...文字列:
(DG)(DC)(DC)(DA)(DG)(DT)(DG)(DA)(DA)(DT) (DT)(DC)(DG)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG) (DT)(DA)(DC)(DC)(DC)(DG)(DG)(DG)(DG) (DA)(DT)(DC)(DA)(DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT) (DG) (DT)(DA)(DC)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC) (DT)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DC) (DC)(DT) (DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT) (DA)(DG)(DG)(DG)(DA)(DG)(DT)(DA)(DA)(DT) (DC)(DC)(DC) (DC)(DT)(DT)(DG)(DG)(DC) (DG)(DG)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA)(DA)(DC)(DG) (DC)(DG)(DG)(DG) (DG)(DG)(DA)(DC)(DA) (DG)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG)(DC)(DT) (DG)(DC)(DG)(DT)(DT) (DT)(DA)(DA)(DG) (DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DT)(DA)(DG)(DA) (DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC) (DT)(DA)(DC) (DG)(DA)(DC)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DA) (DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT) (DG)(DC) (DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT) (DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA)(DG)(DC) (DA) (DG)(DG)(DG)(DC)(DT)(DT)(DC)(DC)(DC)(DA) (DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DG)(DC)(DA)(DG) (DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DC)(DG)(DC)(DA)(DG) (DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DA) (DA)(DA)(DC)(DT)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC) (DC)(DG)(DC)(DG)(DA)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA) (DG) (DG)(DG)(DA)(DG)(DG)(DA)(DC)(DG) (DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DC)(DC)(DC) (DC)(DA) (DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DT)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DG)(DG)(DC)(DG)(DC) (DC)(DC)(DT) (DT)(DC)(DG)(DA)(DT)

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分子 #13: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER

分子名称: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 1 / 式: AGS
分子量理論値: 523.247 Da
Chemical component information

ChemComp-AGS:
PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

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分子 #14: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 4 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #15: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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分子 #16: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 6 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.6
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Negative stain reconstruction
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.04 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 28381
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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