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- EMDB-43272: Cryo-EM structure of Helicobacter pylori VacA hexamer that was de... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-43272
タイトルCryo-EM structure of Helicobacter pylori VacA hexamer that was detergent solubilized form membrane, no symmetry applied
マップデータVacA hexamer solubilized from LUVs with DDM. No symmetry applied.
試料
  • 複合体: Helicobacter pylori VacA hexamer detergent-solubilized from LUVs, no symmetry
キーワードpore-forming toxin / membrane-associated protein / TOXIN
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.65 Å
データ登録者Connolly SM / Ohi MD
資金援助 米国, 9件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI039657 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI118932 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA116087 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorS10OD030275 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32GM08320 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32GM007315 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)F31GM139291 米国
American Heart Association905705 米国
Department of Veterans Affairs (VA, United States)5I01BX004447 米国
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2024
タイトル: Structural Analysis of Membrane-associated Forms of Helicobacter pylori VacA Toxin.
著者: Sarah M Connolly / Amanda L Erwin / Megan Sabb / Jessica L Hanks / Louise Chang / Rachel M Torrez / Georgia C Caso / Anne M Campbell / Shyamal Mosalaganti / Timothy L Cover / Melanie D Ohi /
要旨: Helicobacter pylori colonizes the stomach in about half of the human population, leading to an increased risk of peptic ulcer disease and gastric cancer. H. pylori secretes an 88 kDa VacA toxin that ...Helicobacter pylori colonizes the stomach in about half of the human population, leading to an increased risk of peptic ulcer disease and gastric cancer. H. pylori secretes an 88 kDa VacA toxin that contributes to pathogenesis. VacA assembles into oligomeric complexes in solution and forms anion-selective channels in cell membranes. Cryo-electron microscopy (cryo-EM) analyses of VacA oligomers in solution provided insights into VacA oligomerization but failed to reveal the structure of the hydrophobic N-terminal region predicted to be a pore-forming domain. In this study, we incubated VacA with liposomes and used single particle cryo-EM to analyze detergent-extracted VacA oligomers. A 3D structure of detergent-solubilized VacA hexamers revealed the presence of six α-helices extending from the center of the oligomers, a feature not observed in previous studies of water-soluble VacA oligomers. Cryo-electron tomography analysis and 2D averages of VacA associated with liposomes confirmed that central regions of the membrane-associated VacA oligomers can insert into the lipid bilayer. However, insertion is heterogenous, with some membrane-associated oligomers appearing only partially inserted and others sitting on top of the bilayer. These studies indicate that VacA undergoes a conformational change when contacting the membrane and reveal an α-helical region positioned to extend into the membrane. Although the reported VacA 3D structure does not represent a selective anion channel, our combined single particle 3D analysis, cryo-electron tomography, and modeling allow us to propose a model for the structural organization of the VacA N-terminus in the context of a hexamer as it inserts into the membrane.
履歴
登録2024年1月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年1月24日-
マップ公開2024年1月24日-
更新2024年1月24日-
現状2024年1月24日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_43272.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_43272.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈VacA hexamer solubilized from LUVs with DDM. No symmetry applied.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.01 Å/pix.
x 300 pix.
= 602.1 Å		2.01 Å/pix.
x 300 pix.
= 602.1 Å		2.01 Å/pix.
x 300 pix.
= 602.1 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.007 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.185
最小 - 最大-0.5471718 - 1.1223648
平均 (標準偏差)0.00022674854 (±0.02855849)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 602.1 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: VacA hexamer solubilized from LUVs with DDM. No...

ファイルemd_43272_half_map_1.map
注釈VacA hexamer solubilized from LUVs with DDM. No symmetry applied. Half map B.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: VacA hexamer solubilized from LUVs with DDM. No...

ファイルemd_43272_half_map_2.map
注釈VacA hexamer solubilized from LUVs with DDM. No symmetry applied. Half map A.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Helicobacter pylori VacA hexamer detergent-solubilized from LUVs,...

全体名称: Helicobacter pylori VacA hexamer detergent-solubilized from LUVs, no symmetry
要素
  • 複合体: Helicobacter pylori VacA hexamer detergent-solubilized from LUVs, no symmetry

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超分子 #1: Helicobacter pylori VacA hexamer detergent-solubilized from LUVs,...

超分子名称: Helicobacter pylori VacA hexamer detergent-solubilized from LUVs, no symmetry
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: VacA hexamer bound to large unilamellar vesicles (LUVs) and solubilized by DDM
由来(天然)生物種: Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 株: 60190

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.3
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 51.61 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab initio model
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.65 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 20539
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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