[日本語] English
万見
- EMDB-42842: A Mitochondrial Replication Complex: PolG/PolG2 Bound to DNA in c... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-42842
タイトルA Mitochondrial Replication Complex: PolG/PolG2 Bound to DNA in complex with the Single-Stranded Binding Protein (mtSSB)
マップデータ
試料
  • 複合体: The Mitchondrial DNA polymerase, catalytic (PolG) and accessory subunits (PolG2), bound to DNA in complex with the mitochondrial DNA single-stranded binding protein (mtSSB)
    • タンパク質・ペプチド: PolG, mitochondrial DNA polymerase catalytic subunit
    • タンパク質・ペプチド: PolG2, mitochondrial DNA polymerase gamma accessory subunit
    • タンパク質・ペプチド: Single-stranded DNA-binding protein, mitochondrial
    • DNA: DNA1
    • DNA: DNA2
    • DNA: DNA3
キーワードDNA BINDING PROTEIN / DNA polymerase / mitochondrial DNA replication / DNA polymerase gamma / mitochondrial single-stranded binding protein / SSB / SSBP1 / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
生物種Homo sapiens (ヒト) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Riccio AA / Bouvette J / Borgnia MJ / Copeland WC
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)Z01 ES065078 米国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)Z01 ES065080 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2024
タイトル: Structures of the mitochondrial single-stranded DNA binding protein with DNA and DNA polymerase γ.
著者: Amanda A Riccio / Jonathan Bouvette / Lars C Pedersen / Shruti Somai / Robert C Dutcher / Mario J Borgnia / William C Copeland /
要旨: The mitochondrial single-stranded DNA (ssDNA) binding protein, mtSSB or SSBP1, binds to ssDNA to prevent secondary structures of DNA that could impede downstream replication or repair processes. ...The mitochondrial single-stranded DNA (ssDNA) binding protein, mtSSB or SSBP1, binds to ssDNA to prevent secondary structures of DNA that could impede downstream replication or repair processes. Clinical mutations in the SSBP1 gene have been linked to a range of mitochondrial disorders affecting nearly all organs and systems. Yet, the molecular determinants governing the interaction between mtSSB and ssDNA have remained elusive. Similarly, the structural interaction between mtSSB and other replisome components, such as the mitochondrial DNA polymerase, Polγ, has been minimally explored. Here, we determined a 1.9-Å X-ray crystallography structure of the human mtSSB bound to ssDNA. This structure uncovered two distinct DNA binding sites, a low-affinity site and a high-affinity site, confirmed through site-directed mutagenesis. The high-affinity binding site encompasses a clinically relevant residue, R38, and a highly conserved DNA base stacking residue, W84. Employing cryo-electron microscopy, we confirmed the tetrameric assembly in solution and capture its interaction with Polγ. Finally, we derived a model depicting modes of ssDNA wrapping around mtSSB and a region within Polγ that mtSSB binds.
履歴
登録2023年11月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年8月21日-
マップ公開2024年8月21日-
更新2024年10月2日-
現状2024年10月2日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_42842.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_42842.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 699 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 568 pix.
= 482.8 Å		0.85 Å/pix.
x 568 pix.
= 482.8 Å		0.85 Å/pix.
x 568 pix.
= 482.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.85 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.155
最小 - 最大-0.41639942 - 0.9384343
平均 (標準偏差)-0.0005505704 (±0.017197749)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ568568568
Spacing568568568
セルA=B=C: 482.80002 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_42842_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_42842_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : The Mitchondrial DNA polymerase, catalytic (PolG) and accessory s...

全体名称: The Mitchondrial DNA polymerase, catalytic (PolG) and accessory subunits (PolG2), bound to DNA in complex with the mitochondrial DNA single-stranded binding protein (mtSSB)
要素
  • 複合体: The Mitchondrial DNA polymerase, catalytic (PolG) and accessory subunits (PolG2), bound to DNA in complex with the mitochondrial DNA single-stranded binding protein (mtSSB)
    • タンパク質・ペプチド: PolG, mitochondrial DNA polymerase catalytic subunit
    • タンパク質・ペプチド: PolG2, mitochondrial DNA polymerase gamma accessory subunit
    • タンパク質・ペプチド: Single-stranded DNA-binding protein, mitochondrial
    • DNA: DNA1
    • DNA: DNA2
    • DNA: DNA3

-
超分子 #1: The Mitchondrial DNA polymerase, catalytic (PolG) and accessory s...

超分子名称: The Mitchondrial DNA polymerase, catalytic (PolG) and accessory subunits (PolG2), bound to DNA in complex with the mitochondrial DNA single-stranded binding protein (mtSSB)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 230 KDa

-
分子 #1: PolG, mitochondrial DNA polymerase catalytic subunit

分子名称: PolG, mitochondrial DNA polymerase catalytic subunit
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MGGSHHHHHH GSRFMVSSSV PASDPSDGQR RRQQQQQQQQ QQQQQPQQPQ VLSSEGGQL RHNPLDIQML SRGLHEQIFG QGGEMPGEAA VRRSVEHLQK H GLWGQPAV PLPDVELRLP PLYGDNLDQH FRLLAQKQSL PYLEAANLLL QA QLPPKPP AWAWAEGWTR ...文字列:
MGGSHHHHHH GSRFMVSSSV PASDPSDGQR RRQQQQQQQQ QQQQQPQQPQ VLSSEGGQL RHNPLDIQML SRGLHEQIFG QGGEMPGEAA VRRSVEHLQK H GLWGQPAV PLPDVELRLP PLYGDNLDQH FRLLAQKQSL PYLEAANLLL QA QLPPKPP AWAWAEGWTR YGPEGEAVPV AIPEERALVF AVAVCLAEGT CPT LAVAIS PSAWYSWCSQ RLVEERYSWT SQLSPADLIP LEVPTGASSP TQRD WQEQL VVGHNVSFDR AHIREQYLIQ GSRMRFLDTM SMHMAISGLS SFQRS LWIA AKQGKHKVQP PTKQGQKSQR KARRGPAISS WDWLDISSVN SLAEVH RLY VGGPPLEKEP RELFVKGTMK DIRENFQDLM QYCAQDVWAT HEVFQQQ LP LFLERCPHPV TLAGMLEMGV SYLPVNQNWE RYLAEAQGTY EELQREMK K SLMDLANDAC QLLSGERYKE DPWLWDLEWD LQEFKQKKAK KVKKEPATA SKLPIEGAGA PGDPMDQEDL GPCSEEEEFQ QDVMARACLQ KLKGTTELLP KRPQHLPGH PGWYRKLCPR LDDPAWTPGP SLLSLQMRVT PKLMALTWDG F PLHYSERH GWGYLVPGRR DNLAKLPTGT TLESAGVVCP YRAIESLYRK HC LEQGKQQ LMPQEAGLAE EFLLTDNSAI WQTVEELDYL EVEAEAKMEN LRA AVPGQP LALTARGGPK DTQPSYHHGN GPYNDVDIPG CWFFKLPHKD GNSC NVGSP FAKDFLPKME DGTLQAGPGG ASGPRALEIN KMISFWRNAH KRISS QMVV WLPRSALPRA VIRHPDYDEE GLYGAILPQV VTAGTITRRA VEPTWL TAS NARPDRVGSE LKAMVQAPPG YTLVGADVDS QELWIAAVLG DAHFAGM HG CTAFGWMTLQ GRKSRGTDLH SKTATTVGIS REHAKIFNYG RIYGAGQP F AERLLMQFNH RLTQQEAAEK AQQMYAATKG LRWYRLSDEG EWLVRELNL PVDRTEGGWI SLQDLRKVQR ETARKSQWKK WEVVAERAWK GGTESEMFNK LESIATSDI PRTPVLGCCI SRALEPSAVQ EEFMTSRVNW VVQSSAVDYL H LMLVAMKW LFEEFAIDGR FCISIHDEVR YLVREEDRYR AALALQITNL LT RCMFAYK LGLNDLPQSV AFFSAVDIDR CLRKEVTMDC KTPSNPTGME RRY GIPQGE ALDIYQIIEL TKGSLEKRSQ PGP

-
分子 #2: PolG2, mitochondrial DNA polymerase gamma accessory subunit

分子名称: PolG2, mitochondrial DNA polymerase gamma accessory subunit
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: M A S R G S H H H H H H G A DA GQPELLTERS SPKGGHVKSH AELEGNGEHP EAP GSGEGS EALLEICQRR HFLSGSKQQL SRDSLLSGCH PGFGPLGVEL RKNLAAEWWT SVVV FREQV FPVDALHHKP GPLLPGDSAF RLVSAETLRE ILQDKELSKE ...文字列:
M A S R G S H H H H H H G A DA GQPELLTERS SPKGGHVKSH AELEGNGEHP EAP GSGEGS EALLEICQRR HFLSGSKQQL SRDSLLSGCH PGFGPLGVEL RKNLAAEWWT SVVV FREQV FPVDALHHKP GPLLPGDSAF RLVSAETLRE ILQDKELSKE QLVAFLENVL KTSGK LREN LLHGALEHYV NCLDLVNKRL PYGLAQIGVC FHPVFDTKQI RNGVKSIGEK TEASLV WFT PPRTSNQWLD FWLRHRLQWW RKFAMSPSNF SSSDCQDEEG RKGNKLYYNF PWGKELI ET LWNLGDHELL HMYPGNVSKL HGRDGRKNVV PCVLSVNGDL DRGMLAYLYD SFQLTENS F TRKKNLHRKV LKLHPCLAPI KVALDVGRGP TLELRQVCQG LFNELLENGI SVWPGYLET MQSSLEQLYS KYDEMSILFT VLVTETTLEN GLIHLRSRDT TMKEMMHISK LKDFLIKYIS SAKNV

-
分子 #3: Single-stranded DNA-binding protein, mitochondrial

分子名称: Single-stranded DNA-binding protein, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MGSSHHHHHH SSGENLYFQG SMESETTTSL VLERSLNRVH LLGRVGQDPV LRQVEGKNP VTIFSLATNE MWRSGDSEVY QLGDVSQKTT WHRISVFRPG L RDVAYQYV KKGSRIYLEG KIDYGEYMDK NNVRRQATTI IADNIIFLSD QT KEKE

-
分子 #4: DNA1

分子名称: DNA1 / タイプ: dna / ID: 4 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
配列文字列:
ATTTCGTACA TTACTGCCAG CCACCATGA ATATTGTACG GTACCATAAA TACTTGACCA CCTGTAGTAC ATAAAAACCC A

-
分子 #5: DNA2

分子名称: DNA2 / タイプ: dna / ID: 5 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
配列文字列:
TGGGTTTTTA TGTACTACAG GTGGTCAAGT ATTTATGGTA CCGTACAATA

-
分子 #6: DNA3

分子名称: DNA3 / タイプ: dna / ID: 6 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
配列文字列:
AGACACAGCA CTACATTGAG GTTGGTACGA GCAGTTAGGG AGAATTGAGC TCTAACGGAT CTGGCAGTA ATGTACGAAA T

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度1.2 mg/mL
緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 61961
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る