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- EMDB-41209: Avian Adeno-associated virus - empty capsid -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-41209
タイトルAvian Adeno-associated virus - empty capsid
マップデータ
試料
  • ウイルス: Avian adeno-associated virus (アデノ随伴ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein
  • リガンド: 2'-DEOXYADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE
キーワードAdeno-associated virus / capsid / quail bronchitis / avianAAV / AAAV / VIRUS
機能・相同性Phospholipase A2-like domain / Phospholipase A2-like domain / Parvovirus coat protein VP2 / Parvovirus coat protein VP1/VP2 / Parvovirus coat protein VP1/VP2 / Capsid/spike protein, ssDNA virus / T=1 icosahedral viral capsid / structural molecule activity / Capsid protein
機能・相同性情報
生物種Avian adeno-associated virus (アデノ随伴ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.06 Å
データ登録者Hsi J / Mietzsch M / Chipman P / Afione S / Zeher A / Huang R / Chiorini J / McKenna R
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)NIH GM082946 米国
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2023
タイトル: Structural and antigenic characterization of the avian adeno-associated virus capsid.
著者: Jane Hsi / Mario Mietzsch / Paul Chipman / Sandra Afione / Allison Zeher / Rick Huang / John Chiorini / Robert McKenna /
要旨: AAVs are extensively studied as promising therapeutic gene delivery vectors. In order to circumvent pre-existing antibodies targeting primate-based AAV capsids, the AAAV capsid was evaluated as an ...AAVs are extensively studied as promising therapeutic gene delivery vectors. In order to circumvent pre-existing antibodies targeting primate-based AAV capsids, the AAAV capsid was evaluated as an alternative to primate-based therapeutic vectors. Despite the high sequence diversity, the AAAV capsid was found to bind to a common glycan receptor, terminal galactose, which is also utilized by other AAVs already being utilized in gene therapy trials. However, contrary to the initial hypothesis, AAAV was recognized by approximately 30% of human sera tested. Structural and sequence comparisons point to conserved epitopes in the fivefold region of the capsid as the reason determinant for the observed cross-reactivity.
履歴
登録2023年7月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年8月30日-
マップ公開2023年8月30日-
更新2025年5月28日-
現状2025年5月28日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_41209.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_41209.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 282.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)X (Row.)Y (Col.)
1.06 Å/pix.
x 420 pix.
= 443.1 Å		1.06 Å/pix.
x 420 pix.
= 443.1 Å		1.06 Å/pix.
x 420 pix.
= 443.1 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.055 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 2.0
最小 - 最大-12.546939 - 16.894120000000001
平均 (標準偏差)-0.000000001145986 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderYXZ
Origin-210-210-210
サイズ420420420
Spacing420420420
セルA=B=C: 443.09998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_41209_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_41209_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Avian adeno-associated virus

全体名称: Avian adeno-associated virus (アデノ随伴ウイルス)
要素
  • ウイルス: Avian adeno-associated virus (アデノ随伴ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein
  • リガンド: 2'-DEOXYADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE

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超分子 #1: Avian adeno-associated virus

超分子名称: Avian adeno-associated virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 / NCBI-ID: 341671 / 生物種: Avian adeno-associated virus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes

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分子 #1: Capsid protein

分子名称: Capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 60 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Avian adeno-associated virus (アデノ随伴ウイルス)
分子量理論値: 60.2375 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAEGGGGPVG DAGQGADGVG NSSGNWHCDS QWLENGVVTR TTRTWVLPSY NNHLYKRIQG PSGGDNNNKF FGFSTPWGYF DYNRFHCHF SPRDWQRLIN NNWGIRPKAM RFRLFNIQVK EVTVQDSNTT IANNLTSTVQ VFADKDYQLP YVLGSATEGT F PPFPADIY ...文字列:
MAEGGGGPVG DAGQGADGVG NSSGNWHCDS QWLENGVVTR TTRTWVLPSY NNHLYKRIQG PSGGDNNNKF FGFSTPWGYF DYNRFHCHF SPRDWQRLIN NNWGIRPKAM RFRLFNIQVK EVTVQDSNTT IANNLTSTVQ VFADKDYQLP YVLGSATEGT F PPFPADIY TIPQYGYCTL NYNNEAVDRS AFYCLDYFPS DMLRTGNNFE FTYTFEDVPF HSMFAHNQTL DRLMNPLVDQ YL WAFSSVS QAGSSGRALH YSRATKTNMA AQYRNWLPGP FFRDQQIFTG ASNITKNNVF SVWEKGKQWE LDNRTNLMQP GPA AATTFS GEPDRQAMQN TLAFSRTVYD QTTATTDRNQ ILITNEDEIR PTNSVGIDAW GAVPTNNQSI VTPGTRAAVN NQGA LPGMV WQNRDIYLQG PIWAKIPDTD NHFHPSPLIG GFGCKHPPPQ IFIKNTPVPA NPSETFQTAK VASFINQYST GQCTV EIFW ELKKETSKRW NPEIQFTSNF GNAADIQFAV SDTGSYSEPR PIGTRYLTKP L

UniProtKB: Capsid protein

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分子 #2: 2'-DEOXYADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE

分子名称: 2'-DEOXYADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 60 / 式: D5M
分子量理論値: 331.222 Da
Chemical component information

ChemComp-D5M:
2'-DEOXYADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
平均電子線量: 61.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.4 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.06 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 11240
初期 角度割当タイプ: COMMON LINE
最終 角度割当タイプ: COMMON LINE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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