EMDB-35803: Rod3 Local map of bundle-shaped PBS with short rod

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-35803

タイトル

Rod3 Local map of bundle-shaped PBS with short rod

マップデータ

試料

複合体: phycobilisome

キーワード

phycobilisome / light-harvesting complex / photosynthesis

生物種

Porphyridium purpureum (真核生物)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.49 Å

データ登録者

Ma J / Sui S-F

資金援助

中国, 2件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Light-induced structural adaptation of the bundle-shaped phycobilisome from thylakoid-lacking cyanobacterium Gloeobacter violaceus
著者: Ma J / You X / Sun S / Sui SF

履歴

登録	2023年4月2日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2024年10月16日	-
マップ公開	2024年10月16日	-
更新	2025年10月29日	-
現状	2025年10月29日	処理サイト: PDBj / 状態: 公開

添付画像	emd_35803.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_35803.map.gz	633.2 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-35803-v30.xml emd-35803.xml	21.9 KB 21.9 KB	表示表示	EMDBヘッダ
画像	emd_35803.png	77.7 KB
Filedesc metadata	emd-35803.cif.gz	4.6 KB
その他	emd_35803_half_map_1.map.gz emd_35803_half_map_2.map.gz	622.1 MB 622.1 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-35803 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-35803	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_35803_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_35803_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	emd_35803_validation.xml.gz	19.8 KB	表示
CIF形式データ	emd_35803_validation.cif.gz	24 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-35803 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-35803	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	35801C 35802C 35804C 62201C 9k9wC C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_35803.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 669.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	1.1 Å/pix. x 560 pix. = 614.824 Å	1.1 Å/pix. x 560 pix. = 614.824 Å	1.1 Å/pix. x 560 pix. = 614.824 Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 1.0979 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 0.35
最小 - 最大	-0.6090727 - 1.5311409
平均 (標準偏差)	-0.00039433423 (±0.023585709)

対称性

空間群: 1

詳細

-
ハーフマップ: #1

ファイル

emd_35803_half_map_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイル

emd_35803_half_map_2.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
全体 : phycobilisome

全体	名称: phycobilisome
要素	複合体: phycobilisome

-
超分子 #1: phycobilisome

超分子	名称: phycobilisome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#35
由来(天然)	生物種: Porphyridium purpureum (真核生物)
分子量	理論値: 14700 kDa/nm

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

緩衝液

pH: 7
構成要素:

濃度	式	名称
0.75 mol/L	Na₂HPO₄	disodium hydrogen phosphate
0.75 mol/L	KH₂PO₄	Monobasic Potassium Phosphate

グリッド

モデル: Quantifoil R2/1 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 2

凍結

凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 18 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	FEI TITAN KRIOS
温度	最低: 77.0 K / 最高: 77.0 K
特殊光学系	球面収差補正装置: Spherical aberration (Cs) corrector エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum ER / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-32 / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 6438 / 平均露光時間: 8.2 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	C2レンズ絞り径: 100.0 µm 最大デフォーカス（補正後）: 2.3000000000000003 µm 最小デフォーカス（補正後）: 1.3 µm / 倍率（補正後）: 64000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.001 mm 最大デフォーカス（公称値）: 2.3000000000000003 µm 最小デフォーカス（公称値）: 1.3 µm / 倍率（公称値）: 64000
試料ステージ	試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択	選択した数: 1042622
CTF補正	ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4.15) / タイプ: NONE
初期モデル	モデルのタイプ: NONE
最終再構成	解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.49 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1beta) / 使用した粒子像数: 389430
初期角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1beta)
最終角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1beta)
最終 3次元分類	クラス数: 6 / 平均メンバー数/クラス: 389430 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1beta)

-
原子モデル構築 1

初期モデル	PDB ID: 6kgx Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化	空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 62.05 / 当てはまり具合の基準: 0,99

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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