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- EMDB-26648: The CryoEM structure of N49-P9.6-FR3 and PGT121 Fabs in complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-26648
タイトルThe CryoEM structure of N49-P9.6-FR3 and PGT121 Fabs in complex with BG505 SOSIP.664
マップデータPhenix sharpened map.
試料
  • 複合体: One BG505 SOSIP.644 trimer in complex with three N49-P9.6-FR3 Fabs and three PGT121 Fabs.
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp120
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp41
    • タンパク質・ペプチド: N49-P9.6-FR3 Fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: N49-P9.6-FR3 Fab light chain
    • タンパク質・ペプチド: PGT121 Fab light chain
    • タンパク質・ペプチド: PGT121 Fab heavy chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードHIV-1 / envelope trimer / GP120 / GP41 / viral entry / type-1 membrane fusion glycoprotein / N49P9.6-FR3 / PGT121 / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.02 Å
データ登録者Nguyen DN / Tolbert WD / Pazgier M
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI147870 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The structure of N49-P9.6-FR3 and PGT121 Fabs in complex with BG505 SOSIP
著者: Nguyen DN / Tolbert WD / Pazgier M
履歴
登録2022年4月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年5月3日-
マップ公開2023年5月3日-
更新2024年10月16日-
現状2024年10月16日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_26648.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_26648.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Phenix sharpened map.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
1.39 Å/pix.
x 256 pix.
= 355.72 Å		1.39 Å/pix.
x 256 pix.
= 355.72 Å		1.39 Å/pix.
x 256 pix.
= 355.72 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.38953 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 3.8
最小 - 最大-48.407800000000002 - 49.328429999999997
平均 (標準偏差)0.000000000004753 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 355.72 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half map B used to generate sharpened map.

ファイルemd_26648_half_map_1.map
注釈Half map B used to generate sharpened map.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map A used to generate sharpened map.

ファイルemd_26648_half_map_2.map
注釈Half map A used to generate sharpened map.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : One BG505 SOSIP.644 trimer in complex with three N49-P9.6-FR3 Fab...

全体名称: One BG505 SOSIP.644 trimer in complex with three N49-P9.6-FR3 Fabs and three PGT121 Fabs.
要素
  • 複合体: One BG505 SOSIP.644 trimer in complex with three N49-P9.6-FR3 Fabs and three PGT121 Fabs.
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp120
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp41
    • タンパク質・ペプチド: N49-P9.6-FR3 Fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: N49-P9.6-FR3 Fab light chain
    • タンパク質・ペプチド: PGT121 Fab light chain
    • タンパク質・ペプチド: PGT121 Fab heavy chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: One BG505 SOSIP.644 trimer in complex with three N49-P9.6-FR3 Fab...

超分子名称: One BG505 SOSIP.644 trimer in complex with three N49-P9.6-FR3 Fabs and three PGT121 Fabs.
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6
詳細: Fab fragments were generated from papain digest of their respective IgGs. Each component was purified separately. Components were mixed and the complex was purified by gel filtration.
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Envelope glycoprotein gp120

分子名称: Envelope glycoprotein gp120 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: Env mimic BG505 SOSIP.664 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 54.064277 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: AENLWVTVYY GVPVWKDAET TLFCASDAKA YETEKHNVWA THACVPTDPN PQEIHLENVT EEFNMWKNNM VEQMHTDIIS LWDQSLKPC VKLTPLCVTL QCTNVTNNIT DDMRGELKNC SFNMTTELRD KKQKVYSLFY RLDVVQINEN QGNRSNNSNK E YRLINCNT ...文字列:
AENLWVTVYY GVPVWKDAET TLFCASDAKA YETEKHNVWA THACVPTDPN PQEIHLENVT EEFNMWKNNM VEQMHTDIIS LWDQSLKPC VKLTPLCVTL QCTNVTNNIT DDMRGELKNC SFNMTTELRD KKQKVYSLFY RLDVVQINEN QGNRSNNSNK E YRLINCNT SAITQACPKV SFEPIPIHYC APAGFAILKC KDKKFNGTGP CPSVSTVQCT HGIKPVVSTQ LLLNGSLAEE EV MIRSENI TNNAKNILVQ FNTPVQINCT RPNNNTRKSI RIGPGQAFYA TGDIIGDIRQ AHCNVSKATW NETLGKVVKQ LRK HFGNNT IIRFANSSGG DLEVTTHSFN CGGEFFYCNT SGLFNSTWIS NTSVQGSNST GSNDSITLPC RIKQIINMWQ RIGQ AMYAP PIQGVIRCVS NITGLILTRD GGSTNSTTET FRPGGGDMRD NWRSELYKYK VVKIEPLGVA PTRCKRRVVG RRRRR R

UniProtKB: Envelope glycoprotein gp160

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分子 #2: Envelope glycoprotein gp41

分子名称: Envelope glycoprotein gp41 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: Env mimic BG505 SOSIP.664 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 17.146482 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
AVGIGAVFLG FLGAAGSTMG AASMTLTVQA RNLLSGIVQQ QSNLLRAPEA QQHLLKLTVW GIKQLQARVL AVERYLRDQQ LLGIWGCSG KLICCTNVPW NSSWSNRNLS EIWDNMTWLQ WDKEISNYTQ IIYGLLEESQ NQQEKNEQDL LALD

UniProtKB: Envelope glycoprotein gp160

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分子 #3: N49-P9.6-FR3 Fab heavy chain

分子名称: N49-P9.6-FR3 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 25.024129 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: HVQLVQSGGG VKKIGAAVRI SCEVSGYNFM DQFINWVRQA PGQGLEWMGW MNPIYGQVNY SWRFQGRVTM TRQLSQDPDD PDWGTAFME LRGLRVDDTA VYYCARGPSG ENYPFHYWGQ GVRVVVSSAS TKGPSVFPLA PSSKSTSGGT AALGCLVKDY F PEPVTVSW ...文字列:
HVQLVQSGGG VKKIGAAVRI SCEVSGYNFM DQFINWVRQA PGQGLEWMGW MNPIYGQVNY SWRFQGRVTM TRQLSQDPDD PDWGTAFME LRGLRVDDTA VYYCARGPSG ENYPFHYWGQ GVRVVVSSAS TKGPSVFPLA PSSKSTSGGT AALGCLVKDY F PEPVTVSW NSGALTSGVH TFPAVLQSSG LYSLSSVVTV PSSSLGTQTY ICNVNHKPSN TKVDKRVEPK SC

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分子 #4: N49-P9.6-FR3 Fab light chain

分子名称: N49-P9.6-FR3 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 21.733291 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: LTQPASMSAS PGQSVTISCS GTRHIISAWF QQYPGKPPKL IIFDDDKRPS GVPSRFSASR PGDTASLTIS NVQPEDEATY ICNTYEFFG GGTKLTVLGQ PKAAPSVTLF PPSSEELQAN KATLVCLVSD FYPGAVTVAW KADGSPVKVG VETTKPSKQS N NKYAASSY ...文字列:
LTQPASMSAS PGQSVTISCS GTRHIISAWF QQYPGKPPKL IIFDDDKRPS GVPSRFSASR PGDTASLTIS NVQPEDEATY ICNTYEFFG GGTKLTVLGQ PKAAPSVTLF PPSSEELQAN KATLVCLVSD FYPGAVTVAW KADGSPVKVG VETTKPSKQS N NKYAASSY LSLTPEQWKS HRSYSCRVTH EGSTVEKTVA PAECS

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分子 #5: PGT121 Fab light chain

分子名称: PGT121 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 22.869338 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QVQIDISVAP GETARISCGE KSLGSRAVQW YQHRAGQAPS LIIYNNQDRP SGIPERFSGS PDSPFGTTAT LTITSVEAGD EADYYCHIW DSRVPTKWVF GGGTTLTVLG QPKAAPSVTL FPPSSEELQA NKATLVCLIS DFYPGAVTVA WKADSSPVKA G VETTTPSK ...文字列:
QVQIDISVAP GETARISCGE KSLGSRAVQW YQHRAGQAPS LIIYNNQDRP SGIPERFSGS PDSPFGTTAT LTITSVEAGD EADYYCHIW DSRVPTKWVF GGGTTLTVLG QPKAAPSVTL FPPSSEELQA NKATLVCLIS DFYPGAVTVA WKADSSPVKA G VETTTPSK QSNNKYAASS YLSLTPEQWK SHKSYSCQVT HEGSTVEKTV APTEC

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分子 #6: PGT121 Fab heavy chain

分子名称: PGT121 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 25.16923 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QMQLQESGPG LVKPSETLSL TCSVSGASIS DSYWSWIRRS PGKGLEWIGY VHKSGDTNYS PSLKSRVNLS LDTSKNQVSL SLVAATAAD SGKYYCARTL HGRRIYGIVA FNEWFTYFYM DVWGNGTQVT VSSASTKGPS VFPLAPSSKS TSGGTAALGC L VKDYFPEP ...文字列:
QMQLQESGPG LVKPSETLSL TCSVSGASIS DSYWSWIRRS PGKGLEWIGY VHKSGDTNYS PSLKSRVNLS LDTSKNQVSL SLVAATAAD SGKYYCARTL HGRRIYGIVA FNEWFTYFYM DVWGNGTQVT VSSASTKGPS VFPLAPSSKS TSGGTAALGC L VKDYFPEP VTVSWNSGAL TSGVHTFPAV LQSSGLYSLS SVVTVPSSSL GTQTYICNVN HKPSNTKVDK RVEPKSC

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分子 #12: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 15 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.2 / 詳細: Phosphate buffered saline
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細Quantifoil R1.2/1.3

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4368 / 平均電子線量: 58.8 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.7 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

詳細Data sets from two grid types were combined into a single data set.
粒子像選択選択した数: 3151423
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6cdi


詳細: 6CDI was used for the BG505 SOSIP.664, 5CEZ was used for the PGT121 Fab, and 7SX7 was used for the N49-P9.6-FR3 Fab.
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.02 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: PHENIX / 使用した粒子像数: 132055
初期 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: UCSF ChimeraX
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: PHENIX
最終 3次元分類クラス数: 1 / 平均メンバー数/クラス: 132055 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC

-
原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

6cdi

chain_id: G, residue_range: 31-505, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

6cdi

chain_id: A, residue_range: 31-505, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

6cdi

chain_id: I, residue_range: 31-505, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

6cdi

chain_id: B, residue_range: 513-664, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

6cdi

chain_id: C, residue_range: 513-664, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

6cdi

chain_id: J, residue_range: 513-664, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

5cez

chain_id: h, residue_range: 1-112, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

5cez

chain_id: d, residue_range: 1-112, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

5cez

chain_id: k, residue_range: 1-112, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

5cez

chain_id: l, residue_range: 6-107, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

5cez

chain_id: e, residue_range: 6-107, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

5cez

chain_id: m, residue_range: 6-107, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

7sx7

chain_id: H, residue_range: 1-112, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

7sx7

chain_id: D, residue_range: 1-112, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

7sx7

chain_id: K, residue_range: 1-112, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

7sx7

chain_id: L, residue_range: 3-107, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

7sx7

chain_id: E, residue_range: 3-107, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

7sx7

chain_id: M, residue_range: 3-107, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-7uoj:
The CryoEM structure of N49-P9.6-FR3 and PGT121 Fabs in complex with BG505 SOSIP.664

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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