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- EMDB-25903: Cryo-electron microscopy of Adeno-associated virus serotype 4 at 2.2 A -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-25903
タイトルCryo-electron microscopy of Adeno-associated virus serotype 4 at 2.2 A
マップデータ
試料
  • ウイルス: Adeno-associated virus (アデノ随伴ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: water
キーワードAAV4 / adeno-associated virus / serotype 4 / VIRUS LIKE PARTICLE
機能・相同性Phospholipase A2-like domain / Phospholipase A2-like domain / Parvovirus coat protein VP2 / Parvovirus coat protein VP1/VP2 / Parvovirus coat protein VP2 / Capsid/spike protein, ssDNA virus / T=1 icosahedral viral capsid / structural molecule activity / Capsid
機能・相同性情報
生物種Adeno-associated virus - 4 (アデノ随伴ウイルス) / Adeno-associated virus (アデノ随伴ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.21 Å
データ登録者Zane GM / Silveria MA
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM122564 米国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2023
タイトル: Cryo-EM structure of adeno-associated virus 4 at 2.2 Å resolution.
著者: Grant Zane / Mark Silveria / Nancy Meyer / Tommi White / Rui Duan / Xiaoqin Zou / Michael Chapman /
要旨: Adeno-associated virus (AAV) is the vector of choice for several approved gene-therapy treatments and is the basis for many ongoing clinical trials. Various strains of AAV exist (referred to as ...Adeno-associated virus (AAV) is the vector of choice for several approved gene-therapy treatments and is the basis for many ongoing clinical trials. Various strains of AAV exist (referred to as serotypes), each with their own transfection characteristics. Here, a high-resolution cryo-electron microscopy structure (2.2 Å) of AAV serotype 4 (AAV4) is presented. The receptor responsible for transduction of the AAV4 clade of AAV viruses (including AAV11, AAV12 and AAVrh32.33) is unknown. Other AAVs interact with the same cell receptor, adeno-associated virus receptor (AAVR), in one of two different ways. AAV5-like viruses interact exclusively with the polycystic kidney disease-like 1 (PKD1) domain of AAVR, while most other AAVs interact primarily with the PKD2 domain. A comparison of the present AAV4 structure with prior corresponding structures of AAV5, AAV2 and AAV1 in complex with AAVR provides a foundation for understanding why the AAV4-like clade is unable to interact with either PKD1 or PKD2 of AAVR. The conformation of the AAV4 capsid in variable regions I, III, IV and V on the viral surface appears to be sufficiently different from AAV2 to ablate binding with PKD2. Differences between AAV4 and AAV5 in variable region VII appear to be sufficient to exclude binding with PKD1.
履歴
登録2022年1月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年1月25日-
マップ公開2023年1月25日-
更新2024年6月5日-
現状2024年6月5日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_25903.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_25903.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 824 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)X (Row.)Y (Col.)
0.51 Å/pix.
x 600 pix.
= 304.793 Å		0.51 Å/pix.
x 600 pix.
= 304.793 Å		0.51 Å/pix.
x 600 pix.
= 304.793 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.50799 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.013
最小 - 最大-0.0523502 - 0.0798153
平均 (標準偏差)0.00024268485 (±0.006025739)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderYXZ
Origin-300-300-300
サイズ600600600
Spacing600600600
セルA=B=C: 304.793 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_25903_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_25903_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Adeno-associated virus

全体名称: Adeno-associated virus (アデノ随伴ウイルス)
要素
  • ウイルス: Adeno-associated virus (アデノ随伴ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: water

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超分子 #1: Adeno-associated virus

超分子名称: Adeno-associated virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 / NCBI-ID: 272636 / 生物種: Adeno-associated virus / Sci species strain: Serotype 4 / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: SEROTYPE / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 3.746 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: Capsid / 直径: 250.0 Å / T番号(三角分割数): 1

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分子 #1: Capsid

分子名称: Capsid / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: VP1 sequence of AAV4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Adeno-associated virus - 4 (アデノ随伴ウイルス)
分子量理論値: 80.688023 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: TTDGYLPDWL EDNLSEGVRE WWALQPGAPK PKANQQHQDN ARGLVLPGYK YLGPGNGLDK GEPVNAADAA ALEHDKAYDQ QLKAGDNPY LKYNHADAEF QQRLQGDTSF GGNLGRAVFQ AKKRVLEPLG LVEQAGETAP GKKRPLIESP QQPDSSTGIG K KGKQPAKK ...文字列:
TTDGYLPDWL EDNLSEGVRE WWALQPGAPK PKANQQHQDN ARGLVLPGYK YLGPGNGLDK GEPVNAADAA ALEHDKAYDQ QLKAGDNPY LKYNHADAEF QQRLQGDTSF GGNLGRAVFQ AKKRVLEPLG LVEQAGETAP GKKRPLIESP QQPDSSTGIG K KGKQPAKK KLVFEDETGA GDGPPEGSTS GAMSDDSEMR AAAGGAAVEG GQGADGVGNA SGDWHCDSTW SEGHVTTTST RT WVLPTYN NHLYKRLGES LQSNTYNGFS TPWGYFDFNR FHCHFSPRDW QRLINNNWGM RPKAMRVKIF NIQVKEVTTS NGE TTVANN LTSTVQIFAD SSYELPYVMD AGQEGSLPPF PNDVFMVPQY GYCGLVTGNT SQQQTDRNAF YCLEYFPSQM LRTG NNFEI TYSFEKVPFH SMYAHSQSLD RLMNPLIDQY LWGLQSTTTG TTLNAGTATT NFTKLRPTNF SNFKKNWLPG PSIKQ QGFS KTANQNYKIP ATGSDSLIKY ETHSTLDGRW SALTPGPPMA TAGPADSKFS NSQLIFAGPK QNGNTATVPG TLIFTS EEE LAATNATDTD MWGNLPGGDQ SNSNLPTVDR LTALGAVPGM VWQNRDIYYQ GPIWAKIPHT DGHFHPSPLI GGFGLKH PP PQIFIKNTPV PANPATTFSS TPVNSFITQY STGQVSVQID WEIQKERSKR WNPEVQFTSN YGQQNSLLWA PDAAGKYT E PRAIGTRYLT HHL

UniProtKB: Capsid

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分子 #2: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #3: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 219 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.33 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMNaClsodium chloride
25.0 mMHEPESHEPES
グリッドモデル: PELCO Ultrathin Carbon with Lacey Carbon / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: LACEY / 支持フィルム - Film thickness: 3 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 101.325 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blot force: 4 time: 2 s.
詳細The sample was isolated by multiple rounds of cesium chloride density centrifugation and dialyzed into a HEPES-buffered, sodium chloride solution (see Meyer et al., 2019 Bioprotocols paper).

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4809 / 平均露光時間: 1.4 sec. / 平均電子線量: 48.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm / 倍率（公称値）: 16500
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 75226
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: Used an in-house model constructed by a colleague when they worked on AAV.Go, which was based on, the closely related, AAV5.
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.21 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.1) / 使用した粒子像数: 75226
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.1)
最終 3次元分類クラス数: 1 / 平均メンバー数/クラス: 75226 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

2g8g


Chain - Chain ID: A / Chain - Residue range: 211-734 / Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
詳細Link to CNS_RSRef software: https://chapman.missouri.edu/software/
得られたモデル

PDB-7thr:
Cryo-electron microscopy of Adeno-associated virus serotype 4 at 2.2 A

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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