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万見
- EMDB-25764: human DNA polymerase gamma accessory subunit, POLG2 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-25764
タイトルhuman DNA polymerase gamma accessory subunit, POLG2
マップデータhuman DNA polymerase gamma accessory subunit, POLG2
試料
  • 複合体: human DNA polymerase gamma accessory subunit, POLG2
    • Other: human DNA polymerase gamma accessory subunit, POLG2
キーワードprocessivity factor / accessory subunit / DNA BINDING PROTEIN
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Riccio AA / Bouvette J / Borgnia MJ / Copeland WC
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)Z01 ES065078 米国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)Z01 ES065078 米国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)ZIC ES 103326 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2022
タイトル: Automated systematic evaluation of cryo-EM specimens with SmartScope.
著者: Jonathan Bouvette / Qinwen Huang / Amanda A Riccio / William C Copeland / Alberto Bartesaghi / Mario J Borgnia /
要旨: Finding the conditions to stabilize a macromolecular target for imaging remains the most critical barrier to determining its structure by cryo-electron microscopy (cryo-EM). While automation has ...Finding the conditions to stabilize a macromolecular target for imaging remains the most critical barrier to determining its structure by cryo-electron microscopy (cryo-EM). While automation has significantly increased the speed of data collection, specimens are still screened manually, a laborious and subjective task that often determines the success of a project. Here, we present SmartScope, the first framework to streamline, standardize, and automate specimen evaluation in cryo-EM. SmartScope employs deep-learning-based object detection to identify and classify features suitable for imaging, allowing it to perform thorough specimen screening in a fully automated manner. A web interface provides remote control over the automated operation of the microscope in real time and access to images and annotation tools. Manual annotations can be used to re-train the feature recognition models, leading to improvements in performance. Our automated tool for systematic evaluation of specimens streamlines structure determination and lowers the barrier of adoption for cryo-EM.
履歴
登録2021年12月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年8月3日-
マップ公開2022年8月3日-
更新2024年1月17日-
現状2024年1月17日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_25764.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_25764.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈human DNA polymerase gamma accessory subunit, POLG2
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.93 Å/pix.
x 256 pix.
= 238.592 Å		0.93 Å/pix.
x 256 pix.
= 238.592 Å		0.93 Å/pix.
x 256 pix.
= 238.592 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.932 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.229
最小 - 最大-0.10674895 - 1.7118046
平均 (標準偏差)0.00053657097 (±0.02601839)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 238.592 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half Map 2

ファイルemd_25764_half_map_1.map
注釈Half Map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half Map 1

ファイルemd_25764_half_map_2.map
注釈Half Map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : human DNA polymerase gamma accessory subunit, POLG2

全体名称: human DNA polymerase gamma accessory subunit, POLG2
要素
  • 複合体: human DNA polymerase gamma accessory subunit, POLG2
    • Other: human DNA polymerase gamma accessory subunit, POLG2

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超分子 #1: human DNA polymerase gamma accessory subunit, POLG2

超分子名称: human DNA polymerase gamma accessory subunit, POLG2 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 54 KDa

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分子 #1: human DNA polymerase gamma accessory subunit, POLG2

分子名称: human DNA polymerase gamma accessory subunit, POLG2 / タイプ: other / ID: 1 / 分類: other
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MRGSHHHHHH GSTMDAGQPE LLTERSSPKG GHVKSHAELE GNGEHPEAPG SGEG SEALL EICQRRHFLS GSKQQLSRDS LLSGCHPGFG PLGVELRKNL AAEWWTSVVV FREQVFPVDA LHHKPGPLLP GDSAFRLVSA ETLREILQDK ELSKEQLVTF LENVLKTSGK ...文字列:
MRGSHHHHHH GSTMDAGQPE LLTERSSPKG GHVKSHAELE GNGEHPEAPG SGEG SEALL EICQRRHFLS GSKQQLSRDS LLSGCHPGFG PLGVELRKNL AAEWWTSVVV FREQVFPVDA LHHKPGPLLP GDSAFRLVSA ETLREILQDK ELSKEQLVTF LENVLKTSGK LRENLLHGAL EHYVNCLDLV NKRLPYGLAQ IGVCFHPVFD TKQIRNGVKS IGEKTEASLV WFTPPRTSNQ WLDFWLRHRL QWWRKFAMSP SNFSSSDCQD EEGRKGNKLY YNFPWGKELI ETLWNLGDHE LLHMYPGNVS KLHGRDGRKN VVPCVLSVNG DLDRGMLAYL YDSFQLTENS FTRKKNLHRK VLKLHPCLAP IKVALDVGRG PTLELRQVCQ GLFNELLENG ISVWPGYLET MQSSLEQLYS KYDEMSILFT VLVTETTLEN GLIHLRSRDT TMKEMMHISK LKDFLIKYIS SAKNV
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.22 mg/mL
緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3708 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3838 pixel / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 127860
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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