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- EMDB-24706: High resolution map of molecular chaperone Artemin -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-24706
タイトルHigh resolution map of molecular chaperone Artemin
マップデータUnsharpened map
試料
  • 複合体: 24mer Artemin complex
    • タンパク質・ペプチド: Ferritin
キーワードMolecular chaperone Artemin is a homolog of apoferritin / CHAPERONE
機能・相同性
機能・相同性情報


ferroxidase / ferroxidase activity / ferric iron binding / iron ion transport / ferrous iron binding / intracellular iron ion homeostasis / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Artemia franciscana (甲殻類)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.04 Å
データ登録者Parvate AD / Powell SM / Brookreason JT / Novikova IV / Evans JE
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Department of Energy (DOE, United States)74914 米国
引用ジャーナル: Front Mol Biosci / 年: 2022
タイトル: Cryo-EM structure of the diapause chaperone artemin.
著者: Amar D Parvate / Samantha M Powell / Jory T Brookreson / Trevor H Moser / Irina V Novikova / Mowei Zhou / James E Evans /
要旨: The protein artemin acts as both an RNA and protein chaperone and constitutes over 10% of all protein in cysts during diapause. However, its mechanistic details remain elusive since no high- ...The protein artemin acts as both an RNA and protein chaperone and constitutes over 10% of all protein in cysts during diapause. However, its mechanistic details remain elusive since no high-resolution structure of artemin exists. Here we report the full-length structure of artemin at 2.04 Å resolution. The cryo-EM map contains density for an intramolecular disulfide bond between Cys22-Cys61 and resolves the entire C-terminus extending into the core of the assembled protein cage but in a different configuration than previously hypothesized with molecular modeling. We also provide data supporting the role of C-terminal helix F towards stabilizing the dimer form that is believed to be important for its chaperoning activity. We were able to destabilize this effect by placing a tag at the C-terminus to fully pack the internal cavity and cause limited steric hindrance.
履歴
登録2021年8月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年12月14日-
マップ公開2022年12月14日-
更新2024年11月6日-
現状2024年11月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_24706.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_24706.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 476.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Unsharpened map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.34 Å/pix.
x 500 pix.
= 169.9 Å		0.34 Å/pix.
x 500 pix.
= 169.9 Å		0.34 Å/pix.
x 500 pix.
= 169.9 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.3398 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.028
最小 - 最大-0.030969964 - 0.10143463
平均 (標準偏差)0.0012899501 (±0.0102147935)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ500500500
Spacing500500500
セルA=B=C: 169.9 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : 24mer Artemin complex

全体名称: 24mer Artemin complex
要素
  • 複合体: 24mer Artemin complex
    • タンパク質・ペプチド: Ferritin

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超分子 #1: 24mer Artemin complex

超分子名称: 24mer Artemin complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Artemia franciscana (甲殻類)
分子量理論値: 624 MDa

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分子 #1: Ferritin

分子名称: Ferritin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 24 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ferroxidase
由来(天然)生物種: Artemia franciscana (甲殻類)
分子量理論値: 26.144912 KDa
組換発現生物種: Triticum aestivum (コムギ)
配列文字列: MATEGARNIG QSAPEGKVQM DCPSRHNFDP ECEKAFVEHI HLELASSYHA WSMWAFYARD CKAAVGMTRL CEWASHVSAQ RARRMAAYV LTRGGHVDYK EIPAPKKQGW DNFEDAFSHC VANKKRILTS LQSLYQCCQS KDAHCSNFIQ TDMMDEVIAW N KFLSDCLS ...文字列:
MATEGARNIG QSAPEGKVQM DCPSRHNFDP ECEKAFVEHI HLELASSYHA WSMWAFYARD CKAAVGMTRL CEWASHVSAQ RARRMAAYV LTRGGHVDYK EIPAPKKQGW DNFEDAFSHC VANKKRILTS LQSLYQCCQS KDAHCSNFIQ TDMMDEVIAW N KFLSDCLS NLHCIGSQGM GPWVFDRWLA RIVMSKFKHP KIPSLSTSDL ESNIPNELFD AEGDMVRAIK KL

UniProtKB: Ferritin

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec.
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2595 / 平均露光時間: 1.5 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 167408
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: O (正8面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.04 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 167408
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-7rvb:
High resolution map of molecular chaperone Artemin

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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