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万見
- EMDB-2416: Negative staining 3D-EM of the HA complex of Botulinum toxin type A -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2416
タイトルNegative staining 3D-EM of the HA complex of Botulinum toxin type A
マップデータnegative staining 3D-EM of the HA complex of Botulinum toxin A
試料
  • 試料: The trimeric HA complex of Botulinum toxin type A
  • タンパク質・ペプチド: Botulinum toxin type A HA17
  • タンパク質・ペプチド: Botulinum toxin type A HA33
  • タンパク質・ペプチド: Botulinum toxin type A HA70
キーワードBotulinum toxin / HA complex
生物種Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 30.0 Å
データ登録者Lee K / Gu S / Jin L / Le TTN / Cheng LW / Strotmeier J / Kruel AM / Yao G / Perry K / Rummel A / Jin R
引用ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2013
タイトル: Structure of a bimodular botulinum neurotoxin complex provides insights into its oral toxicity.
著者: Kwangkook Lee / Shenyan Gu / Lei Jin / Thi Tuc Nghi Le / Luisa W Cheng / Jasmin Strotmeier / Anna Magdalena Kruel / Guorui Yao / Kay Perry / Andreas Rummel / Rongsheng Jin /
要旨: Botulinum neurotoxins (BoNTs) are produced by Clostridium botulinum and cause the fatal disease botulism, a flaccid paralysis of the muscle. BoNTs are released together with several auxiliary ...Botulinum neurotoxins (BoNTs) are produced by Clostridium botulinum and cause the fatal disease botulism, a flaccid paralysis of the muscle. BoNTs are released together with several auxiliary proteins as progenitor toxin complexes (PTCs) to become highly potent oral poisons. Here, we report the structure of a ∼760 kDa 14-subunit large PTC of serotype A (L-PTC/A) and reveal insight into its absorption mechanism. Using a combination of X-ray crystallography, electron microscopy, and functional studies, we found that L-PTC/A consists of two structurally and functionally independent sub-complexes. A hetero-dimeric 290 kDa complex protects BoNT, while a hetero-dodecameric 470 kDa complex facilitates its absorption in the harsh environment of the gastrointestinal tract. BoNT absorption is mediated by nine glycan-binding sites on the dodecameric sub-complex that forms multivalent interactions with carbohydrate receptors on intestinal epithelial cells. We identified monosaccharides that blocked oral BoNT intoxication in mice, which suggests a new strategy for the development of preventive countermeasures for BoNTs based on carbohydrate receptor mimicry.
履歴
登録2013年7月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2013年8月7日-
マップ公開2013年10月23日-
更新2013年10月23日-
現状2013年10月23日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.55
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.55
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-2416_500...

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2416.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 6.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈negative staining 3D-EM of the HA complex of Botulinum toxin A
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
4.28 Å/pix.
x 120 pix.
= 513.6 Å		4.28 Å/pix.
x 120 pix.
= 513.6 Å		4.28 Å/pix.
x 120 pix.
= 513.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.28 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.55 / ムービー #1: 0.55
最小 - 最大-1.45518267 - 2.65945172
平均 (標準偏差)0.00273009 (±0.11532168)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-60-60-60
サイズ120120120
Spacing120120120
セルA=B=C: 513.60004 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.284.284.28
M x/y/z120120120
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z513.600513.600513.600
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ00-40
NX/NY/NZ555581
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-60-60-60
NC/NR/NS120120120
D min/max/mean-1.4552.6590.003

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : The trimeric HA complex of Botulinum toxin type A

全体名称: The trimeric HA complex of Botulinum toxin type A
要素
  • 試料: The trimeric HA complex of Botulinum toxin type A
  • タンパク質・ペプチド: Botulinum toxin type A HA17
  • タンパク質・ペプチド: Botulinum toxin type A HA33
  • タンパク質・ペプチド: Botulinum toxin type A HA70

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超分子 #1000: The trimeric HA complex of Botulinum toxin type A

超分子名称: The trimeric HA complex of Botulinum toxin type A / タイプ: sample / ID: 1000
詳細: The trimeric HA complex is monodisperse, and stable at both pH2.5 and pH7.4.
集合状態: A trimer of 3 HA70, 3 HA17 and 6 HA33 / Number unique components: 3
分子量実験値: 470 KDa / 理論値: 470 KDa / 手法: Sedimentation

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分子 #1: Botulinum toxin type A HA17

分子名称: Botulinum toxin type A HA17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Clostridium botulinum (ボツリヌス菌) / 細胞中の位置: secreted
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: BL21-RIL (DE3) / 組換プラスミド: pQE30, pET28a, pRSFDuet-1

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分子 #2: Botulinum toxin type A HA33

分子名称: Botulinum toxin type A HA33 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Clostridium botulinum (ボツリヌス菌) / 細胞中の位置: secreted
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: BL21-RIL (DE3) / 組換プラスミド: pQE30, pET28a, pRSFDuet-1

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分子 #3: Botulinum toxin type A HA70

分子名称: Botulinum toxin type A HA70 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Clostridium botulinum (ボツリヌス菌) / 細胞中の位置: secreted
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: BL21-RIL (DE3) / 組換プラスミド: pQE30, pET28a, pRSFDuet-1

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.01 mg/mL
緩衝液pH: 7.6 / 詳細: 50mM NaCl, 20mM Tris-HCL
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: Grids with adsorbed protein floated on 1% w/v uranyl formate for 30 seconds
グリッド詳細: 300 mesh copper grid with carbon support, glow discharged in vacuumed air
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 70,000 times magnification.
日付2011年10月4日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GENERIC TVIPS (4k x 4k)
実像数: 62 / 平均電子線量: 40 e/Å2 / ビット/ピクセル: 8
Tilt angle min0
Tilt angle max0
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 70000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Image processing was done using EMAN2.The particles were selected by a semi-automatic selection using e2boxer.
CTF補正詳細: Each particle
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 30.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN2 / 詳細: C3 symmetry was imposed in refinement / 使用した粒子像数: 3746

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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