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- EMDB-19777: M. tuberculosis gyrase holocomplex with 150 bp DNA and gepotidacin -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-19777
タイトルM. tuberculosis gyrase holocomplex with 150 bp DNA and gepotidacin
マップデータ
試料
  • 複合体: Cryo-EM structure of Mtb DNA Gyrase in complex with DNA and Gepotidacin
    • 複合体: DNA gyrase
      • タンパク質・ペプチド: DNA gyrase subunit A
      • タンパク質・ペプチド: DNA gyrase subunit B
    • 複合体: DNA
      • DNA: DNA (5'-D(*AP*GP*TP*AP*TP*TP*AP*CP*CP*CP*CP*TP*TP*CP*CP*GP*GP*A)-3')
      • DNA: DNA (5'-D(*AP*GP*TP*AP*TP*TP*AP*CP*CP*CP*CP*TP*TP*CP*CP*GP*GP*A)-3')
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: (3~{R})-3-[[4-(3,4-dihydro-2~{H}-pyrano[2,3-c]pyridin-6-ylmethylamino)piperidin-1-yl]methyl]-1,4,7-triazatricyclo[6.3.1.0^{4,12}]dodeca-6,8(12),9-triene-5,11-dione
キーワードMycobacterium tuberculosis / DNA gyrase / Novel Bacterial Topoisomerase II Inhibitors / antibiotic resistance / structure-activity relation / DNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) complex / DNA negative supercoiling activity / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / peptidoglycan-based cell wall / DNA-templated DNA replication / chromosome / response to antibiotic / magnesium ion binding ...DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) complex / DNA negative supercoiling activity / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / peptidoglycan-based cell wall / DNA-templated DNA replication / chromosome / response to antibiotic / magnesium ion binding / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA gyrase, subunit A / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal repeat / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal / : / DNA gyrase C-terminal domain, beta-propeller / DNA gyrase subunit B, TOPRIM domain / DNA gyrase, subunit B / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B / DNA gyrase B subunit, C-terminal / DNA gyrase B subunit, carboxyl terminus ...DNA gyrase, subunit A / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal repeat / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal / : / DNA gyrase C-terminal domain, beta-propeller / DNA gyrase subunit B, TOPRIM domain / DNA gyrase, subunit B / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B / DNA gyrase B subunit, C-terminal / DNA gyrase B subunit, carboxyl terminus / Topoisomerase (Topo) IIA-type catalytic domain profile. / DNA topoisomerase, type IIA, alpha-helical domain superfamily / DNA topoisomerase, type IIA, domain A / DNA topoisomerase, type IIA, domain A, alpha-beta / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A / DNA Topoisomerase IV / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, domain 2 / DNA gyrase B / DNA topoisomerase, type IIA / DNA topoisomerase, type IIA, conserved site / DNA topoisomerase II signature. / TopoisomeraseII / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, C-terminal / Toprim domain / DNA topoisomerase, type IIA-like domain superfamily / Toprim domain profile. / TOPRIM domain / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / EF-hand calcium-binding domain. / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA gyrase subunit B / DNA gyrase subunit A
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Mechaly A / Gubellini F / Yab E / Willand N / Petrella S / Dreneau A / Gioia B / Piveteau C / Djaout K / Lecat E ...Mechaly A / Gubellini F / Yab E / Willand N / Petrella S / Dreneau A / Gioia B / Piveteau C / Djaout K / Lecat E / Wehenkel AM / Alzari PM / Deprez B / Baulard A / Aubry A
資金援助 フランス, 3件
OrganizationGrant number国
IdEx Universite Paris Cite フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-18-IDEX-0001 フランス
Fondation pour la Recherche Medicale (FRM)EQU202303016284 フランス
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: M. tuberculosis gyrase holocomplex with 150 bp DNA and gepotidacin
著者: Gedeon A / Yab E / Dinut A / Sadowski E / Capton E / Dreneau A / Gioia B / Piveteau C / Djaout K / Lecat E / Wehenkel AM / Gubellini F / Mechaly A / Alzari PM / Deprez B / Baulard A / Aubry A ...著者: Gedeon A / Yab E / Dinut A / Sadowski E / Capton E / Dreneau A / Gioia B / Piveteau C / Djaout K / Lecat E / Wehenkel AM / Gubellini F / Mechaly A / Alzari PM / Deprez B / Baulard A / Aubry A / Willand N / Petrella S
履歴
登録2024年3月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年10月8日-
マップ公開2025年10月8日-
更新2025年10月8日-
現状2025年10月8日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_19777.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_19777.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.86 Å/pix.
x 384 pix.
= 330.24 Å		0.86 Å/pix.
x 384 pix.
= 330.24 Å		0.86 Å/pix.
x 384 pix.
= 330.24 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.86 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.212
最小 - 最大-0.4035165 - 0.9844927
平均 (標準偏差)0.00031314197 (±0.021093024)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 330.24 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: #1

ファイルemd_19777_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_19777_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_19777_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Cryo-EM structure of Mtb DNA Gyrase in complex with DNA and Gepot...

全体名称: Cryo-EM structure of Mtb DNA Gyrase in complex with DNA and Gepotidacin
要素
  • 複合体: Cryo-EM structure of Mtb DNA Gyrase in complex with DNA and Gepotidacin
    • 複合体: DNA gyrase
      • タンパク質・ペプチド: DNA gyrase subunit A
      • タンパク質・ペプチド: DNA gyrase subunit B
    • 複合体: DNA
      • DNA: DNA (5'-D(*AP*GP*TP*AP*TP*TP*AP*CP*CP*CP*CP*TP*TP*CP*CP*GP*GP*A)-3')
      • DNA: DNA (5'-D(*AP*GP*TP*AP*TP*TP*AP*CP*CP*CP*CP*TP*TP*CP*CP*GP*GP*A)-3')
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: (3~{R})-3-[[4-(3,4-dihydro-2~{H}-pyrano[2,3-c]pyridin-6-ylmethylamino)piperidin-1-yl]methyl]-1,4,7-triazatricyclo[6.3.1.0^{4,12}]dodeca-6,8(12),9-triene-5,11-dione

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超分子 #1: Cryo-EM structure of Mtb DNA Gyrase in complex with DNA and Gepot...

超分子名称: Cryo-EM structure of Mtb DNA Gyrase in complex with DNA and Gepotidacin
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
分子量理論値: 430 KDa

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超分子 #2: DNA gyrase

超分子名称: DNA gyrase / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

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超分子 #3: DNA

超分子名称: DNA / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3-#4
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)

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分子 #1: DNA gyrase subunit A

分子名称: DNA gyrase subunit A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing)
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 92.30418 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: TDTTLPPDDS LDRIEPVDIE QEMQRSYIDY AMSVIVGRAL PEVRDGLKPV HRRVLYAMFD SGFRPDRSHA KSARSVAETM GNYHPHGDA SIYDSLVRMA QPWSLRYPLV DGQGNFGSPG NDPPAAMRYT EARLTPLAME MLREIDEETV DFIPNYDGRV Q EPTVLPSR ...文字列:
TDTTLPPDDS LDRIEPVDIE QEMQRSYIDY AMSVIVGRAL PEVRDGLKPV HRRVLYAMFD SGFRPDRSHA KSARSVAETM GNYHPHGDA SIYDSLVRMA QPWSLRYPLV DGQGNFGSPG NDPPAAMRYT EARLTPLAME MLREIDEETV DFIPNYDGRV Q EPTVLPSR FPNLLANGSG GIAVGMATNI PPHNLRELAD AVFWALENHD ADEEETLAAV MGRVKGPDFP TAGLIVGSQG TA DAYKTGR GSIRMRGVVE VEEDSRGRTS LVITELPYQV NHDNFITSIA EQVRDGKLAG ISNIEDQSSD RVGLRIVIEI KRD AVAKVV INNLYKHTQL QTSFGANMLA IVDGVPRTLR LDQLIRYYVD HQLDVIVRRT TYRLRKANER AHILRGLVKA LDAL DEVIA LIRASETVDI ARAGLIELLD IDEIQAQAIL DMQLRRLAAL ERQRIIDDLA KIEAEIADLE DILAKPERQR GIVRD ELAE IVDRHGDDRR TRIIAIDGDV SDEDLIARED VVVTITETGY AKRTKTDLYR SQKRGGKGVQ GAGLKQDDIV AHFFVC STH DLILFFTTQG RVYRAKAYDL PEASRTARGQ HVANLLAFQP EERIAQVIQI RGYTDAPYLV LATRNGLVKK SKLTDFD SN RSGGIVAVNL RDNDELVGAV LCSAGDDLLL VSANGQSIRF SATDEALRPM GRATSGVQGM RFNIDDRLLS LNVVREGT Y LLVATSGGYA KRTAIEEYPV QGRGGKGVLT VMYDRRRGRL VGALIVDDDS ELYAVTSGGG VIRTAARQVR KAGRQTKGV RLMNLGEGDT LLAIARNAEE SGDDNAVDAN GADQTGN

UniProtKB: DNA gyrase subunit A

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分子 #2: DNA gyrase subunit B

分子名称: DNA gyrase subunit B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing)
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
分子量理論値: 74.423953 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: GAMVAAQKKK AQDEYGAASI TILEGLEAVR KRPGMYIGST GERGLHHLIW EVVDNAVDEA MAGYATTVNV VLLEDGGVEV ADDGRGIPV ATHASGIPTV DVVMTQLHAG GKFDSDAYAI SGGLHGVGVS VVNALSTRLE VEIKRDGYEW SQVYEKSEPL G LKQGAPTK ...文字列:
GAMVAAQKKK AQDEYGAASI TILEGLEAVR KRPGMYIGST GERGLHHLIW EVVDNAVDEA MAGYATTVNV VLLEDGGVEV ADDGRGIPV ATHASGIPTV DVVMTQLHAG GKFDSDAYAI SGGLHGVGVS VVNALSTRLE VEIKRDGYEW SQVYEKSEPL G LKQGAPTK KTGSTVRFWA DPAVFETTEY DFETVARRLQ EMAFLNKGLT INLTDERVTQ DEVVDEVVSD VAEAPKSASE RA AESTAPH KVKSRTFHYP GGLVDFVKHI NRTKNAIHSS IVDFSGKGTG HEVEIAMQWN AGYSESVHTF ANTINTHEGG THE EGFRSA LTSVVNKYAK DRKLLKDKDP NLTGDDIREG LAAVISVKVS EPQFEGQTKT KLGNTEVKSF VQKVCNEQLT HWFE ANPTD AKVVVNKAVS SAQARIAARK ARELVRRKSA TDIGGLPGKL ADCRSTDPRK SELYVVEGDS AGGSAKSGRD SMFQA ILPL RGKIINVEKA RIDRVLKNTE VQAIITALGT GIHDEFDIGK LRYHKIVLMA DADVDGQHIS TLLLTLLFRF MRPLIE NGH VFLAQPPLYK LKWQRSDPEF AYSDRERDGL LEAGLKAGKK INKEDGIQRY KGLGEMDAKE LWETTMDPSV RVLRQVT LD DAAAADELFS ILMGEDVDAR RSFITRNAKD VRFLDV

UniProtKB: DNA gyrase subunit B

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分子 #3: DNA (5'-D(*AP*GP*TP*AP*TP*TP*AP*CP*CP*CP*CP*TP*TP*CP*CP*GP*GP*A)-3')

分子名称: DNA (5'-D(*AP*GP*TP*AP*TP*TP*AP*CP*CP*CP*CP*TP*TP*CP*CP*GP*GP*A)-3')
タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 46.325371 KDa
配列文字列: (DG)(DT)(DA)(DC)(DC)(DG)(DG)(DA)(DC)(DG) (DT)(DT)(DG)(DC)(DG)(DC)(DC)(DC)(DG)(DT) (DA)(DG)(DG)(DG)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG) (DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT)(DT)(DC)(DG) (DC) (DT)(DC)(DT)(DT)(DC) ...文字列:
(DG)(DT)(DA)(DC)(DC)(DG)(DG)(DA)(DC)(DG) (DT)(DT)(DG)(DC)(DG)(DC)(DC)(DC)(DG)(DT) (DA)(DG)(DG)(DG)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG) (DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT)(DT)(DC)(DG) (DC) (DT)(DC)(DT)(DT)(DC)(DT)(DT)(DA) (DG)(DT)(DA)(DT)(DT)(DA)(DC)(DC)(DC)(DC) (DT)(DT) (DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DA)(DG) (DG)(DT)(DC)(DG)(DG)(DA)(DG)(DC)(DG)(DC) (DA)(DG)(DC) (DG)(DC)(DT)(DT)(DG)(DC) (DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DT)(DC)(DT)(DG) (DC)(DA)(DT)(DC) (DG)(DG)(DG)(DT)(DC) (DG)(DC)(DG)(DC)(DA)(DG)(DC)(DC)(DG)(DG) (DC)(DG)(DG)(DT)(DA) (DC)(DG)(DG)(DC) (DC)(DG)(DC)(DT)(DA)(DT)(DT)(DA)(DC)(DC) (DG)(DG)(DA)(DC)(DG)(DA) (DA)(DG)(DA) (DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DT)(DT)

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分子 #4: DNA (5'-D(*AP*GP*TP*AP*TP*TP*AP*CP*CP*CP*CP*TP*TP*CP*CP*GP*GP*A)-3')

分子名称: DNA (5'-D(*AP*GP*TP*AP*TP*TP*AP*CP*CP*CP*CP*TP*TP*CP*CP*GP*GP*A)-3')
タイプ: dna / ID: 4 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 46.29148 KDa
配列文字列: (DA)(DA)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT) (DT)(DC)(DG)(DT)(DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DA) (DA)(DT)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC) (DG)(DT)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DG)(DG) (DC) (DT)(DG)(DC)(DG)(DC) ...文字列:
(DA)(DA)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT) (DT)(DC)(DG)(DT)(DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DA) (DA)(DT)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC) (DG)(DT)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DG)(DG) (DC) (DT)(DG)(DC)(DG)(DC)(DG)(DA)(DC) (DC)(DC)(DG)(DA)(DT)(DG)(DC)(DA)(DG)(DA) (DA)(DC) (DG)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DA) (DA)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DC)(DG)(DC) (DT)(DC)(DC) (DG)(DA)(DC)(DC)(DT)(DA) (DC)(DC)(DG)(DG)(DA)(DA)(DG)(DG)(DG)(DG) (DT)(DA)(DA)(DT) (DA)(DC)(DT)(DA)(DA) (DG)(DA)(DA)(DG)(DA)(DG)(DC)(DG)(DA)(DA) (DG)(DG)(DC)(DC)(DG) (DC)(DC)(DG)(DT) (DA)(DG)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG)(DG) (DG)(DC)(DG)(DC)(DA)(DA) (DC)(DG)(DT) (DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DA)(DC)

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分子 #5: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #6: (3~{R})-3-[[4-(3,4-dihydro-2~{H}-pyrano[2,3-c]pyridin-6-ylmethyla...

分子名称: (3~{R})-3-[[4-(3,4-dihydro-2~{H}-pyrano[2,3-c]pyridin-6-ylmethylamino)piperidin-1-yl]methyl]-1,4,7-triazatricyclo[6.3.1.0^{4,12}]dodeca-6,8(12),9-triene-5,11-dione
タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: JHN
分子量理論値: 448.518 Da
Chemical component information

ChemComp-JHN:
(3~{R})-3-[[4-(3,4-dihydro-2~{H}-pyrano[2,3-c]pyridin-6-ylmethylamino)piperidin-1-yl]methyl]-1,4,7-triazatricyclo[6.3.1.0^{4,12}]dodeca-6,8(12),9-triene-5,11-dione

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 %

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DIFFRACTION
最大 デフォーカス（公称値）: 2.8000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 830271
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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