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- EMDB-19573: RadA helicase from Streptococcus pneumoniae coordinating dsDNA -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-19573
タイトルRadA helicase from Streptococcus pneumoniae coordinating dsDNA
マップデータ
試料
  • 複合体: RadA helicase from Streptococcus pneumoniae coordinating dsDNA
    • タンパク質・ペプチド: DNA repair protein RadA
    • DNA: Poly-dT 30 bp
    • DNA: Poly-dA (30 bp) Poly-dC (60 bp) Poly-dA (30 bp)
  • リガンド: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードHelicase Translocase natural transformation / DNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


recombinational repair / ATP-dependent DNA damage sensor activity / damaged DNA binding / hydrolase activity / zinc ion binding / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
DNA repair protein RadA / LapB, rubredoxin metal binding domain / Rubredoxin metal binding domain / Subunit ChlI of Mg-chelatase / AAA domain / DNA recombination and repair protein RecA-like, ATP-binding domain / RecA family profile 1. / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / ATPases associated with a variety of cellular activities ...DNA repair protein RadA / LapB, rubredoxin metal binding domain / Rubredoxin metal binding domain / Subunit ChlI of Mg-chelatase / AAA domain / DNA recombination and repair protein RecA-like, ATP-binding domain / RecA family profile 1. / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA repair protein RadA
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.15 Å
データ登録者Talachia Rosa L / Fronzes R
資金援助European Union, 1件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)European Union
引用ジャーナル: EMBO J / 年: 2024
タイトル: Structural insights into the mechanism of DNA branch migration during homologous recombination in bacteria.
著者: Leonardo Talachia Rosa / Émeline Vernhes / Anne-Lise Soulet / Patrice Polard / Rémi Fronzes /
要旨: Some DNA helicases play central and specific roles in genome maintenance and plasticity through their branch migration activity in different pathways of homologous recombination. RadA is a highly ...Some DNA helicases play central and specific roles in genome maintenance and plasticity through their branch migration activity in different pathways of homologous recombination. RadA is a highly conserved bacterial helicase involved in DNA repair throughout all bacterial species. In Gram-positive Firmicutes, it also has a role in natural transformation, while in Gram-negative bacteria, ComM is the canonical transformation-specific helicase. Both RadA and ComM helicases form hexameric rings and use ATP hydrolysis as an energy source to propel themselves along DNA. In this study, we present the cryoEM structures of RadA and ComM interacting with DNA and ATP analogs. These structures reveal important molecular interactions that couple ATP hydrolysis and DNA binding in RadA, as well as the role of the Lon protease-like domain, shared by RadA and ComM, in this process. Taken together, these results provide new molecular insights into the mechanisms of DNA branch migration in different pathways of homologous recombination.
履歴
登録2024年2月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年10月30日-
マップ公開2024年10月30日-
更新2025年7月2日-
現状2025年7月2日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_19573.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_19573.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

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明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 240 pix.
= 198.48 Å		0.83 Å/pix.
x 240 pix.
= 198.48 Å		0.83 Å/pix.
x 240 pix.
= 198.48 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.827 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.01
最小 - 最大-0.018652916 - 0.04258858
平均 (標準偏差)0.000074588075 (±0.0022265038)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 198.48001 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_19573_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_19573_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_19573_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : RadA helicase from Streptococcus pneumoniae coordinating dsDNA

全体名称: RadA helicase from Streptococcus pneumoniae coordinating dsDNA
要素
  • 複合体: RadA helicase from Streptococcus pneumoniae coordinating dsDNA
    • タンパク質・ペプチド: DNA repair protein RadA
    • DNA: Poly-dT 30 bp
    • DNA: Poly-dA (30 bp) Poly-dC (60 bp) Poly-dA (30 bp)
  • リガンド: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: RadA helicase from Streptococcus pneumoniae coordinating dsDNA

超分子名称: RadA helicase from Streptococcus pneumoniae coordinating dsDNA
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)

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分子 #1: DNA repair protein RadA

分子名称: DNA repair protein RadA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
分子量理論値: 51.526953 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MASWSHPQFE KSGGGGGLVP RGSKKKATFV CQNCGYNSPK YLGRCPNCGS WSSFVEEVEV AEVKNARVSL TGEKTKPMKL AEVTSINVN RTKTEMEEFN RVLGGGVVPG SLVLIGGDPG IGKSTLLLQV STQLSQVGTV LYVSGEESAQ QIKLRAERLG D IDSEFYLY ...文字列:
MASWSHPQFE KSGGGGGLVP RGSKKKATFV CQNCGYNSPK YLGRCPNCGS WSSFVEEVEV AEVKNARVSL TGEKTKPMKL AEVTSINVN RTKTEMEEFN RVLGGGVVPG SLVLIGGDPG IGKSTLLLQV STQLSQVGTV LYVSGEESAQ QIKLRAERLG D IDSEFYLY AETNMQSVRA EVERIQPDFL IIDSIQTIMS PEISGVQGSV SQVREVTAEL MQLAKTNNIA IFIVGHVTKE GT LAGPRML EHMVDTVLYF EGERHHTFRI LRAVKNRFGS TNEIGIFEMQ SGGLVEVLNP SQVFLEERLD GATGSSIVVT MEG TRPILA EVQALVTPTM FGNAKRTTTG LDFNRASLIM AVLEKRAGLL LQNQDAYLKS AGGVKLDEPA IDLAVAVAIA SSYK DKPTN PQECFVGELG LTGEIRRVNR IEQRINEAAK LGFTKIYVPK NSLTGITLPK EIQVIGVTTI QEVLKKVF

UniProtKB: DNA repair protein RadA

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分子 #2: Poly-dT 30 bp

分子名称: Poly-dT 30 bp / タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 9.080827 KDa
配列文字列:
(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)

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分子 #3: Poly-dA (30 bp) Poly-dC (60 bp) Poly-dA (30 bp)

分子名称: Poly-dA (30 bp) Poly-dC (60 bp) Poly-dA (30 bp) / タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 36.098395 KDa
配列文字列: (DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA) (DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA) (DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA) (DA)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC) (DC) (DC)(DC)(DC)(DC)(DC) ...文字列:
(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA) (DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA) (DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA) (DA)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC) (DC) (DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC) (DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC) (DC)(DC) (DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC) (DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC) (DC)(DC)(DC) (DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC) (DC)(DC)(DC)(DC)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA) (DA)(DA)(DA)(DA) (DA)(DA)(DA)(DA)(DA) (DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA) (DA)(DA)(DA)(DA)(DA)

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分子 #4: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER

分子名称: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 5 / 式: AGS
分子量理論値: 523.247 Da
Chemical component information

ChemComp-AGS:
PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

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分子 #5: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 5 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.35 mg/mL
緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK III
詳細0.35 mg/ml protein and 100 uM of hybrid DNA

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 54.04 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

5lkm

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.15 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 303651
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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