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万見
- EMDB-19403: Single-particle cryo-EM of the P1-P40P90 heterodimer from Mycopla... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-19403
タイトルSingle-particle cryo-EM of the P1-P40P90 heterodimer from Mycoplasma pneumoniae below 10 Angstrom resolution.
マップデータ
試料
  • 複合体: Single particle Cryo-EM of Heterodimer P1-P40/P90 from Mycoplasma pneumoniae
    • タンパク質・ペプチド: Heterodimer P1-P40P90 from Mycoplasma pneumoniae
キーワードAdhesion / Heterodimer / P1 / P40P90 / Mycoplasma pneumoniae / CELL ADHESION
生物種Mycoplasmoides pneumoniae M129 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 12.0 Å
データ登録者Kawamoto A / Vizarraga D / Marcos-Silva M / Fita I / Miyata M / Pinyol J / Namba K / Kenri T
資金援助 スペイン, 日本, 2件
OrganizationGrant number国
Ministerio de Ciencia e Innovacion (MCIN)PID2021-125632OB-C22, PID2021-125632OB-C21 スペイン
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)22K07063 日本
引用ジャーナル: Biorxiv / 年: 2023
タイトル: Antibodies halting motility in Mycoplasma pneumoniae reveal the dynamic nature of the adhesion complex
著者: Kawamoto A / Vizarraga D / Marcos-Silva M / Martin J / Makino F / Miyata T / Roel J / Marcos E / Aparicio D / Fita I / Miyata M / Pinol J / Namba K / Kenri T
履歴
登録2024年1月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年2月5日-
マップ公開2025年2月5日-
更新2025年2月5日-
現状2025年2月5日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_19403.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_19403.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)X (Row.)Y (Col.)
0.87 Å/pix.
x 288 pix.
= 250.56 Å		0.87 Å/pix.
x 288 pix.
= 250.56 Å		0.87 Å/pix.
x 288 pix.
= 250.56 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.87 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.06
最小 - 最大-0.4108133 - 1.0548432
平均 (標準偏差)0.0015921866 (±0.035219036)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderYXZ
Origin000
サイズ288288288
Spacing288288288
セルA=B=C: 250.56 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_19403_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_19403_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Single particle Cryo-EM of Heterodimer P1-P40/P90 from Mycoplasma...

全体名称: Single particle Cryo-EM of Heterodimer P1-P40/P90 from Mycoplasma pneumoniae
要素
  • 複合体: Single particle Cryo-EM of Heterodimer P1-P40/P90 from Mycoplasma pneumoniae
    • タンパク質・ペプチド: Heterodimer P1-P40P90 from Mycoplasma pneumoniae

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超分子 #1: Single particle Cryo-EM of Heterodimer P1-P40/P90 from Mycoplasma...

超分子名称: Single particle Cryo-EM of Heterodimer P1-P40/P90 from Mycoplasma pneumoniae
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Heterodimer formed by a subunit of P1 and another of P40/P90 that make up the Nap complex essential for adhesion in Mycoplasma pneumoniae
由来(天然)生物種: Mycoplasmoides pneumoniae M129 (バクテリア)
分子量理論値: 250 KDa

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分子 #1: Heterodimer P1-P40P90 from Mycoplasma pneumoniae

分子名称: Heterodimer P1-P40P90 from Mycoplasma pneumoniae / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycoplasmoides pneumoniae M129 (バクテリア)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: SLANTYLLQD HNTLTPYTPF TTPLNGGLDV VRAAHLHPSY ELVDWKRVGD TKLVALVRSA LVRVKFQDTT SSDQSNTNQN ALSFDTQESQ KALNGSNSQD FASYVLIFKA APRATWVFER KIKLALPYVK QESQGKGSLY KTLQDLLVEQ PVTPYTPNAG LARVNGVAQD ...文字列:
SLANTYLLQD HNTLTPYTPF TTPLNGGLDV VRAAHLHPSY ELVDWKRVGD TKLVALVRSA LVRVKFQDTT SSDQSNTNQN ALSFDTQESQ KALNGSNSQD FASYVLIFKA APRATWVFER KIKLALPYVK QESQGKGSLY KTLQDLLVEQ PVTPYTPNAG LARVNGVAQD TVHFGSGQES SWNSQRSQKG LKNNPGPKAV TGFKLDKGRA YRKLNESWPV YEPLDSTKEG KGKDESSWKN SEKTTAENDA PLVGATFSKY LNTAQALHQM GVIVPGLEKW TDALPNVITQ LYHTSTAQLA YLNGQIVVMG SDRVPSLWYW VVGEDQESGK ATWWAKTELN WGTDKQKQFV ENQLGFKDDS NSDSKNSNLK AQGLTQPAYL IAGLDVVADH LVFAAFKAGA VGYDMTTDSS ASTYNQALAW STTAGLDSDG GYKALVENTA GLNGPINGLF TLLDTFAYVT PVSGMKGGSQ NNEEVQTTYP VKSDQKATAK IASLINASPL NSYGDDGVTV FDALGLNFNF KLNEERLPSR TDQLLVYGIV NESELKSARE NAQSTSDDNS NTKVKWTNTA SHYLPVPYYY SANFPEAGNR RRGVKISTLE SQATDGFANS LLNFGTGLKA GVDPAPVARG HKPNYSAVLL VRGGVVRLNF NPDTDKLLDS TDKNSEPISF SYTPFGSAES AVDLTTLKDV TYIAESGLWF YTFDNGEKPT YDGKQQQVKN RKGYAVITVS RTGIEFNEDA NTTTLSQAPA ALAVQNGIAS SQDDLTGILP LSDEFSAVIT KDQTWTGKVD IYKNTNGLFE KDDQLSENVK RRNAINPRLT PWTYRNTSFS SLPLTGENPG AWALVRDNSA KGITSQQTTY DPTRTEAALT ASTTFALRRY DLAGRALYDL DFSKLNPQTP TRDQTGQITF NPFGGFGLSG AAPQQWNEVK NKVPVEVAQD PSNPYRFAVL LVPRSVVYYE QLQRGLGLPQ QRTESGSTTG AMFGLKVKNA EADTAKSNEK LQGASGQSTQ RGKVKALKIE VKKKSDSGQL QLEKNDLANA PIKRSEESGQ SVQLKADDFG TALSPTPWRP WLATEQIHKD LPKWSASILI LYDAPYARNR TAIDRVDHLD PKAMTANYPP SWRTPKWNHH GLWDWKARDV LLQTTGFFNP RRHPEWFDGG QTVADNEKTG FDVDNSENTK QGFQKEADSD KSAPIALPFE AYFANIGNLT WFGQALLVFG GNGHVTKSAH TAPLSIGVFR VRYNATGTSA TVTGWPYALL FSGMVNKQTD GLKDLPFNNN RWFEYVPRMA VAGAKFVGRE LVLAGTITMG DTATVPRLLY DELESNLNLV AQGQGLLRED LQLFTPYGWA NRPDLPIGAW SSSSSSSHNA PYYFHNNPDW QDRPIQNVVD AFIKPWEDKN GKDDAKYIYP YRYSGMWAWQ VYNWSNKLTD QPLSADFVNE NAYQPNSLFA AILNPELLAA LPDKVKYGKE NEFAANEYER FNQKLTVAPT QGTNWSHFSP TLSRFSTGFN LVGSVLDQVL DYVPWIGNGY RYGNNHRGVD DITAPRSFLP TFSNIGVGLK ANVQATLNLQ LWTGAGWRND KASSGQSDEN HTKFTSATGM DTSAGNPDSL KQDSGDSLTT QDGNAIDQQE ATNYTNLPPN LTPTADWPNA LSFTNKNNAQ RAQLFLRGLL GSIPVLVNRS GSDSNKFQAT DQKWSYTDLH SDQTKLNLPA YGEVNGLLNP ALVETYFGNT RAGGSGSNTT SSPGIGFKIP EQNNDSKATL ITPGLAWTPQ DVGNLVVSGT TVSFQLGGWL VTFTDFVKPR AGYLGLQLTG LDASDATQRA LIWAPRPWAA FRGSWVNRLG RVESVWDLKG VWADQAQSDS QGSTTTATRN ALPEHPNALA FQVSVVEASA YKPNSTNSSP YLHLVKPKKV TQSDKLDDDL KNLLDPNQVR TKLRQSFGTD HSTQPQPQSL KTTTPVFGTS SGNLSSVLSL SPVEKVSGWL VGQLPTNNLA PNTNTGNDVV GVGRLSESNA AKMNDDVDGI VRTPLAELLD GEGQTADTGP QSVKFKSPDQ IDFNRLFTHP VTDLFDPVTM LVYDQYIPLF IDIPASVNPK MVRLKVLSFD TNEQSLGLRL EFFKPDQDGD FLPLLTASSQ GPQTLFSPF

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL CRYO ARM 300
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 2.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6rut

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 12.0 Å / 解像度の算出法: DIFFRACTION PATTERN/LAYERLINES / 使用した粒子像数: 9565198
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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