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基本情報
登録情報 | ![]() | ||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the human UAP56 - TREX-2 complex | ||||||||||||
![]() | Structure of the human UAP56-TREX-2 complex, map. | ||||||||||||
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![]() | mRNA export / nuclear pore basket / GENE REGULATION | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() negative regulation of lymphoid progenitor cell differentiation / transcription export complex / U6 snRNP / transcription export complex 2 / post-transcriptional tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / Impaired BRCA2 translocation to the nucleus / Impaired BRCA2 binding to SEM1 (DSS1) / nuclear pore nuclear basket / histone H3 acetyltransferase activity / integrator complex ...negative regulation of lymphoid progenitor cell differentiation / transcription export complex / U6 snRNP / transcription export complex 2 / post-transcriptional tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / Impaired BRCA2 translocation to the nucleus / Impaired BRCA2 binding to SEM1 (DSS1) / nuclear pore nuclear basket / histone H3 acetyltransferase activity / integrator complex / nucleosome organization / ATP-dependent protein binding / mRNA 3'-end processing / ATP-dependent activity, acting on RNA / U4 snRNA binding / proteasome regulatory particle, lid subcomplex / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / RNA export from nucleus / U4 snRNP / Regulation of ornithine decarboxylase (ODC) / RNA Polymerase II Transcription Termination / Proteasome assembly / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / Homologous DNA Pairing and Strand Exchange / Defective homologous recombination repair (HRR) due to BRCA1 loss of function / Defective HDR through Homologous Recombination Repair (HRR) due to PALB2 loss of BRCA1 binding function / Defective HDR through Homologous Recombination Repair (HRR) due to PALB2 loss of BRCA2/RAD51/RAD51C binding function / Resolution of D-loop Structures through Synthesis-Dependent Strand Annealing (SDSA) / Resolution of D-loop Structures through Holliday Junction Intermediates / positive regulation of B cell differentiation / Somitogenesis / poly(A)+ mRNA export from nucleus / Impaired BRCA2 binding to RAD51 / negative regulation of gene expression, epigenetic / histone acetyltransferase activity / spliceosomal complex assembly / Presynaptic phase of homologous DNA pairing and strand exchange / somatic hypermutation of immunoglobulin genes / proteasome assembly / U6 snRNA binding / mRNA export from nucleus / RHOBTB2 GTPase cycle / histone acetyltransferase / spleen development / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / mRNA Splicing - Major Pathway / proteasome complex / RNA splicing / Regulation of activated PAK-2p34 by proteasome mediated degradation / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Securin / Asymmetric localization of PCP proteins / Ubiquitin-dependent degradation of Cyclin D / SCF-beta-TrCP mediated degradation of Emi1 / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / AUF1 (hnRNP D0) binds and destabilizes mRNA / Vpu mediated degradation of CD4 / Assembly of the pre-replicative complex / Ubiquitin-Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Degradation of DVL / spliceosomal complex / Cdc20:Phospho-APC/C mediated degradation of Cyclin A / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / transcription elongation by RNA polymerase II / Degradation of AXIN / Hh mutants are degraded by ERAD / Activation of NF-kappaB in B cells / Degradation of GLI1 by the proteasome / Hedgehog ligand biogenesis / G2/M Checkpoints / Defective CFTR causes cystic fibrosis / GSK3B and BTRC:CUL1-mediated-degradation of NFE2L2 / Autodegradation of the E3 ubiquitin ligase COP1 / Negative regulation of NOTCH4 signaling / Regulation of RUNX3 expression and activity / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / Hedgehog 'on' state / double-strand break repair via homologous recombination / Degradation of GLI2 by the proteasome / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / APC/C:Cdh1 mediated degradation of Cdc20 and other APC/C:Cdh1 targeted proteins in late mitosis/early G1 / MAPK6/MAPK4 signaling / mRNA splicing, via spliceosome / Degradation of beta-catenin by the destruction complex / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / ABC-family proteins mediated transport / HDR through Homologous Recombination (HRR) / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / CLEC7A (Dectin-1) signaling / SCF(Skp2)-mediated degradation of p27/p21 / FCERI mediated NF-kB activation / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / Regulation of PTEN stability and activity / Interleukin-1 signaling / Orc1 removal from chromatin / Regulation of RAS by GAPs / Regulation of RUNX2 expression and activity / The role of GTSE1 in G2/M progression after G2 checkpoint 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | ||||||||||||
![]() | Hohmann U / Graf M / Plaschka C | ||||||||||||
資金援助 | European Union, 3件
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![]() | ![]() タイトル: A molecular switch orchestrates the export of human messenger RNA 著者: Hohmann U / Graf M / Brennecke J / Plaschka C | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 59.6 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 20.7 KB 20.7 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 8.5 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 151.3 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 6.7 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 59.5 MB 59.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 21.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8r7kMC ![]() 8r7jC ![]() 8r7lC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Structure of the human UAP56-TREX-2 complex, map. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.877 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: Structure of the human UAP56-TREX-2 complex, half map A.
ファイル | emd_18978_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Structure of the human UAP56-TREX-2 complex, half map A. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Structure of the human UAP56-TREX-2 complex, half map B.
ファイル | emd_18978_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Structure of the human UAP56-TREX-2 complex, half map B. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Human UAP56 - TREX-2 complex
全体 | 名称: Human UAP56 - TREX-2 complex |
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要素 |
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-超分子 #1: Human UAP56 - TREX-2 complex
超分子 | 名称: Human UAP56 - TREX-2 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-超分子 #2: Human TREX-2 complex middle domain
超分子 | 名称: Human TREX-2 complex middle domain / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#3 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: Germinal-center associated nuclear protein
分子 | 名称: Germinal-center associated nuclear protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: histone acetyltransferase |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 48.160965 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: SEGLGPCVLS LSTLIGTVAE TSKEKYRLLD QRDRIMRQAR VKRTDLDKAR TFVGTCLDMC PEKERYMRET RSQLSVFEVV PGTDQVDHA AAVKEYSRSS ADQEEPLPHE LRPLPVLSRT MDYLVTQIMD QKEGSLRDWY DFVWNRTRGI RKDITQQHLC D PLTVSLIE ...文字列: SEGLGPCVLS LSTLIGTVAE TSKEKYRLLD QRDRIMRQAR VKRTDLDKAR TFVGTCLDMC PEKERYMRET RSQLSVFEVV PGTDQVDHA AAVKEYSRSS ADQEEPLPHE LRPLPVLSRT MDYLVTQIMD QKEGSLRDWY DFVWNRTRGI RKDITQQHLC D PLTVSLIE KCTRFHIHCA HFMCEEPMSS FDAKINNENM TKCLQSLKEM YQDLRNKGVF CASEAEFQGY NVLLSLNKGD IL REVQQFH PAVRNSSEVK FAVQAFAALN SNNFVRFFKL VQSASYLNAC LLHCYFSQIR KDALRALNFA YTVSTQRSTI FPL DGVVRM LLFRDCEEAT DFLTCHGLTV SDGCVELNRS AFLEPEGLSK TRKSVFITRK LTVSVGEIVN GGPLPPVPRH TPVC SFNSQ NKYIGESLAA ELPVSTQR UniProtKB: Germinal-center associated nuclear protein |
-分子 #2: PCI domain-containing protein 2
分子 | 名称: PCI domain-containing protein 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 46.095883 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MAHITINQYL QQVYEAIDSR DGASCAELVS FKHPHVANPR LQMASPEEKC QQVLEPPYDE MFAAHLRCTY AVGNHDFIEA YKCQTVIVQ SFLRAFQAHK EENWALPVMY AVALDLRVFA NNADQQLVKK GKSKVGDMLE KAAELLMSCF RVCASDTRAG I EDSKKWGM ...文字列: MAHITINQYL QQVYEAIDSR DGASCAELVS FKHPHVANPR LQMASPEEKC QQVLEPPYDE MFAAHLRCTY AVGNHDFIEA YKCQTVIVQ SFLRAFQAHK EENWALPVMY AVALDLRVFA NNADQQLVKK GKSKVGDMLE KAAELLMSCF RVCASDTRAG I EDSKKWGM LFLVNQLFKI YFKINKLHLC KPLIRAIDSS NLKDDYSTAQ RVTYKYYVGR KAMFDSDFKQ AEEYLSFAFE HC HRSSQKN KRMILIYLLP VKMLLGHMPT VELLKKYHLM QFAEVTRAVS EGNLLLLHEA LAKHEAFFIR CGIFLILEKL KII TYRNLF KKVYLLLKTH QLSLDAFLVA LKFMQVEDVD IDEVQCILAN LIYMGHVKGY ISHQHQKLVV SKQNPFPPLS TVC UniProtKB: PCI domain-containing protein 2 |
-分子 #3: 26S proteasome complex subunit SEM1
分子 | 名称: 26S proteasome complex subunit SEM1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 8.284611 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MSEKKQPVDL GLLEEDDEFE EFPAEDWAGL DEDEDAHVWE DNWDDDNVED DFSNQLRAEL EKHGYKMETS UniProtKB: 26S proteasome complex subunit SEM1 |
-分子 #4: Spliceosome RNA helicase DDX39B
分子 | 名称: Spliceosome RNA helicase DDX39B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RNA helicase |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 49.05625 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MAENDVDNEL LDYEDDEVET AAGGDGAEAP AKKDVKGSYV SIHSSGFRDF LLKPELLRAI VDCGFEHPSE VQHECIPQAI LGMDVLCQA KSGMGKTAVF VLATLQQLEP VTGQVSVLVM CHTRELAFQI SKEYERFSKY MPNVKVAVFF GGLSIKKDEE V LKKNCPHI ...文字列: MAENDVDNEL LDYEDDEVET AAGGDGAEAP AKKDVKGSYV SIHSSGFRDF LLKPELLRAI VDCGFEHPSE VQHECIPQAI LGMDVLCQA KSGMGKTAVF VLATLQQLEP VTGQVSVLVM CHTRELAFQI SKEYERFSKY MPNVKVAVFF GGLSIKKDEE V LKKNCPHI VVGTPGRILA LARNKSLNLK HIKHFILDEC DKMLEQLDMR RDVQEIFRMT PHEKQVMMFS ATLSKEIRPV CR KFMQDPM EIFVDDETKL TLHGLQQYYV KLKDNEKNRK LFDLLDVLEF NQVVIFVKSV QRCIALAQLL VEQNFPAIAI HRG MPQEER LSRYQQFKDF QRRILVATNL FGRGMDIERV NIAFNYDMPE DSDTYLHRVA RAGRFGTKGL AITFVSDEND AKIL NDVQD RFEVNISELP DEIDISSYIE QTR UniProtKB: Spliceosome RNA helicase DDX39B |
-分子 #5: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER
分子 | 名称: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: ANP |
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分子量 | 理論値: 506.196 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-ANP: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.7 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.9 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 281 K / 装置: LEICA EM GP |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |