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- EMDB-1679: Characterization of the extremophilic, archaeal virus STIV2 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1679
タイトルCharacterization of the extremophilic, archaeal virus STIV2
マップデータThis is a 20 A resolution cryo-EM reconstruction of the archaeal virus STIV2
試料
  • 試料: STIV2 virus
  • ウイルス: Sulfolobus turreted icosahedral virus 2 (ウイルス)
キーワードArchaeal / virus / icosahedral / extremophilic
生物種Sulfolobus turreted icosahedral virus 2 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 20.0 Å
データ登録者Happonen LJ / Redder P / Peng X / Reigstad LJ / Prangishvili D / Butcher SJ
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2010
タイトル: Familial relationships in hyperthermo- and acidophilic archaeal viruses.
著者: Lotta Johanna Happonen / Peter Redder / Xu Peng / Laila Johanne Reigstad / David Prangishvili / Sarah Jane Butcher /
要旨: Archaea often live in extreme, harsh environments such as acidic hot springs and hypersaline waters. To date, only two icosahedrally symmetric, membrane-containing archaeal viruses, SH1 and ...Archaea often live in extreme, harsh environments such as acidic hot springs and hypersaline waters. To date, only two icosahedrally symmetric, membrane-containing archaeal viruses, SH1 and Sulfolobus turreted icosahedral virus (STIV), have been described in detail. We report the sequence and three-dimensional structure of a third such virus isolated from a hyperthermoacidophilic crenarchaeon, Sulfolobus strain G4ST-2. Characterization of this new isolate revealed it to be similar to STIV on the levels of genome and structural organization. The genome organization indicates that these two viruses have diverged from a common ancestor. Interestingly, the prominent surface turrets of the two viruses are strikingly different. By sequencing and mass spectrometry, we mapped several large insertions and deletions in the known structural proteins that could account for these differences and showed that both viruses can infect the same host. A combination of genomic and proteomic analyses revealed important new insights into the structural organization of these viruses and added to our limited knowledge of archaeal virus life cycles and host-cell interactions.
履歴
登録2010年1月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2010年3月10日-
マップ公開2010年3月11日-
更新2011年9月9日-
現状2011年9月9日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 960
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 960
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1679.tif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1679.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 130.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈This is a 20 A resolution cryo-EM reconstruction of the archaeal virus STIV2
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
4.42 Å/pix.
x 327 pix.
= 327.08 Å		4.42 Å/pix.
x 327 pix.
= 327.08 Å		4.42 Å/pix.
x 327 pix.
= 327.08 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.42 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 960.0 / ムービー #1: 960
最小 - 最大-2959.329999999999927 - 4678.529999999999745
平均 (標準偏差)0.000000058474 (±480.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ327327327
Spacing327327327
セルA=B=C: 327.08 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.424.424.42
M x/y/z747474
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z327.080327.080327.080
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ121121121
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS327327327
D min/max/mean-2959.3294678.5280.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : STIV2 virus

全体名称: STIV2 virus
要素
  • 試料: STIV2 virus
  • ウイルス: Sulfolobus turreted icosahedral virus 2 (ウイルス)

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超分子 #1000: STIV2 virus

超分子名称: STIV2 virus / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1

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超分子 #1: Sulfolobus turreted icosahedral virus 2

超分子名称: Sulfolobus turreted icosahedral virus 2 / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: STIV2 / NCBI-ID: 754004 / 生物種: Sulfolobus turreted icosahedral virus 2 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: STIV2
宿主生物種: Sulfolobus islandicus (古細菌) / 別称: ARCHAEA
ウイルス殻Shell ID: 1 / 直径: 710 Å / T番号(三角分割数): 31

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 3.5 / 詳細: 50 mM sodium citrate, pH 3.5
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: Vitrified. Grids were blotted for roughly one second before being plunged into liquid ethane.
グリッド詳細: Quantifoil-grids
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 詳細: Vitrification instrument: Guillotine
手法: A small vial of ethane is placed inside a larger liquid nitrogen reservoir. The grid holding 3 microliters of the sample is held in place at the bottom of a plunger by the means of fine ...手法: A small vial of ethane is placed inside a larger liquid nitrogen reservoir. The grid holding 3 microliters of the sample is held in place at the bottom of a plunger by the means of fine tweezers. When the liquid ethane is ready, a piece of filter paper is then pressed against the sample to blot off excess buffer, sufficient to leave a thin layer on the grid. The filter paper is removed, and the plunger is allowed to drop into the liquid ethane. Once the grid enters the liquid ethane, the sample is rapidly frozen, and the grid is transferred under liquid nitrogen to a storage box immersed in liquid nitrogen for later use in the microscope.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
詳細Low dose conditions
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
デジタル化 - サンプリング間隔: 4.42 µm / 実像数: 358 / 平均電子線量: 18 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 66400 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 68000
試料ステージ試料ホルダー: Side entry liquid nitrogen-cooled side entry holder
試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: Each micrograph
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 20.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: PFT, POR, EM3DR2, P3DR / 使用した粒子像数: 713

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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