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万見
- EMDB-10346: Structure of African Swine fever virus -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10346
タイトルStructure of African Swine fever virus
マップデータPostprocessed map
試料
  • ウイルス: African swine fever virus BA71V (ウイルス)
生物種African swine fever virus BA71V (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 23.1 Å
データ登録者Abrescia NG / Andres G / Charro D / Matamoros T / Dillard R
資金援助 スペイン, 3件
OrganizationGrant number国
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesPGC2018-098701-B-I00 スペイン
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessSEV-2016-0644 スペイン
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesRTI2018-095700-B-I00 スペイン
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2020
タイトル: The cryo-EM structure of African swine fever virus unravels a unique architecture comprising two icosahedral protein capsids and two lipoprotein membranes.
著者: German Andrés / Diego Charro / Tania Matamoros / Rebecca S Dillard / Nicola G A Abrescia /
要旨: African swine fever virus (ASFV) is a complex nucleocytoplasmic large DNA virus (NCLDV) that causes a devastating swine disease currently present in many countries of Africa, Europe, and Asia. ...African swine fever virus (ASFV) is a complex nucleocytoplasmic large DNA virus (NCLDV) that causes a devastating swine disease currently present in many countries of Africa, Europe, and Asia. Despite intense research efforts, relevant gaps in the architecture of the infectious virus particle remain. Here, we used single-particle cryo-EM to analyze the three-dimensional structure of the mature ASFV particle. Our results show that the ASFV virion, with a radial diameter of ∼2,080 Å, encloses a genome-containing nucleoid surrounded by two distinct icosahedral protein capsids and two lipoprotein membranes. The outer capsid forms a hexagonal lattice (triangulation number = 277) composed of 8,280 copies of the double jelly-roll major capsid protein (MCP) p72, arranged in trimers displaying a pseudo-hexameric morphology, and of 60 copies of a penton protein at the vertices. The inner protein layer, organized as a = 19 capsid, confines the core shell, and it is composed of the mature products derived from the ASFV polyproteins pp220 and pp62. Also, an icosahedral membrane lies between the two protein layers, whereas a pleomorphic envelope wraps the outer capsid. This high-level organization confers to ASFV a unique architecture among the NCLDVs that likely reflects the complexity of its infection process and may help explain current challenges in controlling it.
履歴
登録2019年9月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年10月30日-
マップ公開2019年11月6日-
更新2020年11月25日-
現状2020年11月25日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.028
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.028
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10346.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10346.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 824 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Postprocessed map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.94 Å/pix.
x 1000 pix.
= 2938. Å		2.94 Å/pix.
x 1000 pix.
= 2938. Å		2.94 Å/pix.
x 1000 pix.
= 2938. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.938 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.028 / ムービー #1: 0.028
最小 - 最大-0.07193008 - 0.51178
平均 (標準偏差)-0.0000000000 (±0.022948122)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ100010001000
Spacing100010001000
セルA=B=C: 2938.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.9382.9382.938
M x/y/z100010001000
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z2938.0002938.0002938.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS100010001000
D min/max/mean-0.0720.512-0.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_10346_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: nucleocapsid

ファイルemd_10346_additional_1.map
注釈nucleocapsid
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: simmetrized nucleocapsid

ファイルemd_10346_additional_2.map
注釈simmetrized nucleocapsid
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half 2

ファイルemd_10346_half_map_1.map
注釈Half 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half 1

ファイルemd_10346_half_map_2.map
注釈Half 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : African swine fever virus BA71V

全体名称: African swine fever virus BA71V (ウイルス)
要素
  • ウイルス: African swine fever virus BA71V (ウイルス)

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超分子 #1: African swine fever virus BA71V

超分子名称: African swine fever virus BA71V / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 / NCBI-ID: 10498 / 生物種: African swine fever virus BA71V / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: pigs, warthogs, bushpigs (unknown)
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: Outer capsid (MCP p72) / 直径: 2400.0 Å / T番号(三角分割数): 277

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.1 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 構成要素 - 式: PBS
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
詳細Two datasets were acquired.
撮影#0 - Image recording ID: 1
#0 - フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
#0 - 平均電子線量: 47.7 e/Å2
#0 - 詳細: Titan Krios equipped with a Cs-corrector and a Falcon 3EC direct electron detector
#1 - Image recording ID: 2
#1 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
#1 - 平均電子線量: 47.5 e/Å2
#1 - 詳細: Titan Krios equipped with a Gatan K2 Summit direct electron detector
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DARK FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

Image recording ID2
粒子像選択選択した数: 1267
詳細: 583 from Falcon 3EC dataset plus 684 from K2 dataset
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND
最終 再構成使用したクラス数: 2 / 想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 23.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 1110
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 3次元分類クラス数: 2 / ソフトウェア - 名称: RELION
詳細: From the first data collection 583 ASFV particles were visually selected and extracted in RELION, and 3D classified in two classes (as a reference an initial symmetrized model was generated ...詳細: From the first data collection 583 ASFV particles were visually selected and extracted in RELION, and 3D classified in two classes (as a reference an initial symmetrized model was generated in RELION). The largest class with 450 particles was refined and a preliminary icosahedral model of the virion was produced; this model served as reference for the 3D classification of the second dataset (684 starting particles) which led to a largest class with 650 particles. Then both set of particles were interpolated to the same pixel size and merged for 3D reconstruction.
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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