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- EMDB-0828: Structure of severe fever with thrombocytopenia syndrome virus L ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0828
タイトルStructure of severe fever with thrombocytopenia syndrome virus L protein
マップデータ
試料
  • 複合体: Virus polymerase
    • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードpolymease / VIRUS / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell endoplasmic reticulum / virion component / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / host cell Golgi apparatus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / hydrolase activity / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
RNA-directed RNA polymerase L, PA-C-like domain / RNA-directed RNA polymerase L, PA-C-like domain / RNA-directed RNA polymerase L, N-terminal / L protein N-terminus / RNA-dependent RNA polymerase, bunyaviral / Bunyavirus RNA dependent RNA polymerase / RNA-directed RNA polymerase, negative-strand RNA virus / RdRp of negative ssRNA viruses with segmented genomes catalytic domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA-directed RNA polymerase L
類似検索 - 構成要素
生物種Phlebovirus WCH/97/HN/China/2011 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Wang P / Lou Z
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2020
タイトル: Structure of severe fever with thrombocytopenia syndrome virus L protein elucidates the mechanisms of viral transcription initiation.
著者: Panpan Wang / Lu Liu / Aijun Liu / Liming Yan / Yong He / Shu Shen / Mingxu Hu / Yu Guo / Haiguang Liu / Chuang Liu / Yinying Lu / Peiyi Wang / Fei Deng / Zihe Rao / Zhiyong Lou /
要旨: Segmented negative-sense RNA viruses (sNSRVs) encode a single-polypeptide polymerase (L protein) or a heterotrimeric polymerase complex to cannibalize host messenger RNA cap structures serving as ...Segmented negative-sense RNA viruses (sNSRVs) encode a single-polypeptide polymerase (L protein) or a heterotrimeric polymerase complex to cannibalize host messenger RNA cap structures serving as primers of transcription, and catalyse RNA synthesis. Here, we report the full-length structure of the severe fever with thrombocytopaenia syndrome virus (SFTSV) L protein, as determined by cryogenic electron microscopy at 3.4 Å, leading to an atomic model harbouring three functional parts (an endonuclease, an RNA-dependent RNA polymerase and a cap-binding domain) and two structural domains (an arm domain with a blocker motif and a carboxy-terminal lariat domain). The SFTSV L protein has a compact architecture in which its cap-binding pocket is surprisingly occupied by an Arg finger of the blocker motif, and the endonuclease active centre faces back towards the cap-binding pocket, suggesting that domain rearrangements are necessary to acquire the pre-initiation state of the active site. Our results provide insight into the complete architecture of sNSRV-encoded L protein and further the understanding of sNSRV transcription initiation.
履歴
登録2019年10月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年5月13日-
マップ公開2020年5月13日-
更新2025年7月2日-
現状2025年7月2日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0085
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0085
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6l42
  • 表面レベル: 0.0085
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7alp
  • 表面レベル: 0.0085
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0828.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0828.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 40.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 220 pix.
= 237.6 Å		1.08 Å/pix.
x 220 pix.
= 237.6 Å		1.08 Å/pix.
x 220 pix.
= 237.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0085 / ムービー #1: 0.0085
最小 - 最大-0.028280538 - 0.061401226
平均 (標準偏差)0.000011703104 (±0.0020826738)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ220220220
Spacing220220220
セルA=B=C: 237.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.081.081.08
M x/y/z220220220
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z237.600237.600237.600
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS220220220
D min/max/mean-0.0280.0610.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Virus polymerase

全体名称: Virus polymerase
要素
  • 複合体: Virus polymerase
    • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: Virus polymerase

超分子名称: Virus polymerase / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Phlebovirus WCH/97/HN/China/2011 (ウイルス)

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分子 #1: RNA polymerase

分子名称: RNA polymerase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Phlebovirus WCH/97/HN/China/2011 (ウイルス)
分子量理論値: 238.813797 KDa
組換発現生物種: Insect expression vector pBlueBacmsGCB1His (その他)
配列文字列: MSYYHHHHHH DYDIPTTENL YFQGAMNLEV LCGRINVENG LSLGEPGLYD QIYDRPGLPD LDVTVDATGV TVDIGAVPDS ASQLGSSIN AGLITIQLSE AYKINHDFTF SGLSKTTDRR LSEVFPITHD GSDGMTPDVI HTRLDGTIVV VEFTTTRSHN I GGLEAAYR ...文字列:
MSYYHHHHHH DYDIPTTENL YFQGAMNLEV LCGRINVENG LSLGEPGLYD QIYDRPGLPD LDVTVDATGV TVDIGAVPDS ASQLGSSIN AGLITIQLSE AYKINHDFTF SGLSKTTDRR LSEVFPITHD GSDGMTPDVI HTRLDGTIVV VEFTTTRSHN I GGLEAAYR TKIEKYRDPI SRRVDIMENP RVFFGVIVVS SGGVLSNMPL TQDEAEELMY RFCIANEIYT KARSMDADIE LQ KSEEELE AISRALSFFS LFEPNIERVE GTFPNSEIEM LEQFLSTPAD VDFITKTLKA KEVEAYADLC DSHYLKPEKT IQE RLEINR CEAIDKTQDL LAGLHARSNK QTSLNRGTVK LPPWLPKPSS ESIDIKTDSG FGSLMDHGAY GELWAKCLLD VSLG NVEGV VSDPAKELDI AISDDPEKDT PKEAKITYRR FKPALSSSAR QEFSLQGVEG KKWKRMAANQ KKEKESHDAL SPFLD VEDI GDFLTFNNLL ADSRYGDESV QRAVSILLEK ASAMQDTELT HALNDSFKRN LSSNVVQWSL WVSCLAQELA SALKQH CRA GEFIIKKLKF WPIYVIIKPT KSSSHIFYSL GIRKADVTRR LTGRVFSETI DAGEWELTEF KSLKTCKLTN LVNLPCT ML NSIAFWREKL GVAPWLVRKP CSELREQVGL TFLISLEDKS KTEEIITLTR YTQMEGFVSP PMLPKPQKML GKLDGPLR T KLQVYLLRKH LDCMVRIASQ PFSLIPREGR VEWGGTFHAI SGRSTNLENM VNSWYIGYYK NKEESTELNA LGEMYKKIV EMEEDKPSSP EFLGWGDTDS PKKHEFSRSF LRAACSSLER EIAQRHGRQW KQNLEERVLR EIGTKNILDL ASMKATSNFS KDWELYSEV QTKEYHRSKL LEKMATLIEK GVMWYIDAVG QAWKAVLDDG CMRICLFKKN QHGGLREIYV MDANARLVQF G VETMARCV CELSPHETVA NPRLKNSIIE NHGLKSARSL GPGSININSS NDAKKWNQGH YTTKLALVLC WFMPAKFHRF IW AAISMFR RKKMMVDLRF LAHLSSKSES RSSDPFREAM TDAFHGNREV SWMDKGRTYI KTETGMMQGI LHFTSSLLHS CVQ SFYKSY FVSKLKEGYM GESISGVVDV IEGSDDSAIM ISIRPKSDMD EVRSRFFVAN LLHSVKFLNP LFGIYSSEKS TVNT VYCVE YNSEFHFHRH LVRPTLRWIA ASHQISETEA LASRQEDYSN LLTQCLEGGA SFSLTYLIQC AQLLHHYMLL GLCLH PLFG TFMGMLISDP DPALGFFLMD NPAFAGGAGF RFNLWRACKT TDLGRKYAYY FNEIEGKTKG DEDYRALDAT SGGTLS HSV MVYWGDRKKY QALLNRMGLP EDWVEQIDEN PGVLYRRAAN KKELLLKLAE KVHSPGVTSS LSKGHVVPRV VAAGVYL LS RHCFRFSSSI HGRGSTQKAS LIKLLMMSSI SAMKHGGSLN PNQERMLFPQ AQEYDRVCTL LEEVEHLTGK FVVRERNI V RSRIDLFQEP VDLRCKAEDL VSEVWFGLKR TKLGPRLLKE EWDKLRASFA WLSTDPSETL RDGPFLSHVQ FRNFIAHVD AKSRSVRLLG APVKKSGGVT TISQVVRMNF FPGFSLEAEK SLDNQERLES ISILKHVLFM VLNGPYTEEY KLEMIIEAFS TLVIPQPSE VIRKSRTMTL CLLSNYLSSR GGSILDQIER AQSGTLGGFS KPQKTFIRPG GGVGYKGKGV WTGVMEDTHV Q ILIDGDGT SNWLEEIRLS SDARLYDVIE SIRRLCDDLG INNRVASAYR GHCMVRLSGF KIKPASRTDG CPVRIMERGF RI RELQNPD EVKMRVRGDI LNLSVTIQEG RVMNILSYRP RDTDISESAA AYLWSNRDLF SFGKKEPSCS WICLKTLDNW AWS HASVLL ANDRKTQGID NRAMGNIFRD CLEGSLRKQG LMRSKLTEMV EKNVVPLTTQ ELVDILEEDI DFSDVIAVEL SEGS LDIES IFDGAPILWS AEVEEFGEGV VAVSYSSKYY HLTLMDQAAI TMCAIMGKEG CRGLLTEKRC MAAIREQVRP FLIFL QIPE DSISWVSDQF CDSRGLDEES TIMWG

UniProtKB: RNA-directed RNA polymerase L

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分子 #2: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 %

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影#0 - Image recording ID: 1
#0 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
#0 - 検出モード: SUPER-RESOLUTION / #0 - 平均電子線量: 40.0 e/Å2 / #1 - Image recording ID: 2
#1 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
#1 - 検出モード: SUPER-RESOLUTION / #1 - 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

Image recording ID1
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 147344
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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