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- PDB-9yx5: Structure of the long chain acyl-CoA carboxylase complex from Myc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9yx5
タイトルStructure of the long chain acyl-CoA carboxylase complex from Mycobacterium smegmatis with MSMEG_0435-MSMEG_0436 bound
要素
  • (Allophanate hydrolase subunit ...) x 2
  • (Propionyl-CoA carboxylase beta ...) x 2
  • Acetyl-/propionyl-coenzyme A carboxylase AccE5
  • Biotin-dependent acyl-coenzyme A carboxylase alpha3 subunit
キーワードLIGASE / Carboxylase / transferase / lipid synthesis / mycolic acid synthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


propionyl-CoA carboxylase / biotin carboxylase / propionyl-CoA carboxylase activity / acetyl-CoA carboxylase complex / biotin carboxylase activity / acetyl-CoA carboxylase activity / carbon fixation / fatty acid biosynthetic process / hydrolase activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / KipI family / Carboxyltransferase domain, subdomain A and B / Carboxyltransferase domain, subdomain A and B / Allophanate hydrolase subunit 2 / Carboxyltransferase domain, subdomain C and D / Carboxyltransferase domain, subdomain C and D / Allophanate hydrolase subunit 1 / Biotin-dependent acetyl-/propionyl-coenzyme A carboxylase epsilon subunit / Acyl-CoA carboxylase epsilon subunit ...: / KipI family / Carboxyltransferase domain, subdomain A and B / Carboxyltransferase domain, subdomain A and B / Allophanate hydrolase subunit 2 / Carboxyltransferase domain, subdomain C and D / Carboxyltransferase domain, subdomain C and D / Allophanate hydrolase subunit 1 / Biotin-dependent acetyl-/propionyl-coenzyme A carboxylase epsilon subunit / Acyl-CoA carboxylase epsilon subunit / : / : / Acetyl-coenzyme A carboxyltransferase, N-terminal / Acetyl-coenzyme A (CoA) carboxyltransferase N-terminal domain profile. / Acetyl-coenzyme A carboxyltransferase, C-terminal / Acetyl-coenzyme A (CoA) carboxyltransferase C-terminal domain profile. / Acetyl-CoA carboxylase / Carboxyl transferase domain / Biotin-binding site / Biotin-requiring enzymes attachment site. / Biotin carboxylase-like, N-terminal domain / Biotin carboxylase, C-terminal / Biotin carboxylation domain / Biotin carboxylase, N-terminal domain / Biotin carboxylase C-terminal domain / Biotin carboxylation domain profile. / Biotin carboxylase C-terminal domain / Carbamoyl-phosphate synthase subdomain signature 1. / Carbamoyl-phosphate synthetase large subunit-like, ATP-binding domain / Carbamoyl-phosphate synthase L chain, ATP binding domain / Biotin-requiring enzyme / Rudiment single hybrid motif / Biotinyl/lipoyl domain profile. / Biotin/lipoyl attachment / Single hybrid motif / ATP-grasp fold, subdomain 1 / Pre-ATP-grasp domain superfamily / Cyclophilin-like domain superfamily / ATP-grasp fold / ATP-grasp fold profile. / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Carbamoyl-phosphate synthase subdomain signature 2.
類似検索 - ドメイン・相同性
propionyl Coenzyme A / : / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / BICARBONATE ION / BIOTIN / Allophanate hydrolase subunit 2 / Allophanate hydrolase subunit 1 / Biotin-dependent acyl-coenzyme A carboxylase alpha3 subunit / Acetyl-/propionyl-coenzyme A carboxylase AccE5 / Propionyl-CoA carboxylase beta chain / Propionyl-CoA carboxylase beta chain
類似検索 - 構成要素
生物種Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Liang, Y. / Rubinstein, J.L.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)PJT191893 カナダ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural basis for substrate specificity and MSMEG_0435-0436 binding by the mycobacterial long-chain acyl-CoA carboxylase complex
著者: Liang, Y. / Rubinstein, J.L.
履歴
登録2025年10月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年11月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年11月26日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年11月26日Data content type: Additional map / Part number: 1 / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年11月26日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年11月26日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年11月26日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年11月26日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年11月26日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Biotin-dependent acyl-coenzyme A carboxylase alpha3 subunit
E: Acetyl-/propionyl-coenzyme A carboxylase AccE5
F: Propionyl-CoA carboxylase beta chain
G: Propionyl-CoA carboxylase beta chain
H: Propionyl-CoA carboxylase beta chain
I: Biotin-dependent acyl-coenzyme A carboxylase alpha3 subunit
J: Biotin-dependent acyl-coenzyme A carboxylase alpha3 subunit
K: Biotin-dependent acyl-coenzyme A carboxylase alpha3 subunit
L: Biotin-dependent acyl-coenzyme A carboxylase alpha3 subunit
M: Propionyl-CoA carboxylase beta chain
N: Propionyl-CoA carboxylase beta chain
O: Propionyl-CoA carboxylase beta chain
P: Acetyl-/propionyl-coenzyme A carboxylase AccE5
Q: Biotin-dependent acyl-coenzyme A carboxylase alpha3 subunit
V: Allophanate hydrolase subunit 2
W: Allophanate hydrolase subunit 1
X: Biotin-dependent acyl-coenzyme A carboxylase alpha3 subunit
Y: Allophanate hydrolase subunit 2
Z: Allophanate hydrolase subunit 1
U: Biotin-dependent acyl-coenzyme A carboxylase alpha3 subunit
B: Biotin-dependent acyl-coenzyme A carboxylase alpha3 subunit
C: Biotin-dependent acyl-coenzyme A carboxylase alpha3 subunit
D: Biotin-dependent acyl-coenzyme A carboxylase alpha3 subunit
R: Biotin-dependent acyl-coenzyme A carboxylase alpha3 subunit
S: Biotin-dependent acyl-coenzyme A carboxylase alpha3 subunit
T: Biotin-dependent acyl-coenzyme A carboxylase alpha3 subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,367,84143
ポリマ－1,360,02826
非ポリマー7,81317
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

-
タンパク質 , 2種, 16分子 AIJKLQXUBCDRSTEP

#1: タンパク質
Biotin-dependent acyl-coenzyme A carboxylase alpha3 subunit


分子量: 63215.176 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QTE1, biotin carboxylase
#2: タンパク質 Acetyl-/propionyl-coenzyme A carboxylase AccE5


分子量: 10357.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QTE6

-
Propionyl-CoA carboxylase beta ... , 2種, 6分子 FOGHMN

#3: タンパク質 Propionyl-CoA carboxylase beta chain


分子量: 56234.070 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0R616, propionyl-CoA carboxylase
#4: タンパク質
Propionyl-CoA carboxylase beta chain


分子量: 58488.074 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QTE7, propionyl-CoA carboxylase

-
Allophanate hydrolase subunit ... , 2種, 4分子 VYWZ

#5: タンパク質 Allophanate hydrolase subunit 2


分子量: 31280.223 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QPL0
#6: タンパク質 Allophanate hydrolase subunit 1


分子量: 22659.801 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
参照: UniProt: A0QPL1

-
非ポリマー , 6種, 17分子

#7: 化合物 ChemComp-A1CZD / S-{(3S,5S,9R)-1-[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-4-hydroxy-3-(phosphonooxy)oxolan-2-yl]-3,5,9-trihydroxy-8,8-dimethyl-3,5,10,14-tetraoxo-2,4,6-trioxa-11,15-diaza-3lambda~5~,5lambda~5~-diphosphaheptadecan-17-yl} (11E,14E,16E)-icosa-11,14,16-trienethioate (non-preferred name)


分子量: 1056.002 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H68N7O17P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物
ChemComp-1VU / propionyl Coenzyme A


分子量: 823.597 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H40N7O17P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 化合物
ChemComp-BTN / BIOTIN


分子量: 244.311 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N2O3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#10: 化合物 ChemComp-BCT / BICARBONATE ION


分子量: 61.017 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CHO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#11: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE


分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#12: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Structure of the long chain acyl-CoA carboxylase complex from Mycobacterium smegmatis with MSMEG_0435-MSMEG_0436 bound
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#6 / 由来: NATURAL
分子量値: 0.98 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
緩衝液pH: 6
試料濃度: 5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER/RHODIUM / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Homemade
急速凍結装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 130000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 20000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1100 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
実像数: 8000
電子光学装置エネルギーフィルター名称: TFS Selectris X / エネルギーフィルタースリット幅: 10 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC5.0.0-privatebeta粒子像選択
2PHENIX1.19.2_4158モデル精密化
3EPU画像取得
5cryoSPARC5.0.0-privatebetaCTF補正
10cryoSPARC5.0.0-privatebeta初期オイラー角割当
11cryoSPARC5.0.0-privatebeta最終オイラー角割当
13cryoSPARC5.0.0-privatebeta３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 10016 / 対称性のタイプ: POINT
精密化最高解像度: 2.9 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00468454
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.83793105
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d14.44825111
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.05210519
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0112320

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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