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- PDB-9vfr: Structure of mature Coxsackievirus A6 virion complexed with its r... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9vfr
タイトルStructure of mature Coxsackievirus A6 virion complexed with its receptor KREMEN1
要素
  • (Genome polyprotein) x 4
  • Kremen protein 1
キーワードVIRUS / coxsackievirus A6 / KRM1 / receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


Signaling by LRP5 mutants / Negative regulation of TCF-dependent signaling by WNT ligand antagonists / negative regulation of axon regeneration / cell communication / negative regulation of ossification / limb development / regulation of canonical Wnt signaling pathway / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / TCF dependent signaling in response to WNT / picornain 2A ...Signaling by LRP5 mutants / Negative regulation of TCF-dependent signaling by WNT ligand antagonists / negative regulation of axon regeneration / cell communication / negative regulation of ossification / limb development / regulation of canonical Wnt signaling pathway / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / TCF dependent signaling in response to WNT / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / host cell cytoplasmic vesicle membrane / virion component / Wnt signaling pathway / viral capsid / transmembrane signaling receptor activity / host cell / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / DNA replication / RNA helicase activity / endocytosis involved in viral entry into host cell / symbiont-mediated suppression of host gene expression / symbiont-mediated activation of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / neuronal cell body / RNA-directed RNA polymerase activity / apoptotic process / DNA-templated transcription / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / signal transduction / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Kremen / : / Protein of unknown function DUF3724, picornavirus / Protein of unknown function (DUF3724) / Carbohydrate-binding WSC / WSC domain / WSC domain profile. / present in yeast cell wall integrity and stress response component proteins / CUB domain / Domain first found in C1r, C1s, uEGF, and bone morphogenetic protein. ...Kremen / : / Protein of unknown function DUF3724, picornavirus / Protein of unknown function (DUF3724) / Carbohydrate-binding WSC / WSC domain / WSC domain profile. / present in yeast cell wall integrity and stress response component proteins / CUB domain / Domain first found in C1r, C1s, uEGF, and bone morphogenetic protein. / CUB domain / CUB domain profile. / Spermadhesin, CUB domain superfamily / Picornavirus coat protein VP4 superfamily / Kringle domain / Kringle / Kringle, conserved site / Kringle superfamily / Kringle domain signature. / Kringle domain profile. / Kringle domain / Kringle-like fold / Picornavirus coat protein / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
MYRISTIC ACID / STEARIC ACID / Genome polyprotein / Genome polyprotein / Genome polyprotein / Genome polyprotein / Kremen protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Coxsackievirus A6 (コクサッキーウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Ke, X. / Li, X. / Liu, Z. / Liu, K. / Yan, X. / Shu, B. / Zhang, C.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, China) 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of mature Coxsackievirus A6 virion complexed with its receptor KREMEN1
著者: Ke, X. / Li, X. / Liu, Z. / Liu, K. / Yan, X. / Shu, B. / Zhang, C.
履歴
登録2025年6月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年11月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年11月19日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年11月19日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年11月19日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年11月19日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年11月19日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年11月19日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Genome polyprotein
B: Genome polyprotein
C: Genome polyprotein
D: Genome polyprotein
G: Kremen protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,2199
ポリマ－128,2635
非ポリマー9554
水00
1
A: Genome polyprotein
B: Genome polyprotein
C: Genome polyprotein
D: Genome polyprotein
G: Kremen protein 1
ヘテロ分子
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,753,122540
ポリマ－7,695,806300
非ポリマー57,316240
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Genome polyprotein
B: Genome polyprotein
C: Genome polyprotein
D: Genome polyprotein
G: Kremen protein 1
ヘテロ分子
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 646 kDa, 25 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)646,09445
ポリマ－641,31725
非ポリマー4,77620
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: Genome polyprotein
B: Genome polyprotein
C: Genome polyprotein
D: Genome polyprotein
G: Kremen protein 1
ヘテロ分子
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 775 kDa, 30 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)775,31254
ポリマ－769,58130
非ポリマー5,73224
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

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要素

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タンパク質 , 5種, 5分子 ABCDG

#1: タンパク質 Genome polyprotein / VP1


分子量: 33568.379 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Coxsackievirus A6 (コクサッキーウイルス)
参照: UniProt: A0A222NWY2
#2: タンパク質 Genome polyprotein / VP2


分子量: 28138.604 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Coxsackievirus A6 (コクサッキーウイルス)
参照: UniProt: A0A7D0TR32, picornain 2A, nucleoside-triphosphate phosphatase, picornain 3C, RNA-directed RNA polymerase
#3: タンパク質 Genome polyprotein / VP3


分子量: 26324.760 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Coxsackievirus A6 (コクサッキーウイルス)
参照: UniProt: A0A4P2SK07, picornain 2A, nucleoside-triphosphate phosphatase, picornain 3C, RNA-directed RNA polymerase
#4: タンパク質 Genome polyprotein / VP4


分子量: 7503.163 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Coxsackievirus A6 (コクサッキーウイルス)
参照: UniProt: E3VJS6
#5: タンパク質 Kremen protein 1 / Dickkopf receptor / Kringle domain-containing transmembrane protein 1 / Kringle-containing protein ...Dickkopf receptor / Kringle domain-containing transmembrane protein 1 / Kringle-containing protein marking the eye and the nose


分子量: 32728.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KREMEN1, KREMEN, KRM1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96MU8

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糖 , 1種, 2分子

#8: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 2分子

#6: 化合物 ChemComp-STE / STEARIC ACID


分子量: 284.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H36O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物 ChemComp-MYR / MYRISTIC ACID


分子量: 228.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: coxsackievirus A6 complexed with KRM1 protein / タイプ: COMPLEX
詳細: Purified Coxsackievirus A6 (CV-A6) virions were combined with KRM1 proteins at a 1:120 molar ratio (virus:protein) in PBS (pH 7.4). The binding reaction was carried out at room temperature ...詳細: Purified Coxsackievirus A6 (CV-A6) virions were combined with KRM1 proteins at a 1:120 molar ratio (virus:protein) in PBS (pH 7.4). The binding reaction was carried out at room temperature for 35 minutes to allow complex formation. Immediately following incubation, samples were rapidly vitrified for cryo-EM analysis by plunge-freezing in liquid ethane.
Entity ID: #1-#5 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: EMS Lacey Carbon
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 273 K

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: JEOL CRYO ARM 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: BASIC
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN / 試料ホルダーモデル: JEOL CRYOSPECPORTER
撮影平均露光時間: 2.7 sec. / 電子線照射量: 40 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOCONTINUUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5004

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC4.5.3粒子像選択
4cryoSPARC4.5.3CTF補正
13cryoSPARC4.5.3３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 184763
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成解像度: 2.55 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 19306 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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