PDB-9v47: Coupling of polymerase-nucleoprotein-RNA in an influenza virus mi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9v47

タイトル

Coupling of polymerase-nucleoprotein-RNA in an influenza virus mini ribonucleoprotein complex

要素

Nucleoprotein
RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')

キーワード

VIRAL PROTEIN/RNA / Influenza virus / ribonucleoprotein complex / polymerase / cryo-EM / VIRAL PROTEIN-RNA complex

機能・相同性

機能・相同性情報

helical viral capsid / viral penetration into host nucleus / host cell / viral nucleocapsid / ribonucleoprotein complex / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / RNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.52 Å

データ登録者

Kang, H. / Yang, Y. / Liu, Y. / Li, M. / Zhang, L. / Lin, Y. / Rao, Z. / Lou, Z.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Coupling of polymerase-nucleoprotein-RNA in an influenza virus mini ribonucleoprotein complex
著者: Kang, H. / Yang, Y. / Liu, Y. / Li, M. / Zhang, L. / Lin, Y. / Rao, Z. / Lou, Z.

履歴

登録	2025年5月22日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年10月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年10月8日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年10月8日	Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年10月8日	Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年10月8日	Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年10月8日	Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9v47.cif.gz	98.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9v47.ent.gz	74 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9v47.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	9v47_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9v47_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	9v47_validation.xml.gz	32.4 KB	表示
CIF形式データ	9v47_validation.cif.gz	45.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v4/9v47 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v4/9v47	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	64769MC 64766C 64768C 64770C 9v44C 9v46C 9v48C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

B: Nucleoprotein

C: RNA (5'-R(P*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*A)-3')

59.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質	Nucleoprotein / Nucleocapsid protein / Protein N 分子量: 56172.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Influenza A virus (A/Victoria/3/1975(H3N2)) (A型インフルエンザウイルス) 遺伝子: NP / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9WLG4
#2: RNA鎖	RNA (5'-R(PAPAPAPAPAPAPAPAPAPA)-3') 分子量: 3247.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Influenza A virus (A/Victoria/3/1975(H3N2)) (A型インフルエンザウイルス) 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: NP+1_NP+2_RNA_State In / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES
由来(天然)	生物種: Influenza A virus (A/Victoria/3/1975(H3N2)) (A型インフルエンザウイルス)
由来(組換発現)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液	pH: 8
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: TFS KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影	電子線照射量: 60 e/Å² フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

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解析

CTF補正	タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成	解像度: 4.52 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 265200 / 対称性のタイプ: POINT

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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