PDB-9baw: Cryo-EM structure of human importin beta-Ran-GTP heterodimer

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9baw

タイトル

Cryo-EM structure of human importin beta-Ran-GTP heterodimer

要素

GTP-binding nuclear protein Ran
Importin subunit beta-1

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Importins / Ran

機能・相同性

機能・相同性情報

RNA import into nucleus / Inhibition of nitric oxide production / mitotic chromosome movement towards spindle pole / endoplasmic reticulum tubular network / astral microtubule organization / pre-miRNA export from nucleus / establishment of mitotic spindle localization / RNA nuclear export complex / snRNA import into nucleus / manchette ...RNA import into nucleus / Inhibition of nitric oxide production / mitotic chromosome movement towards spindle pole / endoplasmic reticulum tubular network / astral microtubule organization / pre-miRNA export from nucleus / establishment of mitotic spindle localization / RNA nuclear export complex / snRNA import into nucleus / manchette / cellular response to mineralocorticoid stimulus / Transport of Ribonucleoproteins into the Host Nucleus / Regulation of cholesterol biosynthesis by SREBP (SREBF) / importin-alpha family protein binding / NS1 Mediated Effects on Host Pathways / NLS-dependent protein nuclear import complex / NLS-bearing protein import into nucleus / Apoptosis induced DNA fragmentation / nuclear localization sequence binding / Initiation of Nuclear Envelope (NE) Reformation / ribosomal protein import into nucleus / Rev-mediated nuclear export of HIV RNA / protein localization to nucleolus / Nuclear import of Rev protein / NEP/NS2 Interacts with the Cellular Export Machinery / GTP metabolic process / tRNA processing in the nucleus / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / nuclear import signal receptor activity / MicroRNA (miRNA) biogenesis / DNA metabolic process / mitotic metaphase chromosome alignment / dynein intermediate chain binding / mitotic sister chromatid segregation / ribosomal large subunit export from nucleus / spermatid development / mitotic spindle assembly / viral process / positive regulation of protein binding / sperm flagellum / nuclear pore / ribosomal subunit export from nucleus / ribosomal small subunit export from nucleus / centriole / protein export from nucleus / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / mitotic spindle organization / male germ cell nucleus / hippocampus development / Hsp90 protein binding / positive regulation of cholesterol biosynthetic process / Transcriptional regulation by small RNAs / recycling endosome / positive regulation of protein import into nucleus / small GTPase binding / ISG15 antiviral mechanism / specific granule lumen / cytoplasmic stress granule / protein import into nucleus / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / Interferon alpha/beta signaling / GDP binding / melanosome / nuclear envelope / mitotic cell cycle / G protein activity / actin cytoskeleton organization / midbody / nuclear membrane / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / ficolin-1-rich granule lumen / cadherin binding / protein heterodimerization activity / protein domain specific binding / cell division / GTPase activity / Neutrophil degranulation / chromatin binding / chromatin / GTP binding / protein-containing complex binding / nucleolus / enzyme binding / magnesium ion binding / protein-containing complex / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å

データ登録者

Ko, Y. / Cingolani, G.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of human importin beta-Ran-GTP heterodimer
著者: Ko, Y. / Cingolani, G.

履歴

登録	2024年4月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年10月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年10月8日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年10月8日	Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年10月8日	Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年10月8日	Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年10月8日	Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9baw.cif.gz	192.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9baw.ent.gz	149.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9baw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9baw_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9baw_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	9baw_validation.xml.gz	36.2 KB	表示
CIF形式データ	9baw_validation.cif.gz	54.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ba/9baw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ba/9baw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	44412MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#85 - 2007年1月インポーチン (Importins) 類似性 (21) #205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (17) #213 - 2017年9月サーチュイン (Sirtuins) 類似性 (1) #260 - 2021年8月リボヌクレアーゼP (Ribonuclease P) 類似性 (1) #88 - 2007年4月クラスリン (Clathrin) 類似性 (2) #56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (1) #165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (1) #62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (1) #98 - 2008年2月低分子干渉RNA (Small Interfering RNA) 類似性 (2) #99 - 2008年3月カドヘリン (Cadherin) 類似性 (2) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (2)

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PDBj /

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NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#85 - 2007年1月
インポーチン (Importins)
類似性 (21)
#205 - 2017年1月
核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex)
類似性 (17)
#213 - 2017年9月
サーチュイン (Sirtuins)
類似性 (1)
#260 - 2021年8月
リボヌクレアーゼP (Ribonuclease P)
類似性 (1)
#88 - 2007年4月
クラスリン (Clathrin)
類似性 (2)
#56 - 2004年8月
カスパーゼ (Caspases)
類似性 (1)
#165 - 2013年9月
人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages)
類似性 (1)
#62 - 2005年2月
主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex)
類似性 (1)
#98 - 2008年2月
低分子干渉RNA (Small Interfering RNA)
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#99 - 2008年3月
カドヘリン (Cadherin)
類似性 (2)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (2)

登録構造単位

A: Importin subunit beta-1

B: GTP-binding nuclear protein Ran

ヘテロ分子

117 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質	Importin subunit beta-1 / Importin-90 / Karyopherin subunit beta-1 / Nuclear factor p97 / Pore targeting complex 97 kDa subunit / PTAC97 分子量: 97323.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KPNB1, NTF97 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14974
#2: タンパク質	GTP-binding nuclear protein Ran / Androgen receptor-associated protein 24 / GTPase Ran / Ras-like protein TC4 / Ras-related nuclear protein 分子量: 19539.684 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAN, ARA24, OK/SW-cl.81 / Variant: Q69L / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P62826, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
#3: 化合物	ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE 分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₄P₃ / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: Importin Beta/RanGTP Heterodimer / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)	生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液	pH: 8
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2400 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm
撮影	電子線照射量: 50 e/Å² / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア

名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化

CTF補正

タイプ: NONE

3次元再構成

解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1567000 / 対称性のタイプ: POINT

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.003	8370
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.61	11362
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	12.87	3125
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.042	1308
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.005	1471

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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