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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8y38 | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Staphylococcus aureus 70S ribosome (strain 15B196) in complex with MCX-190. | ||||||
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![]() | RIBOSOME / ANTIBIOTIC | ||||||
機能・相同性 | ![]() large ribosomal subunit / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit ...large ribosomal subunit / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / RNA binding / zinc ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.58 Å | ||||||
![]() | Li, Y. / Lu, G. / Li, J. / Pei, X. / Lin, J. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Synthetic macrolides overcoming MLSK-resistant pathogens. 著者: Cong-Xuan Ma / Ye Li / Wen-Tian Liu / Yun Li / Fei Zhao / Xiao-Tian Lian / Jing Ding / Si-Meng Liu / Xie-Peng Liu / Bing-Zhi Fan / Li-Yong Liu / Feng Xue / Jian Li / Jue-Ru Zhang / Zhao Xue / ...著者: Cong-Xuan Ma / Ye Li / Wen-Tian Liu / Yun Li / Fei Zhao / Xiao-Tian Lian / Jing Ding / Si-Meng Liu / Xie-Peng Liu / Bing-Zhi Fan / Li-Yong Liu / Feng Xue / Jian Li / Jue-Ru Zhang / Zhao Xue / Xiao-Tong Pei / Jin-Zhong Lin / Jian-Hua Liang / ![]() 要旨: Conventional macrolide-lincosamide-streptogramin B-ketolide (MLSK) antibiotics are unable to counter the growing challenge of antibiotic resistance that is conferred by the constitutive methylation ...Conventional macrolide-lincosamide-streptogramin B-ketolide (MLSK) antibiotics are unable to counter the growing challenge of antibiotic resistance that is conferred by the constitutive methylation of rRNA base A2058 or its G2058 mutation, while the presence of unmodified A2058 is crucial for high selectivity of traditional MLSK in targeting pathogens over human cells. The absence of effective modes of action reinforces the prevailing belief that constitutively antibiotic-resistant Staphylococcus aureus remains impervious to existing macrolides including telithromycin. Here, we report the design and synthesis of a novel series of macrolides, featuring the strategic fusion of ketolide and quinolone moieties. Our effort led to the discovery of two potent compounds, MCX-219 and MCX-190, demonstrating enhanced antibacterial efficacy against a broad spectrum of formidable pathogens, including A2058-methylated Staphylococcus aureus, Streptococcus pneumoniae, Streptococcus pyogenes, and notably, the clinical Mycoplasma pneumoniae isolates harboring A2058G mutations which are implicated in the recent pneumonia outbreak in China. Mechanistic studies reveal that the modified quinolone moiety of MCX-190 establishes a distinctive secondary binding site within the nascent peptide exit tunnel. Structure-activity relationship analysis underscores the importance of this secondary binding, maintained by a sandwich-like π-π stacking interaction and a water-magnesium bridge, for effective engagement with A2058-methylated ribosomes rather than topoisomerases targeted by quinolone antibiotics. Our findings not only highlight MCX-219 and MCX-190 as promising candidates for next-generation MLSK antibiotics to combat antibiotic resistance, but also pave the way for the future rational design of the class of MLSK antibiotics, offering a strategic framework to overcome the challenges posed by escalating antibiotic resistance. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 3 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 38875MC ![]() 8y36C ![]() 8y37C ![]() 8y39C ![]() 39379 M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
+Large ribosomal subunit protein ... , 28種, 28分子 1234CDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ
-RNA鎖 , 3種, 3分子 ABa
#5: RNA鎖 | 分子量: 946121.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: 15B196 / 参照: GenBank: 1865318698 |
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#6: RNA鎖 | 分子量: 36974.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: 15B196 / 参照: GenBank: 1760048038 |
#31: RNA鎖 | 分子量: 500724.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: 15B196 / 参照: GenBank: 1747281577 |
-Small ribosomal subunit protein ... , 19種, 19分子 bcdefghijklmnopqrst
#32: タンパク質 | 分子量: 26588.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: 15B196 / 参照: UniProt: A0A2X2M020 |
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#33: タンパク質 | 分子量: 24143.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: 15B196 / 参照: UniProt: P66554 |
#34: タンパク質 | 分子量: 23051.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: 15B196 / 参照: UniProt: P66564 |
#35: タンパク質 | 分子量: 17770.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: 15B196 / 参照: UniProt: P66580 |
#36: タンパク質 | 分子量: 11613.146 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: 15B196 / 参照: UniProt: P66596 |
#37: タンパク質 | 分子量: 17826.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: 15B196 / 参照: UniProt: P66617 |
#38: タンパク質 | 分子量: 14854.315 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: 15B196 / 参照: UniProt: P66631 |
#39: タンパク質 | 分子量: 14642.725 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: 15B196 / 参照: UniProt: P66647 |
#40: タンパク質 | 分子量: 11598.503 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: 15B196 / 参照: UniProt: P66335 |
#41: タンパク質 | 分子量: 13907.978 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: 15B196 / 参照: UniProt: P66358 |
#42: タンパク質 | 分子量: 16813.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: 15B196 / 参照: UniProt: A0A133PZQ5 |
#43: タンパク質 | 分子量: 13747.919 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: 15B196 / 参照: UniProt: P66389 |
#44: タンパク質 | 分子量: 7317.769 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: 15B196 / 参照: UniProt: P66413 |
#45: タンパク質 | 分子量: 10634.330 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: 15B196 / 参照: UniProt: Q7A116 |
#46: タンパク質 | 分子量: 10253.886 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: 15B196 / 参照: UniProt: P66441 |
#47: タンパク質 | 分子量: 10196.888 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: 15B196 / 参照: UniProt: Q8NVB4 |
#48: タンパク質 | 分子量: 9332.018 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: 15B196 / 参照: UniProt: P66469 |
#49: タンパク質 | 分子量: 12319.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: 15B196 / 参照: UniProt: A0A133PYC3 |
#50: タンパク質 | 分子量: 9039.472 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: 15B196 / 参照: UniProt: Q7A0R9 |
-非ポリマー , 3種, 17分子 ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#51: 化合物 | ChemComp-A1D6G / 分子量: 969.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C50H72N4O15 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION | ||
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#52: 化合物 | ChemComp-MG / #53: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Staphylococcus aureus 70S ribosome (strain 15B196) in complex with MCX-190. タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#50 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
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解析
CTF補正 | タイプ: NONE |
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3次元再構成 | 解像度: 2.58 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 47560 / 対称性のタイプ: POINT |