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万見
- PDB-8ucj: CryoEM structure of Komagataella pastoris Cytochrome c oxidase (1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ucj
タイトルCryoEM structure of Komagataella pastoris Cytochrome c oxidase (11 subunits) in complex with human VMAT2
要素
  • (Cytochrome c oxidase subunit ...) x 11
  • Synaptic vesicular amine transporter
キーワードMEMBRANE PROTEIN / VMAT / SLC18 / vascular monoamine transporter / Cytochrome c oxidase-VMAT2 complex
機能・相同性
機能・相同性情報


serotonin secretion by mast cell / somato-dendritic dopamine secretion / histamine uptake / aminergic neurotransmitter loading into synaptic vesicle / neurotransmitter loading into synaptic vesicle / monoamine:proton antiporter activity / clathrin-sculpted monoamine transport vesicle membrane / Serotonin Neurotransmitter Release Cycle / serotonin:sodium:chloride symporter activity / Dopamine Neurotransmitter Release Cycle ...serotonin secretion by mast cell / somato-dendritic dopamine secretion / histamine uptake / aminergic neurotransmitter loading into synaptic vesicle / neurotransmitter loading into synaptic vesicle / monoamine:proton antiporter activity / clathrin-sculpted monoamine transport vesicle membrane / Serotonin Neurotransmitter Release Cycle / serotonin:sodium:chloride symporter activity / Dopamine Neurotransmitter Release Cycle / Norepinephrine Neurotransmitter Release Cycle / serotonin uptake / dopamine transport / monoamine transmembrane transporter activity / histamine secretion by mast cell / monoamine transport / dopaminergic synapse / respiratory chain complex IV / mitochondrial envelope / SLC-mediated transport of neurotransmitters / cytochrome-c oxidase / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / cytochrome-c oxidase activity / neurotransmitter transport / electron transport coupled proton transport / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / enzyme regulator activity / secretory granule membrane / response to amphetamine / post-embryonic development / locomotory behavior / response to toxic substance / terminal bouton / synaptic vesicle / synaptic vesicle membrane / chemical synaptic transmission / oxidoreductase activity / mitochondrial inner membrane / axon / intracellular membrane-bounded organelle / heme binding / dendrite / centrosome / mitochondrion / metal ion binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c oxidase, subunit VIIa, fungal / : / Cytochrome c oxidase, subunit VIa / Cytochrome c oxidase, subunit VIa superfamily / Cytochrome c oxidase subunit VIa / Cytochrome c oxidase, subunit VIb / : / Cytochrome c oxidase subunit VIIc / Cytochrome c oxidase subunit IV family / Cytochrome c oxidase, subunit VIb superfamily ...Cytochrome c oxidase, subunit VIIa, fungal / : / Cytochrome c oxidase, subunit VIa / Cytochrome c oxidase, subunit VIa superfamily / Cytochrome c oxidase subunit VIa / Cytochrome c oxidase, subunit VIb / : / Cytochrome c oxidase subunit VIIc / Cytochrome c oxidase subunit IV family / Cytochrome c oxidase, subunit VIb superfamily / Cytochrome c oxidase subunit VIIc superfamily / Cytochrome c oxidase subunit IV superfamily / Cytochrome c oxidase subunit VIIc / Cytochrome c oxidase subunit IV / Cytochrome oxidase c subunit VIb / Cytochrome c oxidase, subunit Va/VI / Cytochrome c oxidase, subunit Va/VI superfamily / Cytochrome c oxidase subunit Va / Cytochrome c oxidase subunit VII / Cytochrome c oxidase subunit VII / Cytochrome c oxidase, subunit Vb / Cytochrome c oxidase subunit III domain / Cytochrome c oxidase subunit Vb / Cytochrome c oxidase subunit Vb, zinc binding domain profile. / Cytochrome c oxidase, subunit Vb superfamily / Cytochrome c oxidase subunit I domain / Cytochrome c oxidase subunit III / Cytochrome c oxidase subunit III-like / Cytochrome c oxidase, subunit III, 4-helical bundle / Cytochrome c oxidase subunit III / Heme-copper oxidase subunit III family profile. / Cytochrome c oxidase subunit III-like superfamily / Cytochrome c oxidase, subunit I, copper-binding site / Heme-copper oxidase catalytic subunit, copper B binding region signature. / Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain / Cytochrome oxidase subunit I profile. / Cytochrome c oxidase subunit I / Cytochrome c oxidase-like, subunit I superfamily / Cytochrome C and Quinol oxidase polypeptide I / Major facilitator superfamily / Major Facilitator Superfamily / Major facilitator superfamily domain / Major facilitator superfamily (MFS) profile. / Coiled coil-helix-coiled coil-helix (CHCH) domain profile. / MFS transporter superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / DINUCLEAR COPPER ION / HEME-A / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSHOCHOLINE / PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / Cytochrome c oxidase subunit 9, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 8, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 7 / Cytochrome c oxidase subunit 13, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 4, mitochondrial ...COPPER (II) ION / DINUCLEAR COPPER ION / HEME-A / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSHOCHOLINE / PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / Cytochrome c oxidase subunit 9, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 8, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 7 / Cytochrome c oxidase subunit 13, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 4, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 6, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 5B / Cytochrome c oxidase subunit / Cytochrome c oxidase subunit 3 / Cytochrome c oxidase subunit 1 / Synaptic vesicular amine transporter
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Komagataella pastoris (菌類)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Ye, J. / Liu, B. / Li, W.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
American Heart AssociationEstablished Investigator Award 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: cryoEM structure of Komagataella pastoris Cytochrome c oxidase (11 subunits) in complex with human VMAT2
著者: Ye, J. / Liu, B. / Li, W.
履歴
登録2023年9月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月20日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Synaptic vesicular amine transporter
a: Cytochrome c oxidase subunit 1
b: Cytochrome c oxidase subunit 2
c: Cytochrome c oxidase subunit 3
d: Cytochrome c oxidase subunit 4
e: Cytochrome c oxidase subunit 5
f: Cytochrome c oxidase subunit 6
g: Cytochrome c oxidase subunit 7
h: Cytochrome c oxidase subunit 8
i: Cytochrome c oxidase subunit 9
j: Cytochrome c oxidase subunit 12
k: Cytochrome c oxidase subunit 13
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)260,87622
ポリマ－255,24412
非ポリマー5,63210
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Synaptic vesicular amine transporter


分子量: 55749.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLC18A2 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: Q05940

-
Cytochrome c oxidase subunit ... , 11種, 11分子 abcdefghijk

#2: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 1


分子量: 58857.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: F2R0K8
#3: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 2


分子量: 26886.889 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella pastoris (菌類)
#4: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 3


分子量: 30664.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: F2R0J6
#5: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 4


分子量: 16457.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: F2QT92
#6: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 5


分子量: 14719.576 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: F2QVW8
#7: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 6


分子量: 11851.136 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: F2QVA2
#8: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 7


分子量: 6573.613 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: F2QS38
#9: タンパク質・ペプチド Cytochrome c oxidase subunit 8


分子量: 5456.455 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: F2QRE4
#10: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 9


分子量: 6619.675 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: A0A1G4KPQ9
#11: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 12


分子量: 8890.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: F2QZ97
#12: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 13


分子量: 12518.038 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: F2QT90

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非ポリマー , 6種, 10分子

#13: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#14: 化合物 ChemComp-HEA / HEME-A


分子量: 852.837 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C49H56FeN4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#15: 化合物
ChemComp-PTY / PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE


分子量: 734.039 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H80NO8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM
#16: 化合物 ChemComp-CUA / DINUCLEAR COPPER ION


分子量: 127.092 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#17: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#18: 化合物 ChemComp-PCF / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSHOCHOLINE


分子量: 734.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H80NO8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Komagataella pastoris Cytochrome c oxidase (11 subunits) in complex with human VMAT2
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#12 / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量値: 0.246 MDa / 実験値: YES
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Homo sapiens (ヒト)9606
31Komagataella pastoris (菌類)4922
由来(組換発現)生物種: Komagataella pastoris (菌類)
緩衝液pH: 8
試料濃度: 5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 281 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 81000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
最高温度: 77 K / 最低温度: 63 K
撮影平均露光時間: 3 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4614
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV
画像スキャン横: 5760 / 縦: 4092

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC粒子像選択
2PHENIX1.18.2_3874:モデル精密化
3EPU画像取得
5cryoSPARCCTF補正
10cryoSPARC初期オイラー角割当
11cryoSPARC最終オイラー角割当
12cryoSPARC分類
13cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 141043 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00717126
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.15823298
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d17.0622476
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.072594
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.012856

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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