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- PDB-7zr1: Chaetomium thermophilum Mre11-Rad50-Nbs1 complex bound to ATPyS (... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zr1
タイトルChaetomium thermophilum Mre11-Rad50-Nbs1 complex bound to ATPyS (composite structure)
要素
  • DH domain-containing protein
  • Double-strand break repair protein
  • FHA domain-containing protein
キーワードHYDROLASE / DNA repair / complex / ATPase / coiled-coils
機能・相同性
機能・相同性情報


mitochondrial double-strand break repair via homologous recombination / Mre11 complex / meiotic DNA double-strand break formation / 加水分解酵素; 酸無水物に作用 / chromosome organization involved in meiotic cell cycle / single-stranded DNA endodeoxyribonuclease activity / double-stranded telomeric DNA binding / G-quadruplex DNA binding / 3'-5'-DNA exonuclease activity / single-stranded telomeric DNA binding ...mitochondrial double-strand break repair via homologous recombination / Mre11 complex / meiotic DNA double-strand break formation / 加水分解酵素; 酸無水物に作用 / chromosome organization involved in meiotic cell cycle / single-stranded DNA endodeoxyribonuclease activity / double-stranded telomeric DNA binding / G-quadruplex DNA binding / 3'-5'-DNA exonuclease activity / single-stranded telomeric DNA binding / telomere maintenance via recombination / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / telomere maintenance via telomerase / telomere maintenance / guanyl-nucleotide exchange factor activity / condensed nuclear chromosome / double-strand break repair via homologous recombination / double-strand break repair via nonhomologous end joining / double-strand break repair / manganese ion binding / site of double-strand break / chromosome / double-stranded DNA binding / damaged DNA binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / chromosome, telomeric region / ATP hydrolysis activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Mre11, capping domain / DNA repair protein Rad50, eukaryotes / Nibrin, second BRCT domain / Nibrin, second BRCT domain superfamily / Second BRCT domain on Nijmegen syndrome breakage protein / Nibrin-related / DNA double-strand break repair protein Mre11 / Mre11, DNA-binding / Mre11, capping domain / Mre11 DNA-binding presumed domain ...Mre11, capping domain / DNA repair protein Rad50, eukaryotes / Nibrin, second BRCT domain / Nibrin, second BRCT domain superfamily / Second BRCT domain on Nijmegen syndrome breakage protein / Nibrin-related / DNA double-strand break repair protein Mre11 / Mre11, DNA-binding / Mre11, capping domain / Mre11 DNA-binding presumed domain / Mre11 DNA-binding presumed domain / Mre11 nuclease, N-terminal metallophosphatase domain / SbcC/RAD50-like, Walker B motif / Rad50/SbcC-type AAA domain / AAA domain / Translation Initiation Factor IF3 / Forkhead associated domain / Forkhead-associated (FHA) domain profile. / Metallo-dependent phosphatases / FHA domain / Forkhead-associated (FHA) domain / Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2 / Dbl homology (DH) domain / Dbl homology (DH) domain profile. / SMAD/FHA domain superfamily / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase / Metallo-dependent phosphatase-like / BRCT domain superfamily / 4-Layer Sandwich / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / : / Double-strand break repair protein MRE11 / DNA repair and telomere maintenance protein NBS1 / DNA repair protein RAD50
類似検索 - 構成要素
生物種Thermochaetoides thermophila (菌類)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4 Å
データ登録者Bartho, J.D. / Rotheneder, M. / Stakyte, K. / Lammens, K. / Hopfner, K.P.
資金援助 ドイツ, 3件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)CRC1361 ドイツ
German Research Foundation (DFG)SFB1361 ドイツ
German Research Foundation (DFG)GRK1721 ドイツ
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2023
タイトル: Cryo-EM structure of the Mre11-Rad50-Nbs1 complex reveals the molecular mechanism of scaffolding functions.
著者: Matthias Rotheneder / Kristina Stakyte / Erik van de Logt / Joseph D Bartho / Katja Lammens / Yilan Fan / Aaron Alt / Brigitte Kessler / Christophe Jung / Wynand P Roos / Barbara ...著者: Matthias Rotheneder / Kristina Stakyte / Erik van de Logt / Joseph D Bartho / Katja Lammens / Yilan Fan / Aaron Alt / Brigitte Kessler / Christophe Jung / Wynand P Roos / Barbara Steigenberger / Karl-Peter Hopfner /
要旨: The DNA double-strand break repair complex Mre11-Rad50-Nbs1 (MRN) detects and nucleolytically processes DNA ends, activates the ATM kinase, and tethers DNA at break sites. How MRN can act both as ...The DNA double-strand break repair complex Mre11-Rad50-Nbs1 (MRN) detects and nucleolytically processes DNA ends, activates the ATM kinase, and tethers DNA at break sites. How MRN can act both as nuclease and scaffold protein is not well understood. The cryo-EM structure of MRN from Chaetomium thermophilum reveals a 2:2:1 complex with a single Nbs1 wrapping around the autoinhibited Mre11 nuclease dimer. MRN has two DNA-binding modes, one ATP-dependent mode for loading onto DNA ends and one ATP-independent mode through Mre11's C terminus, suggesting how it may interact with DSBs and intact DNA. MRNs two 60-nm-long coiled-coil domains form a linear rod structure, the apex of which is assembled by the two joined zinc-hook motifs. Apices from two MRN complexes can further dimerize, forming 120-nm spanning MRN-MRN structures. Our results illustrate the architecture of MRN and suggest how it mechanistically integrates catalytic and tethering functions.
履歴
登録2022年5月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月1日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.22023年12月13日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Double-strand break repair protein
B: Double-strand break repair protein
C: DH domain-containing protein
D: DH domain-containing protein
E: FHA domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)577,82813
ポリマ－576,5135
非ポリマー1,3158
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area25280 Å2
ΔGint-149 kcal/mol
Surface area135190 Å2
手法PISA

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要素

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タンパク質 , 3種, 5分子 ABCDE

#1: タンパク質 Double-strand break repair protein


分子量: 83036.273 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermochaetoides thermophila (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0007600 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: G0RYR3
#2: タンパク質 DH domain-containing protein


分子量: 152229.906 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermochaetoides thermophila (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0073630 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: G0SHW7
#3: タンパク質 FHA domain-containing protein


分子量: 105980.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermochaetoides thermophila (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0047880 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: G0SAV1

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非ポリマー , 3種, 8分子

#4: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-AGS / PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-GAMMA-S / ADENOSINE 5'-(3-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE 5'-(GAMMA-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE MONOTHIOPHOSPHATE / ATP-γ-S


分子量: 523.247 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O12P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
コメント: ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Chaetomium thermophilum Mre11-Rad50-Nbs1 complex bound to ATPyS
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum (菌類)
由来(組換発現)生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
緩衝液pH: 7.6
試料濃度: 0.27 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 43 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

EMソフトウェア名称: EPU / カテゴリ: 画像取得
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 288443 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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