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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7zq9 | |||||||||||||||
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タイトル | Dimeric PSI of Chlamydomonas reinhardtii at 2.74 A resolution (symmetry expanded) | |||||||||||||||
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![]() | PHOTOSYNTHESIS / green algae / dimeric PSI | |||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() photosynthesis, light harvesting / chloroplast thylakoid lumen / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / photosystem I reaction center / photosystem I / photosystem I / photosystem II / chlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem I / chloroplast thylakoid membrane ...photosynthesis, light harvesting / chloroplast thylakoid lumen / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / photosystem I reaction center / photosystem I / photosystem I / photosystem II / chlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem I / chloroplast thylakoid membrane / response to light stimulus / photosynthesis / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / electron transfer activity / magnesium ion binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.74 Å | |||||||||||||||
![]() | Naschberger, A. / Amunts, A. | |||||||||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Algal photosystem I dimer and high-resolution model of PSI-plastocyanin complex. 著者: Andreas Naschberger / Laura Mosebach / Victor Tobiasson / Sebastian Kuhlgert / Martin Scholz / Annemarie Perez-Boerema / Thi Thu Hoai Ho / André Vidal-Meireles / Yuichiro Takahashi / Michael ...著者: Andreas Naschberger / Laura Mosebach / Victor Tobiasson / Sebastian Kuhlgert / Martin Scholz / Annemarie Perez-Boerema / Thi Thu Hoai Ho / André Vidal-Meireles / Yuichiro Takahashi / Michael Hippler / Alexey Amunts / ![]() ![]() ![]() ![]() 要旨: Photosystem I (PSI) enables photo-electron transfer and regulates photosynthesis in the bioenergetic membranes of cyanobacteria and chloroplasts. Being a multi-subunit complex, its macromolecular ...Photosystem I (PSI) enables photo-electron transfer and regulates photosynthesis in the bioenergetic membranes of cyanobacteria and chloroplasts. Being a multi-subunit complex, its macromolecular organization affects the dynamics of photosynthetic membranes. Here we reveal a chloroplast PSI from the green alga Chlamydomonas reinhardtii that is organized as a homodimer, comprising 40 protein subunits with 118 transmembrane helices that provide scaffold for 568 pigments. Cryogenic electron microscopy identified that the absence of PsaH and Lhca2 gives rise to a head-to-head relative orientation of the PSI-light-harvesting complex I monomers in a way that is essentially different from the oligomer formation in cyanobacteria. The light-harvesting protein Lhca9 is the key element for mediating this dimerization. The interface between the monomers is lacking PsaH and thus partially overlaps with the surface area that would bind one of the light-harvesting complex II complexes in state transitions. We also define the most accurate available PSI-light-harvesting complex I model at 2.3 Å resolution, including a flexibly bound electron donor plastocyanin, and assign correct identities and orientations to all the pigments, as well as 621 water molecules that affect energy transfer pathways. | |||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 2.3 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein ... , 3種, 3分子 ABB2
#1: タンパク質 | 分子量: 83239.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P12154, photosystem I |
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#2: タンパク質 | 分子量: 82184.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P09144, photosystem I |
#20: タンパク質 | 分子量: 20637.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() |
-タンパク質 , 2種, 3分子 CLL2
#3: タンパク質 | 分子量: 8869.325 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: Q00914, photosystem I |
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#10: タンパク質 | 分子量: 20300.539 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: A8IL32 |
-Photosystem I reaction center subunit ... , 7種, 8分子 DEFGII2JK
#4: タンパク質 | 分子量: 21372.887 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: Q39615 | ||||
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#5: タンパク質 | 分子量: 10786.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P12352 | ||||
#6: タンパク質 | 分子量: 24088.936 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P12356 | ||||
#7: タンパク質 | 分子量: 13236.007 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P14224 | ||||
#8: タンパク質 | 分子量: 10586.388 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: A8IFG7 #9: タンパク質・ペプチド | | 分子量: 4645.372 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P59777 #11: タンパク質 | | 分子量: 11214.084 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P14225 |
-Chlorophyll a-b binding protein, ... , 8種, 10分子 1Z378456992
#12: タンパク質 | 分子量: 23923.205 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: Q05093 #13: タンパク質 | | 分子量: 32629.486 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: A8JF10 #14: タンパク質 | | 分子量: 26248.869 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: Q84Y02 #15: タンパク質 | | 分子量: 25948.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: Q75VY7 #16: タンパク質 | | 分子量: 28729.822 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: Q75VZ0 #17: タンパク質 | | 分子量: 28257.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: Q75VY8 #18: タンパク質 | | 分子量: 27812.373 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: Q75VY6 #19: タンパク質 | 分子量: 22867.277 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: A8ITV3 |
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-糖 , 2種, 35分子 ![](data/chem/img/LMU.gif)
![](data/chem/img/DGD.gif)
![](data/chem/img/DGD.gif)
#27: 糖 | ChemComp-LMU / #30: 糖 | ChemComp-DGD / | |
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-非ポリマー , 12種, 450分子 ![](data/chem/img/CL0.gif)
![](data/chem/img/CLA.gif)
![](data/chem/img/PQN.gif)
![](data/chem/img/LHG.gif)
![](data/chem/img/BCR.gif)
![](data/chem/img/SF4.gif)
![](data/chem/img/LMG.gif)
![](data/chem/img/LUT.gif)
![](data/chem/img/CHL.gif)
![](data/chem/img/XAT.gif)
![](data/chem/img/NEX.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
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![](data/chem/img/PQN.gif)
![](data/chem/img/LHG.gif)
![](data/chem/img/BCR.gif)
![](data/chem/img/SF4.gif)
![](data/chem/img/LMG.gif)
![](data/chem/img/LUT.gif)
![](data/chem/img/CHL.gif)
![](data/chem/img/XAT.gif)
![](data/chem/img/NEX.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#21: 化合物 | ChemComp-CL0 / | ||||||||||||||||||||
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#22: 化合物 | ChemComp-CLA / #23: 化合物 | #24: 化合物 | ChemComp-LHG / #25: 化合物 | ChemComp-BCR / #26: 化合物 | #28: 化合物 | ChemComp-LMG / #29: 化合物 | ChemComp-LUT / ( #31: 化合物 | ChemComp-CHL / #32: 化合物 | ChemComp-XAT / ( #33: 化合物 | #34: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Photosystem I dimer of Chlamydomonas reinhardtii / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: #1-#20 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 値: 0.7 MDa / 実験値: YES |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 5000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 45.8 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
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解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING ONLY |
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3次元再構成 | 解像度: 2.74 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 28346 / 対称性のタイプ: POINT |