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- PDB-7tos: E. coli 70S ribosomes bound with the ALS/FTD-associated dipeptide... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7tos
タイトルE. coli 70S ribosomes bound with the ALS/FTD-associated dipeptide repeat protein PR20
要素
  • (30S ribosomal protein ...) x 19
  • (50S ribosomal protein ...) x 30
  • (Ribosomal protein ...) x 3
  • 16S ribosomal RNA
  • 23S ribosomal RNA
  • 5S ribosomal RNA
  • PR20, ALS/FTD dipeptide repeat protein
キーワードRIBOSOME / ribosomal binding peptide / ALS/FTD-associated dipeptide repeat protein
機能・相同性
機能・相同性情報


DnaA-L2 complex / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / ribosome assembly / assembly of large subunit precursor of preribosome / cytosolic ribosome assembly / ribosomal large subunit assembly / mRNA 5'-UTR binding / large ribosomal subunit / regulation of translation / ribosomal small subunit assembly ...DnaA-L2 complex / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / ribosome assembly / assembly of large subunit precursor of preribosome / cytosolic ribosome assembly / ribosomal large subunit assembly / mRNA 5'-UTR binding / large ribosomal subunit / regulation of translation / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / response to antibiotic / mRNA binding / RNA binding / zinc ion binding / membrane / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L1, bacterial-type / Ribosomal protein L10, eubacterial, conserved site / Ribosomal protein L10 signature. / Ribosomal protein L10 / Ribosomal protein L1, conserved site / Ribosomal protein L1 signature. / Ribosomal protein L1 / Ribosomal protein L1, 3-layer alpha/beta-sandwich / Ribosomal protein L25, short-form / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid ...Ribosomal protein L1, bacterial-type / Ribosomal protein L10, eubacterial, conserved site / Ribosomal protein L10 signature. / Ribosomal protein L10 / Ribosomal protein L1, conserved site / Ribosomal protein L1 signature. / Ribosomal protein L1 / Ribosomal protein L1, 3-layer alpha/beta-sandwich / Ribosomal protein L25, short-form / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein L1-like / Ribosomal protein L1/ribosomal biogenesis protein / Ribosomal protein L1p/L10e family / Ribosomal protein L11, bacterial-type / Ribosomal protein L31 type A / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L11, conserved site / Ribosomal protein L11 signature. / Ribosomal protein L10-like domain superfamily / Ribosomal protein L16 signature 1. / Ribosomal protein L10 / Ribosomal protein L10P / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L11, N-terminal / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, C-terminal / Ribosomal protein L11, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11, RNA binding domain / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein S12, bacterial-type / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein S4, bacterial-type / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL15 / Small ribosomal subunit protein uS17 / 50S ribosomal protein L35 ...: / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL15 / Small ribosomal subunit protein uS17 / 50S ribosomal protein L35 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Small ribosomal subunit protein uS13 / 30S ribosomal protein S9 / 50S ribosomal protein L11 / 30S ribosomal protein S3 / Large ribosomal subunit protein uL5 / 50S ribosomal protein L1 / Small ribosomal subunit protein uS10 / 50S ribosomal protein L10 / 50S ribosomal protein L18 / 50S ribosomal protein L27 / 50S ribosomal protein L19 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein bL21 / 50S ribosomal protein L30 / 30S ribosomal protein S14 / 50S ribosomal protein L24 / Ribosomal protein S21 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein bL25 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS12 / 50S ribosomal protein L33 / 50S ribosomal protein L4 / 50S ribosomal protein L20 / 30S ribosomal protein S4 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Large ribosomal subunit protein uL13 / 50S ribosomal protein L32 / Large ribosomal subunit protein uL14 / 50S ribosomal protein L23 / Large ribosomal subunit protein bL31 / Large ribosomal subunit protein bL9
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Loveland, A.B. / Svidritskiy, E. / Susorov, D. / Lee, S. / Park, A. / Zvornicanin, S. / Demo, G. / Gao, F.B. / Korostelev, A.A.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
Other privateDan and Diane Riccio Fund for Neuroscience 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM107465 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM127094 米国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)R01NS101986 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Ribosome inhibition by C9ORF72-ALS/FTD-associated poly-PR and poly-GR proteins revealed by cryo-EM.
著者: Anna B Loveland / Egor Svidritskiy / Denis Susorov / Soojin Lee / Alexander Park / Sarah Zvornicanin / Gabriel Demo / Fen-Biao Gao / Andrei A Korostelev /
要旨: Toxic dipeptide-repeat (DPR) proteins are produced from expanded GC repeats in the C9ORF72 gene, the most common genetic cause of amyotrophic lateral sclerosis (ALS) and frontotemporal dementia (FTD). ...Toxic dipeptide-repeat (DPR) proteins are produced from expanded GC repeats in the C9ORF72 gene, the most common genetic cause of amyotrophic lateral sclerosis (ALS) and frontotemporal dementia (FTD). Two DPR proteins, poly-PR and poly-GR, repress cellular translation but the molecular mechanism remains unknown. Here we show that poly-PR and poly-GR of ≥20 repeats inhibit the ribosome's peptidyl-transferase activity at nanomolar concentrations, comparable to specific translation inhibitors. High-resolution cryogenic electron microscopy (cryo-EM) reveals that poly-PR and poly-GR block the polypeptide tunnel of the ribosome, extending into the peptidyl-transferase center (PTC). Consistent with these findings, the macrolide erythromycin, which binds in the tunnel, competes with poly-PR and restores peptidyl-transferase activity. Our results demonstrate that strong and specific binding of poly-PR and poly-GR in the ribosomal tunnel blocks translation, revealing the structural basis of their toxicity in C9ORF72-ALS/FTD.
履歴
登録2022年1月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年6月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L02: 50S ribosomal protein L2
L03: 50S ribosomal protein L3
L04: 50S ribosomal protein L4
L05: 50S ribosomal protein L5
L06: 50S ribosomal protein L6
L09: 50S ribosomal protein L9
L10: 50S ribosomal protein L10
L11: 50S ribosomal protein L11
L13: 50S ribosomal protein L13
L14: 50S ribosomal protein L14
L15: 50S ribosomal protein L15
L16: 50S ribosomal protein L16
L17: 50S ribosomal protein L17
L18: 50S ribosomal protein L18
L19: 50S ribosomal protein L19
L20: 50S ribosomal protein L20
L21: Ribosomal protein L21
L22: 50S ribosomal protein L22
L23: 50S ribosomal protein L23
L24: Ribosomal protein L24
L25: 50S ribosomal protein L25
L27: 50S ribosomal protein L27
L28: 50S ribosomal protein L28
L29: 50S ribosomal protein L29
L30: 50S ribosomal protein L30
L31: 50S ribosomal protein L31
L32: 50S ribosomal protein L32
L33: 50S ribosomal protein L33
L34: 50S ribosomal protein L34
L35: 50S ribosomal protein L35
L36: 50S ribosomal protein L36
S02: 30S ribosomal protein S2
S03: 30S ribosomal protein S3
S04: 30S ribosomal protein S4
S05: 30S ribosomal protein S5
S06: 30S ribosomal protein S6, non-modified isoform
S07: 30S ribosomal protein S7
S08: 30S ribosomal protein S8
S09: 30S ribosomal protein S9
S10: 30S ribosomal protein S10
S11: 30S ribosomal protein S11
S12: 30S ribosomal protein S12
S13: 30S ribosomal protein S13
S14: 30S ribosomal protein S14
S15: 30S ribosomal protein S15
S16: 30S ribosomal protein S16
S17: 30S ribosomal protein S17
S18: 30S ribosomal protein S18
S19: 30S ribosomal protein S19
S20: 30S ribosomal protein S20
S21: Ribosomal protein S21
L1: 50S ribosomal protein L1
16S: 16S ribosomal RNA
23S: 23S ribosomal RNA
5S: 5S ribosomal RNA
PR: PR20, ALS/FTD dipeptide repeat protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,170,36656
ポリマ－2,170,36656
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

+
50S ribosomal protein ... , 30種, 30分子 L02L03L04L05L06L09L10L11L13L14L15L16L17L18L19L20L22L23L25L27L28L29L30L31L32L33L34L35L36L1

#1: タンパク質 50S ribosomal protein L2 / Large ribosomal subunit protein uL2


分子量: 29663.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P60422
#2: タンパク質 50S ribosomal protein L3 / Large ribosomal subunit protein uL3


分子量: 22277.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P60438
#3: タンパク質 50S ribosomal protein L4


分子量: 22121.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: L3C159
#4: タンパク質 50S ribosomal protein L5


分子量: 20073.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A4P8BX24
#5: タンパク質 50S ribosomal protein L6


分子量: 18801.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: 4-2963531 / 参照: UniProt: A0A8E0IYC4
#6: タンパク質 50S ribosomal protein L9


分子量: 15789.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: V0YZK9
#7: タンパク質 50S ribosomal protein L10


分子量: 14112.345 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6C9HPD7
#8: タンパク質 50S ribosomal protein L11


分子量: 14763.165 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1X3L9Y5
#9: タンパク質 50S ribosomal protein L13


分子量: 16050.606 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: S1EW51
#10: タンパク質 50S ribosomal protein L14


分子量: 13451.910 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: S1NW45
#11: タンパク質 50S ribosomal protein L15


分子量: 14877.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A037Y8L6
#12: タンパク質 50S ribosomal protein L16 / Large ribosomal subunit protein uL16


分子量: 15312.269 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ADY7
#13: タンパク質 50S ribosomal protein L17


分子量: 13721.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A829CNM8
#14: タンパク質 50S ribosomal protein L18


分子量: 12663.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A7U9ARF9
#15: タンパク質 50S ribosomal protein L19


分子量: 13028.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A7U9BC41
#16: タンパク質 50S ribosomal protein L20


分子量: 13396.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: L3CCT0
#18: タンパク質 50S ribosomal protein L22 / Large ribosomal subunit protein uL22


分子量: 12253.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P61175
#19: タンパク質 50S ribosomal protein L23


分子量: 10546.472 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: V0YNZ1
#21: タンパク質 50S ribosomal protein L25


分子量: 10713.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D7XH79
#22: タンパク質 50S ribosomal protein L27


分子量: 8174.394 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A7U9BA03
#23: タンパク質 50S ribosomal protein L28


分子量: 8896.354 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1X3JA73
#24: タンパク質 50S ribosomal protein L29


分子量: 7286.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D6IEL0
#25: タンパク質 50S ribosomal protein L30


分子量: 6423.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A829DYV7
#26: タンパク質 50S ribosomal protein L31


分子量: 7516.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: V0YYV3
#27: タンパク質 50S ribosomal protein L32


分子量: 6332.249 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: S1FCH9
#28: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L33


分子量: 5814.842 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: L3BZQ9
#29: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L34


分子量: 5397.463 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B7MGC4
#30: タンパク質 50S ribosomal protein L35


分子量: 7181.835 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0E1M2J4
#31: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L36


分子量: 4377.390 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0E2L017
#52: タンパク質 50S ribosomal protein L1


分子量: 23735.498 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A4Y8DMK0

-
Ribosomal protein ... , 3種, 3分子 L21L24S21

#17: タンパク質 Ribosomal protein L21


分子量: 11586.374 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A829CSJ4
#20: タンパク質 Ribosomal protein L24


分子量: 11078.874 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A8E0FZY0
#51: タンパク質 Ribosomal protein S21


分子量: 7763.073 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A8E0HV98

-
30S ribosomal protein ... , 19種, 19分子 S02S03S04S05S06S07S08S09S10S11S12S13S14S15S16S17S18S19S20

#32: タンパク質 30S ribosomal protein S2


分子量: 25015.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C3TPN2
#33: タンパク質 30S ribosomal protein S3


分子量: 23078.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A376HTV6
#34: タンパク質 30S ribosomal protein S4


分子量: 23383.002 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: L3PZ69
#35: タンパク質 30S ribosomal protein S5


分子量: 16532.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F4TL26
#36: タンパク質 30S ribosomal protein S6, non-modified isoform


分子量: 11669.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02358
#37: タンパク質 30S ribosomal protein S7 / Small ribosomal subunit protein uS7


分子量: 16861.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02359
#38: タンパク質 30S ribosomal protein S8


分子量: 14015.361 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D8A1L7
#39: タンパク質 30S ribosomal protein S9


分子量: 14554.882 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1X3KYI7
#40: タンパク質 30S ribosomal protein S10


分子量: 11196.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A5B9AU26
#41: タンパク質 30S ribosomal protein S11


分子量: 12388.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: I2UH22
#42: タンパク質 30S ribosomal protein S12


分子量: 13636.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: I2UHF1
#43: タンパク質 30S ribosomal protein S13


分子量: 12625.753 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1X3KX08
#44: タンパク質 30S ribosomal protein S14


分子量: 11475.364 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A829E173
#45: タンパク質 30S ribosomal protein S15


分子量: 10159.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D7XN21
#46: タンパク質 30S ribosomal protein S16


分子量: 9207.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B7MIU7
#47: タンパク質 30S ribosomal protein S17


分子量: 9263.946 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A080IK26
#48: タンパク質 30S ribosomal protein S18


分子量: 7606.768 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E0J6I2
#49: タンパク質 30S ribosomal protein S19


分子量: 9057.626 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: S1EA57
#50: タンパク質 30S ribosomal protein S20


分子量: 9506.190 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C3TRH7

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RNA鎖 , 3種, 3分子 16S23S5S

#53: RNA鎖 16S ribosomal RNA


分子量: 498725.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 1338015391
#54: RNA鎖 23S ribosomal RNA


分子量: 941305.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 1036415628
#55: RNA鎖 5S ribosomal RNA


分子量: 38813.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 1370526515

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タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 PR

#56: タンパク質・ペプチド PR20, ALS/FTD dipeptide repeat protein


分子量: 5104.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: E. coli 70S ribosome bound with the ALS/FTD-associated dipeptide repeat protein PR20
タイプ: RIBOSOME / Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量値: 2.5 MDa / 実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
11Escherichia coli (大腸菌)562
21Homo sapiens (ヒト)9606
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影電子線照射量: 35 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refine1.18.2_3874精密化
PHENIX1.18.2_3874精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
4cisTEMCTF補正
10FREALIGN9.11初期オイラー角割当
11FREALIGN9.11最終オイラー角割当
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
3次元再構成解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 49219 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 118.39 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0027157962
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.6884235873
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.036630089
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.005212955
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d15.876661526

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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