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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7skw | |||||||||
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タイトル | Ab initio structure of triclinic lysozyme from electron-counted MicroED data | |||||||||
![]() | Lysozyme C | |||||||||
![]() | HYDROLASE | |||||||||
機能・相同性 | ![]() Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / endoplasmic reticulum / extracellular space / identical protein binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 電子線結晶学 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 0.87 Å | |||||||||
![]() | Martynowycz, M.W. / Clabbers, M.T.B. / Hattne, J. / Gonen, T. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Ab initio phasing macromolecular structures using electron-counted MicroED data. 著者: Michael W Martynowycz / Max T B Clabbers / Johan Hattne / Tamir Gonen / ![]() 要旨: Structures of two globular proteins were determined ab initio using microcrystal electron diffraction (MicroED) data that were collected on a direct electron detector in counting mode. Microcrystals ...Structures of two globular proteins were determined ab initio using microcrystal electron diffraction (MicroED) data that were collected on a direct electron detector in counting mode. Microcrystals were identified using a scanning electron microscope (SEM) and thinned with a focused ion beam (FIB) to produce crystalline lamellae of ideal thickness. Continuous-rotation data were collected using an ultra-low exposure rate to enable electron counting in diffraction. For the first sample, triclinic lysozyme extending to a resolution of 0.87 Å, an ideal helical fragment of only three alanine residues provided initial phases. These phases were improved using density modification, allowing the entire atomic structure to be built automatically. A similar approach was successful on a second macromolecular sample, proteinase K, which is much larger and diffracted to a resolution of 1.5 Å. These results demonstrate that macromolecules can be determined to sub-ångström resolution by MicroED and that ab initio phasing can be successfully applied to counting data. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 104.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 79.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 25184MC ![]() 7skxC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-NO3 / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子線結晶学 |
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EM実験 | 試料の集合状態: 3D ARRAY / 3次元再構成法: 電子線結晶学 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Lysozyme / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 値: 0.0144 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 4.7 |
試料 | 濃度: 5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: Milled microcrystals |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2 |
急速凍結 | 装置: LEICA PLUNGER / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-データ収集
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: DIFFRACTION / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: BASIC |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER 最高温度: 90 K / 最低温度: 77 K |
撮影 | 平均露光時間: 0.5 sec. / 電子線照射量: 0.001 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) Num. of diffraction images: 840 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1 詳細: 0.15 degrees per second, 0.5 second readout, 30 to -30 degrees |
画像スキャン | サンプリングサイズ: 28 µm / 横: 2048 / 縦: 2048 |
EM回折 | カメラ長: 1202 mm / Tilt angle list: -30,30 |
EM回折 シェル | 解像度: 0.87→0.9 Å / フーリエ空間範囲: 37.64 % / 多重度: 2.1 / 構造因子数: 2783 / 位相残差: 30 ° |
EM回折 統計 | フーリエ空間範囲: 87.58 % / 再高解像度: 0.87 Å / 測定した強度の数: 569407 / 構造因子数: 64974 / 位相誤差: 30 ° / 位相誤差の除外基準: None / Rmerge: 0.236 / Rsym: 0.073 |
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解析
ソフトウェア | 名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0267 / 分類: 精密化 / Contact author: Garib N. Murshudov / Contact author email: garib[at]mrc-lmb.cam.ac.uk / 日付: 2020-24-08 解説: (un)restrained refinement or idealisation of macromolecular structures | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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画像処理 | 詳細: Binned by 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
EM 3D crystal entity | ∠α: 88.319 ° / ∠β: 109.095 ° / ∠γ: 112.075 ° / A: 26.42 Å / B: 30.72 Å / C: 33.01 Å / 空間群名: P1 / 空間群番号: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度の算出法: DIFFRACTION PATTERN/LAYERLINES / 対称性のタイプ: 3D CRYSTAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 12.188 / プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: RECIPROCAL / Target criteria: Maximum likelihood | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 解像度: 0.87→19.876 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 1.263 / SU ML: 0.03 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.028 / ESU R Free: 0.028 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 12.188 Å2
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拘束条件 |
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