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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6sz9 | ||||||
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タイトル | Type IV Coupling Complex (T4CC) from L. pneumophila. | ||||||
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![]() | MEMBRANE PROTEIN / Protein Complex / Secretion / Secretion systems / Gram-negative bacteria / type 4 secretion system / T4SS / coupling protein / T4CC / DotL / DotM / DotN / DotY / DotZ | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | ||||||
![]() | Mace, K. / Meir, A. / Lukoyanova, N. / Waksman, G. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Mechanism of effector capture and delivery by the type IV secretion system from Legionella pneumophila. 著者: Amit Meir / Kevin Macé / Natalya Lukoyanova / David Chetrit / Manuela K Hospenthal / Adam Redzej / Craig Roy / Gabriel Waksman / ![]() ![]() ![]() 要旨: Legionella pneumophila is a bacterial pathogen that utilises a Type IV secretion (T4S) system to inject effector proteins into human macrophages. Essential to the recruitment and delivery of ...Legionella pneumophila is a bacterial pathogen that utilises a Type IV secretion (T4S) system to inject effector proteins into human macrophages. Essential to the recruitment and delivery of effectors to the T4S machinery is the membrane-embedded T4 coupling complex (T4CC). Here, we purify an intact T4CC from the Legionella membrane. It contains the DotL ATPase, the DotM and DotN proteins, the chaperone module IcmSW, and two previously uncharacterised proteins, DotY and DotZ. The atomic resolution structure reveals a DotLMNYZ hetero-pentameric core from which the flexible IcmSW module protrudes. Six of these hetero-pentameric complexes may assemble into a 1.6-MDa hexameric nanomachine, forming an inner membrane channel for effectors to pass through. Analysis of multiple cryo EM maps, further modelling and mutagenesis provide working models for the mechanism for binding and delivery of two essential classes of Legionella effectors, depending on IcmSW or DotM, respectively. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 246.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 189.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-タンパク質 , 5種, 5分子 ABCDE
#1: タンパク質 | 分子量: 87600.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: C-terminal Streptavidin tag 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: icmO, lpg0446 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 43858.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: icmP, lpg0445 / 発現宿主: ![]() ![]() |
#3: タンパク質 | 分子量: 23762.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: icmJ, lpg0455 / 発現宿主: ![]() ![]() |
#4: タンパク質 | 分子量: 33887.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: lpg1549 / 発現宿主: ![]() ![]() |
#5: タンパク質 | 分子量: 25550.957 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: lpg0294 / 発現宿主: ![]() ![]() |
-非ポリマー , 1種, 1分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
#6: 化合物 | ChemComp-ZN / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Coupling complex of the type IV secretion system / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#5 / 由来: RECOMBINANT | |||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 実験値: NO | |||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.175 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのタイプ: UltrAuFoil | |||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 94 % |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: OTHER |
撮影 | 電子線照射量: 54 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 48 |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 219593 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 2 / 対称性のタイプ: POINT |