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万見
- PDB-6sz9: Type IV Coupling Complex (T4CC) from L. pneumophila. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6sz9
タイトルType IV Coupling Complex (T4CC) from L. pneumophila.
要素
  • DotY
  • DotZ
  • IcmJ (DotN)
  • IcmO (DotL)
  • IcmP (DotM)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Protein Complex / Secretion / Secretion systems / Gram-negative bacteria / type 4 secretion system / T4SS / coupling protein / T4CC / DotL / DotM / DotN / DotY / DotZ
機能・相同性
機能・相同性情報


protein transport / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / : / : / TraD/TraG, TraM recognition site / : / TraM recognition site of TraD and TraG / : / HNH nucleases / HNH nuclease / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Type 4 apparatus protein DotZ / Type 4 apparatus protein DotN / Type 4 coupling protein DotL / Type 4 apparatus protein DotM / Type 4 apparatus protein DotY
類似検索 - 構成要素
生物種Legionella pneumophila (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Mace, K. / Meir, A. / Lukoyanova, N. / Waksman, G.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
European Research Council321630 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Mechanism of effector capture and delivery by the type IV secretion system from Legionella pneumophila.
著者: Amit Meir / Kevin Macé / Natalya Lukoyanova / David Chetrit / Manuela K Hospenthal / Adam Redzej / Craig Roy / Gabriel Waksman /
要旨: Legionella pneumophila is a bacterial pathogen that utilises a Type IV secretion (T4S) system to inject effector proteins into human macrophages. Essential to the recruitment and delivery of ...Legionella pneumophila is a bacterial pathogen that utilises a Type IV secretion (T4S) system to inject effector proteins into human macrophages. Essential to the recruitment and delivery of effectors to the T4S machinery is the membrane-embedded T4 coupling complex (T4CC). Here, we purify an intact T4CC from the Legionella membrane. It contains the DotL ATPase, the DotM and DotN proteins, the chaperone module IcmSW, and two previously uncharacterised proteins, DotY and DotZ. The atomic resolution structure reveals a DotLMNYZ hetero-pentameric core from which the flexible IcmSW module protrudes. Six of these hetero-pentameric complexes may assemble into a 1.6-MDa hexameric nanomachine, forming an inner membrane channel for effectors to pass through. Analysis of multiple cryo EM maps, further modelling and mutagenesis provide working models for the mechanism for binding and delivery of two essential classes of Legionella effectors, depending on IcmSW or DotM, respectively.
履歴
登録2019年10月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年5月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月27日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author
改定 1.22020年7月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32022年11月23日Group: Database references / カテゴリ: database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年7月10日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-10350
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: IcmO (DotL)
B: IcmP (DotM)
C: IcmJ (DotN)
D: DotZ
E: DotY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)214,7276
ポリマ－214,6615
非ポリマー651
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area18540 Å2
ΔGint-102 kcal/mol
Surface area55320 Å2
手法PISA

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要素

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タンパク質 , 5種, 5分子 ABCDE

#1: タンパク質 IcmO (DotL)


分子量: 87600.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: C-terminal Streptavidin tag
由来: (組換発現) Legionella pneumophila (バクテリア)
遺伝子: icmO, lpg0446 / 発現宿主: Legionella pneumophila (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5ZYC6
#2: タンパク質 IcmP (DotM)


分子量: 43858.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila (バクテリア)
遺伝子: icmP, lpg0445 / 発現宿主: Legionella pneumophila (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5ZYC7
#3: タンパク質 IcmJ (DotN)


分子量: 23762.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila (バクテリア)
遺伝子: icmJ, lpg0455 / 発現宿主: Legionella pneumophila (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5ZYB7
#4: タンパク質 DotZ


分子量: 33887.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila (バクテリア)
遺伝子: lpg1549 / 発現宿主: Legionella pneumophila (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5ZV91
#5: タンパク質 DotY


分子量: 25550.957 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila (バクテリア)
遺伝子: lpg0294 / 発現宿主: Legionella pneumophila (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5ZYR7

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非ポリマー , 1種, 1分子

#6: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Coupling complex of the type IV secretion system / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#5 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Legionella pneumophila (バクテリア)
由来(組換発現)生物種: Legionella pneumophila (バクテリア)
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
10.2 Msodium chlorideNaCl1
250 mMtris aminomethane hydrochlorideTris-HCl1
320 mMMagnesium sulfateMgSO41
41 mMEthylenediaminetetraacetic acidEDTA1
試料濃度: 0.175 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのタイプ: UltrAuFoil
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 94 %

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: OTHER
撮影電子線照射量: 54 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
画像スキャン動画フレーム数/画像: 48

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1Gautomatch0.56粒子像選択
2EPU画像取得
4CTFFIND4.1CTF補正
7Coot0.8.9.1モデルフィッティング
9RELION3初期オイラー角割当
11RELION3分類
12cryoSPARC2３次元再構成
13PHENIX1.14モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 219593 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 2 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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