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万見
- EMDB-71351: In situ structure of the sheathed FlaB flagellar filament in Vibr... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-71351
タイトルIn situ structure of the sheathed FlaB flagellar filament in Vibrio cholerae
マップデータFlagellin FlaB
試料
  • 細胞: Vibrio cholerae
    • タンパク質・ペプチド: Flagellin B
キーワードIn situ cryo-EM / sheathed flagellar filament / FlaB Vibrio cholerae. / MOTOR PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


bacterial-type flagellum / structural molecule activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Flagellin hook, IN motif / Flagellin hook IN motif / Flagellin, C-terminal domain, subdomain 2 / Flagellin, C-terminal domain / Bacterial flagellin C-terminal helical region / Flagellin / Flagellin, N-terminal domain / Bacterial flagellin N-terminal helical region
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Vibrio cholerae O1 biovar El Tor str. N16961 (コレラ菌) / Vibrio cholerae O1 biovar El Tor (コレラ菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.16 Å
データ登録者Wangbiao G / Rajeev K
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI087946 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI132818 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of the sheathed flagellum in intact Vibrio cholerae
著者: Wangbiao G / Sarah Z / Jian Y / Jin HP / Venus S / Shenping W / Karl EK / Fitnat Y / Jun L
履歴
登録2025年6月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年9月24日-
マップ公開2025年9月24日-
更新2025年9月24日-
現状2025年9月24日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_71351.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_71351.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 343 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Flagellin FlaB
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 448 pix.
= 478.464 Å		1.07 Å/pix.
x 448 pix.
= 478.464 Å		1.07 Å/pix.
x 448 pix.
= 478.464 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.068 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大-0.3721142 - 0.6502476
平均 (標準偏差)0.008101127 (±0.02990593)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ448448448
Spacing448448448
セルA=B=C: 478.464 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_71351_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Flagellin FlaB

ファイルemd_71351_half_map_1.map
注釈Flagellin FlaB
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Flagellin FlaB

ファイルemd_71351_half_map_2.map
注釈Flagellin FlaB
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Vibrio cholerae

全体名称: Vibrio cholerae (コレラ菌)
要素
  • 細胞: Vibrio cholerae
    • タンパク質・ペプチド: Flagellin B

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超分子 #1: Vibrio cholerae

超分子名称: Vibrio cholerae / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Vibrio cholerae O1 biovar El Tor str. N16961 (コレラ菌)

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分子 #1: Flagellin B

分子名称: Flagellin B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 33 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vibrio cholerae O1 biovar El Tor (コレラ菌)
分子量理論値: 39.553434 KDa
配列文字列: MAINVNTNVS AMTAQRYLNG AADGMQKSME RLSSGYKINS ARDDAAGLQI SNRLTSQSRG LDMAVKNAND GISIAQTAEG AMNETTNIL QRMRDLALQS SNGSNSSSER RAIQEEVSAL NDELNRIAET TSFGGNKLLN GSFGSKSFQI GADSGEAVML S MGSMRSDT ...文字列:
MAINVNTNVS AMTAQRYLNG AADGMQKSME RLSSGYKINS ARDDAAGLQI SNRLTSQSRG LDMAVKNAND GISIAQTAEG AMNETTNIL QRMRDLALQS SNGSNSSSER RAIQEEVSAL NDELNRIAET TSFGGNKLLN GSFGSKSFQI GADSGEAVML S MGSMRSDT QAMGGKSYRA QEGKAADWRV GAATDLTLSY TNKQGEAREV TINAKQGDDL EELATYINGQ TEDVKASVGE DG KLQLFAS SQKVNGDVTI GGGLGGEIGF DAGRNVTVAD VNVSTVAGSQ EAVSILDGAL KAVDSQRASL GAFQNRFGHA ISN LDNVNE NVNASRSRIR DTDYARETTA MTKAQILQQA STSVLAQAKQ SPSAALSLLG

UniProtKB: Flagellin B

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F30
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 70.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.6 µm
実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.16 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 468618
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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