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- EMDB-64219: CryoEM structure of the T.thermophilus transcription initiation c... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-64219
タイトルCryoEM structure of the T.thermophilus transcription initiation complex in the presence of Up4A
マップデータ
試料
  • 複合体: T.thermophilus transcription initiation complex in the presence of Up4A
    • 複合体: RNAP core enzyme
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
    • 複合体: RNAP subunit sigma A
      • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase sigma factor SigA
    • 複合体: DNA scaffold
      • DNA: template DNA strand
      • DNA: non-template DNA strand
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: CHAPSO
  • リガンド: ZINC ION
キーワードComplex / TRANSCRIPTION
機能・相同性
機能・相同性情報


sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed RNA polymerase / DNA-directed RNA polymerase activity / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding ...sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed RNA polymerase / DNA-directed RNA polymerase activity / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / DNA-directed RNA polymerase subunit beta', hybrid domain / RNA polymerase sigma factor RpoD, C-terminal / RNA polymerase sigma factor RpoD / : / RNA polymerase sigma-70 region 1.2 / Sigma-70 factor, region 1.2 / RNA polymerase sigma-70 region 3 / Sigma-70 region 3 / Sigma-70 factors family signature 2. ...: / DNA-directed RNA polymerase subunit beta', hybrid domain / RNA polymerase sigma factor RpoD, C-terminal / RNA polymerase sigma factor RpoD / : / RNA polymerase sigma-70 region 1.2 / Sigma-70 factor, region 1.2 / RNA polymerase sigma-70 region 3 / Sigma-70 region 3 / Sigma-70 factors family signature 2. / RNA polymerase sigma-70 / RNA polymerase sigma-70 region 4 / Sigma-70, region 4 / RNA polymerase sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma-70 like domain / Sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 3/4-like / DNA-directed RNA polymerase, omega subunit / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime, bacterial type / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase beta subunit external 1 domain / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase beta subunit, bacterial-type / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase I subunit A N-terminus / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / RNA polymerase sigma factor SigA / DNA-directed RNA polymerase subunit omega / DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / DNA-directed RNA polymerase subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.53 Å
データ登録者Duan W / Kaushik A / Serganov A
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM112904 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R21GM151508 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32 GM088118-09 米国
引用ジャーナル: Nat Chem Biol / 年: 2025
タイトル: Molecular basis for noncanonical transcription initiation from NpA alarmones.
著者: Wenqian Duan / Abhishek Kaushik / Ilona C Unarta / Yue Wu / Mengjie M J Liu / Jacob W Weaver / Bing Wang / William J Rice / Daniel J Luciano / Joel G Belasco / Xuhui Huang / Evgeny Nudler / Alexander Serganov /
要旨: Stress-induced dinucleoside tetraphosphates (NpNs, where N is adenosine, guanosine, cytosine or uridine) are ubiquitous in living organisms, yet their function has been largely elusive for over 50 ...Stress-induced dinucleoside tetraphosphates (NpNs, where N is adenosine, guanosine, cytosine or uridine) are ubiquitous in living organisms, yet their function has been largely elusive for over 50 years. Recent studies have revealed that RNA polymerase can influence the cellular lifetime of transcripts by incorporating these alarmones into RNA as 5'-terminal caps. Here we present structural and biochemical data that reveal the molecular basis of noncanonical transcription initiation from NpAs by Escherichia coli and Thermus thermophilus RNA polymerases. Our results show the influence of the first two nucleotide incorporation steps on capping efficiency and the different interactions of NpAs with transcription initiation complexes. These data provide critical insights into the substrate selectivity that dictates levels of Np capping in bacterial cells.
履歴
登録2025年4月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年10月22日-
マップ公開2025年10月22日-
更新2025年10月29日-
現状2025年10月29日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_64219.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_64219.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 400 pix.
= 330. Å		0.83 Å/pix.
x 400 pix.
= 330. Å		0.83 Å/pix.
x 400 pix.
= 330. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.825 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.105
最小 - 最大-0.38088876 - 1.0503595
平均 (標準偏差)0.0012855874 (±0.03601233)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 330.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_64219_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_64219_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : T.thermophilus transcription initiation complex in the presence o...

全体名称: T.thermophilus transcription initiation complex in the presence of Up4A
要素
  • 複合体: T.thermophilus transcription initiation complex in the presence of Up4A
    • 複合体: RNAP core enzyme
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
    • 複合体: RNAP subunit sigma A
      • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase sigma factor SigA
    • 複合体: DNA scaffold
      • DNA: template DNA strand
      • DNA: non-template DNA strand
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: CHAPSO
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: T.thermophilus transcription initiation complex in the presence o...

超分子名称: T.thermophilus transcription initiation complex in the presence of Up4A
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#7
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)

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超分子 #2: RNAP core enzyme

超分子名称: RNAP core enzyme / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)

+
超分子 #3: RNAP subunit sigma A

超分子名称: RNAP subunit sigma A / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #7
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)

+
超分子 #4: DNA scaffold

超分子名称: DNA scaffold / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #5-#6
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / Synthetically produced: Yes

+
分子 #1: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
分子量理論値: 35.056164 KDa
配列文字列: MLDSKLKAPV FTVRTQGREY GEFVLEPLER GFGVTLGNPL RRILLSSIPG TAVTSVYIED VLHEFSTIPG VKEDVVEIIL NLKELVVRF LNPSLQTVTL LLKAEGPKEV KARDFLPVAD VEIMNPDLHI ATLEEGGRLN MEVRVDRGVG YVPAEKHGIK D RINAIPVD ...文字列:
MLDSKLKAPV FTVRTQGREY GEFVLEPLER GFGVTLGNPL RRILLSSIPG TAVTSVYIED VLHEFSTIPG VKEDVVEIIL NLKELVVRF LNPSLQTVTL LLKAEGPKEV KARDFLPVAD VEIMNPDLHI ATLEEGGRLN MEVRVDRGVG YVPAEKHGIK D RINAIPVD AVFSPVRRVA FQVEDTRLGQ RTDLDKLTLR IWTDGSVTPL EALNQAVEIL REHLTYFSNP QAAAVAAPEE AK EPEAPPE QEEELDLPLE ELGLSTRVLH SLKEEGIESV RALLALNLKD LKNIPGIGER SLEEIKEALE KKGFTLKE

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

+
分子 #2: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
分子量理論値: 125.436539 KDa
配列文字列: MEIKRFGRIR EVIPLPPLTE IQVESYRRAL QADVPPEKRE NVGIQAAFRE TFPIEEEDKG KGGLVLDFLE YRLGEPPFPQ DECREKDLT YQAPLYARLQ LIHKDTGLIK EDEVFLGHIP LMTEDGSFII NGADRVIVSQ IHRSPGVYFT PDPARPGRYI A SIIPLPKR ...文字列:
MEIKRFGRIR EVIPLPPLTE IQVESYRRAL QADVPPEKRE NVGIQAAFRE TFPIEEEDKG KGGLVLDFLE YRLGEPPFPQ DECREKDLT YQAPLYARLQ LIHKDTGLIK EDEVFLGHIP LMTEDGSFII NGADRVIVSQ IHRSPGVYFT PDPARPGRYI A SIIPLPKR GPWIDLEVEP NGVVSMKVNK RKFPLVLLLR VLGYDQETLA RELGAYGELV QGLMDESVFA MRPEEALIRL FT LLRPGDP PKRDKAVAYV YGLIADPRRY DLGEAGRYKA EEKLGIRLSG RTLARFEDGE FKDEVFLPTL RYLFALTAGV PGH EVDDID HLGNRRIRTV GELMTDQFRV GLARLARGVR ERMLMGSEDS LTPAKLVNSR PLEAAIREFF SRSQLSQFKD ETNP LSSLR HKRRISALGP GGLTRERAGF DVRDVHRTHY GRICPVETPE GANIGLITSL AAYARVDELG FIRTPYRRVV GGVVT DEVV YMTATEEDRY TIAQANTPLE GNRIAAERVV ARRKGEPVIV SPEEVEFMDV SPKQVFSVNT NLIPFLEHDD ANRALM GSN MQTQAVPLIR AQAPVVMTGL EERVVRDSLA ALYAEEDGEV AKVDGNRIVV RYEDGRLVEY PLRRFYRSNQ GTALDQR PR VVVGQRVRKG DLLADGPASE NGFLALGQNV LVAIMPFDGY NFEDAIVISE ELLKRDFYTS IHIERYEIEA RDTKLGPE R ITRDIPHLSE AALRDLDEEG VVRIGAEVKP GDILVGRTSF KGESEPTPEE RLLRSIFGEK ARDVKDTSLR VPPGEGGIV VRTVRLRRGD PGVELKPGVR EVVRVYVAQK RKLQVGDKLA NRHGNKGVVA KILPVEDMPH LPDGTPVDVI LNPLGVPSRM NLGQILETH LGLAGYFLGQ RYISPIFDGA KEPEIKELLA QAFEVYFGKR KGEGFGVDKR EVEVLRRAEK LGLVTPGKTP E EQLKELFL QGKVVLYDGR TGEPIEGPIV VGQMFIMKLY HMVEDKMHAR STGPYSLITQ QPLGGKAQFG GQRFGEMEVW AL EAYGAAH TLQEMLTLKS DDIEGRNAAY EAIIKGEDVP EPSVPESFRV LVKELQALAL DVQTLDEKDN PVDIFEGLAS KR

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

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分子 #3: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
分子量理論値: 170.997391 KDa
配列文字列: MKKEVRKVRI ALASPEKIRS WSYGEVEKPE TINYRTLKPE RDGLFDERIF GPIKDYECAC GKYKRQRFEG KVCERCGVEV TKSIVRRYR MGHIELATPA AHIWFVKDVP SKIGTLLDLS ATELEQVLYF SKYIVLDPKG AILNGVPVEK RQLLTDEEYR E LRYGKQET ...文字列:
MKKEVRKVRI ALASPEKIRS WSYGEVEKPE TINYRTLKPE RDGLFDERIF GPIKDYECAC GKYKRQRFEG KVCERCGVEV TKSIVRRYR MGHIELATPA AHIWFVKDVP SKIGTLLDLS ATELEQVLYF SKYIVLDPKG AILNGVPVEK RQLLTDEEYR E LRYGKQET YPLPPGVDAL VKDGEEVVKG QELAPGVVSR LDGVALYRFP RRVRVEYVKK ERAGLRLPLA AWVEKEAYKP GE ILAELPE PYLFRAEEEG VVELKELEEG AFLVLRREDE PVATYFLPVG MTPLVVHGEI VEKGQPLAEA KGLLRMPRQV RAA QVEAEE EGETVYLTLF LEWTEPKDYR VQPHMNVVVP EGARVEAGDK IVAAIDPEEE VIAEAEGVVH LHEPASILVV KARV YPFED DVEVSTGDRV APGDVLADGG KVKSDVYGRV EVDLVRNVVR VVESYDIDAR MGAEAIQQLL KELDLEALEK ELLEE MKHP SRARRAKARK RLEVVRAFLD SGNRPEWMIL EAVPVLPPDL RPMVQVDGGR FATSDLNDLY RRLINRNNRL KKLLAQ GAP EIIIRNEKRM LQEAVDALLD NGRRGAPVTN PGSDRPLRSL TDILSGKQGR FRQNLLGKRV DYSGRSVIVV GPQLKLH QC GLPKRMALEL FKPFLLKKME EKGIAPNVKA ARRMLERQRD IKDEVWDALE EVIHGKVVLL NRAPTLHRLG IQAFQPVL V EGQSIQLHPL VCEAFNADFD GDQMAVHVPL SSFAQAEARI QMLSAHNLLS PASGEPLAKP SRDIILGLYY ITQVRKEKK GAGLEFATPE EALAAHERGE VALNAPIKVA GRETSVGRLK YVFANPDEAL LAVAHGIVDL QDVVTVRYMG KRLETSPGRI LFARIVAEA VEDEKVAWEL IQLDVPQEKN SLKDLVYQAF LRLGMEKTAR LLDALKYYGF TFSTTSGITI GIDDAVIPEE K KQYLEEAD RKLLQIEQAY EMGFLTDRER YDQILQLWTE TTEKVTQAVF KNFEENYPFN PLYVMAQSGA RGNPQQIRQL CG LRGLMQK PSGETFEVPV RSSFREGLTV LEYFISSHGA RKGGADTALR TADSGYLTRK LVDVTHEIVV READCGTTNY ISV PLFQPD EVTRSLRLRK RADIEAGLYG RVLAREVEVL GVRLEEGRYL SMDDVHLLIK AAEAGEIQEV PVRSPLTCQT RYGV CQKCY GYDLSMARPV SIGEAVGIVA AQSIGEPGTQ LTMRTFHTGG VAGAADITQG LPRVIELFEA RRPKAKAVIS EIDGV VRIE ETEEKLSVFV ESEGFSKEYK LPKEARLLVK DGDYVEAGQP LTRGAIDPHQ LLEAKGPEAV ERYLVEEIQK VYRAQG VKL HDKHIEIVVR QMMKYVEVTD PGDSRLLEGQ VLEKWDVEAL NERLIAEGKT PVAWKPLLMG VTKSALSTKS WLSAASF QN TTHVLTEAAI AGKKDELIGL KENVILGRLI PAGTGSDFVR FTQVVDQKTL KAIEEARKEA VEAKERPAAR RGVKREQP G KQA

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

+
分子 #4: DNA-directed RNA polymerase subunit omega

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit omega / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
分子量理論値: 11.533316 KDa
配列文字列:
MAEPGIDKLF GMVDSKYRLT VVVAKRAQQL LRHGFKNTVL EPEERPKMQT LEGLFDDPNA VTWAMKELLT GRLVFGENLV PEDRLQKEM ERLYPVEREE

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit omega

+
分子 #7: RNA polymerase sigma factor SigA

分子名称: RNA polymerase sigma factor SigA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
分子量理論値: 50.900594 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MMKKSKRKNA QAQEAQETEV LVQEEAEELP EFPEGEPDPD LEDPDLTLED DLLDLPEEGE GLDLEEEEE DLPIPKISTS DPVRQYLHEI GQVPLLTLEE EVELARKVEE GMEAIKKLSE ITGLDPDLIR EVVRAKILGS A RVRHIPGL ...文字列:
MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MMKKSKRKNA QAQEAQETEV LVQEEAEELP EFPEGEPDPD LEDPDLTLED DLLDLPEEGE GLDLEEEEE DLPIPKISTS DPVRQYLHEI GQVPLLTLEE EVELARKVEE GMEAIKKLSE ITGLDPDLIR EVVRAKILGS A RVRHIPGL KETLDPKTVE EIDQKLKSLP KEHKRYLHIA REGEAARQHL IEANLRLVVS IAKKYTGRGL SFLDLIQEGN QG LIRAVEK FEYKRRFKFS TYATWWIRQA INRAIADQAR TIRIPVHMVE TINKLSRTAR QLQQELGREP TYEEIAEAMG PGW DAKRVE ETLKIAQEPV SLETPIGDEK DSFYGDFIPD EHLPSPVDAA TQSLLSEELE KALSKLSERE AMVLKLRKGL IDGR EHTLE EVGAFFGVTR ERIRQIENKA LRKLKYHESR TRKLRDFLD

UniProtKB: RNA polymerase sigma factor SigA

+
分子 #5: template DNA strand

分子名称: template DNA strand / タイプ: dna / ID: 5 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
分子量理論値: 14.855575 KDa
配列文字列:
(DG)(DC)(DA)(DT)(DC)(DC)(DG)(DT)(DG)(DA) (DG)(DT)(DA)(DG)(DA)(DG)(DG)(DG)(DT)(DA) (DA)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DA) (DA)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DA)(DC)(DT) (DT) (DT)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA)(DA)(DG)

+
分子 #6: non-template DNA strand

分子名称: non-template DNA strand / タイプ: dna / ID: 6 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
分子量理論値: 14.863547 KDa
配列文字列:
(DC)(DT)(DT)(DG)(DA)(DC)(DA)(DA)(DA)(DA) (DG)(DT)(DG)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA)(DT)(DT) (DG)(DT)(DG)(DC)(DT)(DA)(DT)(DA)(DC) (DT)(DG)(DG)(DG)(DA)(DG)(DC)(DC)(DG)(DT) (DC) (DA)(DC)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DC)

+
分子 #8: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 3 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #9: CHAPSO

分子名称: CHAPSO / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 1 / 式: 1N7
分子量理論値: 631.884 Da
Chemical component information

ChemComp-1N7:
CHAPSO / 可溶化剤*YM

+
分子 #10: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 51.8 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.53 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 270845
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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