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- EMDB-47486: Cryo EM structure of pertussis toxin in complex with neutralizing... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-47486
タイトルCryo EM structure of pertussis toxin in complex with neutralizing Fab PERT-199
マップデータstructure of pertussis toxin in complex with neutralizing Fab PERT-199
試料
  • 複合体: pertussis toxin in complex with neutralizing Fab PERT-199
    • タンパク質・ペプチド: Pertussis toxin subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: Islet-activating protein S2
    • タンパク質・ペプチド: Pertussis toxin subunit 3
    • タンパク質・ペプチド: Pertussis toxin subunit 4
    • タンパク質・ペプチド: Pertussis toxin subunit 5
    • タンパク質・ペプチド: PERT-199 HC
    • タンパク質・ペプチド: PERT-199 LC
キーワードPTx / mAb / Whooping / TOXIN / TOXIN-Immune System complex
機能・相同性
機能・相同性情報


NAD+ poly-ADP-ribosyltransferase activity / toxin activity / host cell plasma membrane / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
Bordetella pertussis toxin B / Pertussis toxin, subunit S4 / Pertussis toxin, subunit S5 / Pertussis toxin S4 subunit / Pertussis toxin S5 subunit / Bordetella pertussis toxin B, subunit 2/3, C-terminal / Pertussis toxin, subunit 2 and 3, C-terminal domain / Bordetella pertussis toxin A / Pertussis toxin, subunit 1 / Aerolysin/Pertussis toxin domain ...Bordetella pertussis toxin B / Pertussis toxin, subunit S4 / Pertussis toxin, subunit S5 / Pertussis toxin S4 subunit / Pertussis toxin S5 subunit / Bordetella pertussis toxin B, subunit 2/3, C-terminal / Pertussis toxin, subunit 2 and 3, C-terminal domain / Bordetella pertussis toxin A / Pertussis toxin, subunit 1 / Aerolysin/Pertussis toxin domain / Aerolysin/Pertussis toxin (APT), N-terminal domain superfamily / Aerolysin/Pertussis toxin (APT) domain / Enterotoxin / C-type lectin fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Islet-activating protein S2 / Pertussis toxin subunit 3 / Pertussis toxin subunit 5 / Pertussis toxin subunit 4 / Pertussis toxin subunit 1
類似検索 - 構成要素
生物種Bordetella pertussis (百日咳菌) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Binshtein E / Crowe JE
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo EM structure of pertussis toxin in complex with neutralizing Fab PERT-199
著者: Binshtein E / Crowe JE
履歴
登録2024年10月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年10月29日-
マップ公開2025年10月29日-
更新2025年10月29日-
現状2025年10月29日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_47486.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_47486.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈structure of pertussis toxin in complex with neutralizing Fab PERT-199
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.82 Å/pix.
x 360 pix.
= 295.2 Å		0.82 Å/pix.
x 360 pix.
= 295.2 Å		0.82 Å/pix.
x 360 pix.
= 295.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.82 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大-0.0019130516 - 1.8251146
平均 (標準偏差)0.0011371219 (±0.023979021)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 295.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half Map A

ファイルemd_47486_half_map_1.map
注釈Half Map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half Map B

ファイルemd_47486_half_map_2.map
注釈Half Map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : pertussis toxin in complex with neutralizing Fab PERT-199

全体名称: pertussis toxin in complex with neutralizing Fab PERT-199
要素
  • 複合体: pertussis toxin in complex with neutralizing Fab PERT-199
    • タンパク質・ペプチド: Pertussis toxin subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: Islet-activating protein S2
    • タンパク質・ペプチド: Pertussis toxin subunit 3
    • タンパク質・ペプチド: Pertussis toxin subunit 4
    • タンパク質・ペプチド: Pertussis toxin subunit 5
    • タンパク質・ペプチド: PERT-199 HC
    • タンパク質・ペプチド: PERT-199 LC

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超分子 #1: pertussis toxin in complex with neutralizing Fab PERT-199

超分子名称: pertussis toxin in complex with neutralizing Fab PERT-199
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Bordetella pertussis (百日咳菌)

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分子 #1: Pertussis toxin subunit 1

分子名称: Pertussis toxin subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bordetella pertussis (百日咳菌)
分子量理論値: 30.005188 KDa
組換発現生物種: Bordetella pertussis (百日咳菌)
配列文字列: MRCTRAIRQT ARTGWLTWLA ILAVTAPVTS PAWADDPPAT VYRYDSRPPE DVFQNGFTAW GNNDNVLEHL TGRSCQVGSS NSAFVSTSS SRRYTEVYLE HRMQEAVEAE RAGRGTGHFI GYIYEVRADN NFYGAASSYF EYVDTYGDNA GRILAGALAT Y QSEYLAHR ...文字列:
MRCTRAIRQT ARTGWLTWLA ILAVTAPVTS PAWADDPPAT VYRYDSRPPE DVFQNGFTAW GNNDNVLEHL TGRSCQVGSS NSAFVSTSS SRRYTEVYLE HRMQEAVEAE RAGRGTGHFI GYIYEVRADN NFYGAASSYF EYVDTYGDNA GRILAGALAT Y QSEYLAHR RIPPENIRRV TRVYHNGITG ETTTTEYSNA RYVSQQTRAN PNPYTSRRSV ASIVGTLVRM APVVGACMAR QA ESSEAMA AWSERAGEAM VLVYYESIAY SF

UniProtKB: Pertussis toxin subunit 1

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分子 #2: Islet-activating protein S2

分子名称: Islet-activating protein S2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bordetella pertussis (百日咳菌)
分子量理論値: 24.856299 KDa
組換発現生物種: Bordetella pertussis (百日咳菌)
配列文字列: MPIDRKTLCH LLSVLPLALL GSHVARASTP GIVIPPQEQI TQHGSPYGRC ANKTRALTVA ELRGSGDLQE YLRHVTRGWS IFALYDGTY LGGEYGGVIK DGTPGGAFDL KTTFCIMTTR NTGQPATDHY YSNVTATRLL SSTNSRLCAV FVRSGQPVIG A CTSPYDGK ...文字列:
MPIDRKTLCH LLSVLPLALL GSHVARASTP GIVIPPQEQI TQHGSPYGRC ANKTRALTVA ELRGSGDLQE YLRHVTRGWS IFALYDGTY LGGEYGGVIK DGTPGGAFDL KTTFCIMTTR NTGQPATDHY YSNVTATRLL SSTNSRLCAV FVRSGQPVIG A CTSPYDGK YWSMYSRLRK MLYLIYVAGI SVRVHVSKEE QYYDYEDATF ETYALTGISI CNPGSSLC

UniProtKB: Islet-activating protein S2

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分子 #3: Pertussis toxin subunit 3

分子名称: Pertussis toxin subunit 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bordetella pertussis (百日咳菌)
分子量理論値: 25.01282 KDa
組換発現生物種: Bordetella pertussis (百日咳菌)
配列文字列: MLINNKKLLH HILPILVLAL LGMRTAQAVA PGIVIPPKAL FTQQGGAYGR CPNGTRALTV AELRGNAELQ TYLRQITPGW SIYGLYDGT YLGQAYGGII KDAPPGAGFI YRETFCITTI YKTGQPAADH YYSKVTATRL LASTNSRLCA VFVRDGQSVI G ACASPYEG ...文字列:
MLINNKKLLH HILPILVLAL LGMRTAQAVA PGIVIPPKAL FTQQGGAYGR CPNGTRALTV AELRGNAELQ TYLRQITPGW SIYGLYDGT YLGQAYGGII KDAPPGAGFI YRETFCITTI YKTGQPAADH YYSKVTATRL LASTNSRLCA VFVRDGQSVI G ACASPYEG RYRDMYDALR RLLYMIYMSG LAVRVHVSKE EQYYDYEDAT FQTYALTGIS LCNPAASIC

UniProtKB: Pertussis toxin subunit 3

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分子 #4: Pertussis toxin subunit 4

分子名称: Pertussis toxin subunit 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bordetella pertussis (百日咳菌)
分子量理論値: 16.566744 KDa
組換発現生物種: Bordetella pertussis (百日咳菌)
配列文字列:
MLRRFPTRTT APGQGGARRS RVRALAWLLA SGAMTHLSPA LADVPYVLVK TNMVVTSVAM KPYEVTPTRM LVCGIAAKLG AAASSPDAH VPFCFGKDLK RPGSSPMEVM LRAVFMQQRP LRMFLGPKQL TFEGKPALEL IRMVECSGKQ DCP

UniProtKB: Pertussis toxin subunit 4

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分子 #5: Pertussis toxin subunit 5

分子名称: Pertussis toxin subunit 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bordetella pertussis (百日咳菌)
分子量理論値: 14.513755 KDa
組換発現生物種: Bordetella pertussis (百日咳菌)
配列文字列:
MQRQAGLPLK ANPMHTIASI LLSVLGIYSP ADVAGLPTHL YKNFTVQELA LKLKGKNQEF CLTAFMSGRS LVRACLSDAG HEHDTWFDT MLGFAISAYA LKSRIALTVE DSPYPGTPGD LLELQICPLN GYCE

UniProtKB: Pertussis toxin subunit 5

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分子 #6: PERT-199 HC

分子名称: PERT-199 HC / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 14.149684 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
QAQLVESGGG VVQPGGSLRL SCAASKFTIS NDALHWVRQT PGKGLEWVAV ISHDGSNKYY AASVRGRFTV SRDNSQNTLY LQMSSLRAE DTAVYYCARE PYCRSTSCYL YGAAYYGLDV WGQGTTVTVS S

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分子 #7: PERT-199 LC

分子名称: PERT-199 LC / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.479811 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
DIVLTQSPGT LSLSPGERAT LSCRASRSLS SVYLAWYQQK PGQAPRLLIY GASSRATGIP DRFSGSGSGT DFTLTISSLK PEDSAVYFC QQYADSPLTF GGGTKVEIK

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 16142 / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 508875
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-9e3k:
Cryo EM structure of pertussis toxin in complex with neutralizing Fab PERT-199

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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