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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-4609 | |||||||||
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タイトル | Human Adenovirus type 3 fiber knob in complex with two copies of Desmoglein-2 | |||||||||
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![]() | virus receptor / adenovirus / vector / VIRAL PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | ![]() Purkinje myocyte development / bundle of His cell-Purkinje myocyte adhesion involved in cell communication / cell adhesive protein binding involved in bundle of His cell-Purkinje myocyte communication / desmosome organization / Keratinization / desmosome / Formation of the cornified envelope / cornified envelope / regulation of ventricular cardiac muscle cell action potential / Apoptotic cleavage of cell adhesion proteins ...Purkinje myocyte development / bundle of His cell-Purkinje myocyte adhesion involved in cell communication / cell adhesive protein binding involved in bundle of His cell-Purkinje myocyte communication / desmosome organization / Keratinization / desmosome / Formation of the cornified envelope / cornified envelope / regulation of ventricular cardiac muscle cell action potential / Apoptotic cleavage of cell adhesion proteins / adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / regulation of heart rate by cardiac conduction / intercalated disc / RHOG GTPase cycle / lateral plasma membrane / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / maternal process involved in female pregnancy / cell adhesion molecule binding / response to progesterone / cell-cell adhesion / cell junction / viral capsid / cell-cell junction / cell adhesion / apical plasma membrane / symbiont entry into host cell / intracellular membrane-bounded organelle / calcium ion binding / host cell nucleus / cell surface / extracellular exosome / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | |||||||||
![]() | Effantin G | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: CryoEM structure of adenovirus type 3 fibre with desmoglein 2 shows an unusual mode of receptor engagement. 著者: Emilie Vassal-Stermann / Gregory Effantin / Chloe Zubieta / Wim Burmeister / Frédéric Iseni / Hongjie Wang / André Lieber / Guy Schoehn / Pascal Fender / ![]() ![]() 要旨: Attachment of human adenovirus (HAd) to the host cell is a critical step of infection. Initial attachment occurs via the adenoviral fibre knob protein and a cellular receptor. Here we report the cryo- ...Attachment of human adenovirus (HAd) to the host cell is a critical step of infection. Initial attachment occurs via the adenoviral fibre knob protein and a cellular receptor. Here we report the cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of a <100 kDa non-symmetrical complex comprising the trimeric HAd type 3 fibre knob (HAd3K) and human desmoglein 2 (DSG2). The structure reveals a unique stoichiometry of 1:1 and 2:1 (DSG2: knob trimer) not previously observed for other HAd-receptor complexes. We demonstrate that mutating Asp261 in the fibre knob is sufficient to totally abolish receptor binding. These data shed new light on adenovirus infection strategies and provide insights for adenoviral vector development and structure-based design. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 28.6 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 12.2 KB 12.2 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 7.2 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 127.3 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 5.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.067 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Human Adenovirus type 3 fibre knob in complex with two copies of ...
全体 | 名称: Human Adenovirus type 3 fibre knob in complex with two copies of Desmoglein 2 |
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要素 |
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-超分子 #1: Human Adenovirus type 3 fibre knob in complex with two copies of ...
超分子 | 名称: Human Adenovirus type 3 fibre knob in complex with two copies of Desmoglein 2 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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分子量 | 理論値: 116 KDa |
-超分子 #2: Human Adenovirus type 3 fibre knob in complex with two copies of ...
超分子 | 名称: Human Adenovirus type 3 fibre knob in complex with two copies of Desmoglein 2 タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-超分子 #3: Desmoglein 2
超分子 | 名称: Desmoglein 2 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: Fiber protein
分子 | 名称: Fiber protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 21.025748 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: NNTLWTGPKP EANCIIEYGK QNPDSKLTLI LVKNGGIVNG YVTLMGASDY VNTLFKNKNV SINVELYFDA TGHILPDSSS LKTDLELKY KQTADFSARG FMPSTTAYPF VLPNAGTHNE NYIFGQCYYK ASDGALFPLE VTVMLNKRLP DSRTSYVMTF L WSLNAGLA ...文字列: NNTLWTGPKP EANCIIEYGK QNPDSKLTLI LVKNGGIVNG YVTLMGASDY VNTLFKNKNV SINVELYFDA TGHILPDSSS LKTDLELKY KQTADFSARG FMPSTTAYPF VLPNAGTHNE NYIFGQCYYK ASDGALFPLE VTVMLNKRLP DSRTSYVMTF L WSLNAGLA PETTQATLIT SPFTFSYIRE D UniProtKB: Fiber protein |
-分子 #2: Desmoglein-2
分子 | 名称: Desmoglein-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 25.055029 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: PVFTQDVFVG SVEELSAAHT LVMKINATDA DEPNTLNSKI SYRIVSLEPA YPPVFYLNKD TGEIYTTSVT LDREEHSSYT LTVEARDGN GEVTDKPVKQ AQVQIRILDV NDNIPVVENK VLEGMVEENQ VNVEVTRIKV FDADEIGSDN WLANFTFASG N EGGYFHIE ...文字列: PVFTQDVFVG SVEELSAAHT LVMKINATDA DEPNTLNSKI SYRIVSLEPA YPPVFYLNKD TGEIYTTSVT LDREEHSSYT LTVEARDGN GEVTDKPVKQ AQVQIRILDV NDNIPVVENK VLEGMVEENQ VNVEVTRIKV FDADEIGSDN WLANFTFASG N EGGYFHIE TDAQTNEGIV TLIKEVDYEE MKNLDFSVIV ANKAAFHKSI RSKYKPTPIP IKVKVK UniProtKB: Desmoglein-2 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | 位相板: VOLTA PHASE PLATE |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 35.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |