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基本情報
登録情報 | ![]() | ||||||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the purinergic receptor P2Y1R in complex with 2MeSADP and G11 | ||||||||||||||||||
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![]() | G protein-coupled receptor / purinergic receptor / P2Y1R / ligand binding / signal transduction / MEMBRANE PROTEIN | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() G protein-coupled ATP receptor activity / relaxation of muscle / G protein-coupled ADP receptor activity / P2Y receptors / G protein-coupled purinergic nucleotide receptor activity / positive regulation of inositol trisphosphate biosynthetic process / cellular response to purine-containing compound / positive regulation of penile erection / negative regulation of norepinephrine secretion / A1 adenosine receptor binding ...G protein-coupled ATP receptor activity / relaxation of muscle / G protein-coupled ADP receptor activity / P2Y receptors / G protein-coupled purinergic nucleotide receptor activity / positive regulation of inositol trisphosphate biosynthetic process / cellular response to purine-containing compound / positive regulation of penile erection / negative regulation of norepinephrine secretion / A1 adenosine receptor binding / positive regulation of monoatomic ion transport / glial cell migration / regulation of presynaptic cytosolic calcium ion concentration / G protein-coupled adenosine receptor signaling pathway / positive regulation of hormone secretion / signal transduction involved in regulation of gene expression / response to growth factor / cellular response to ATP / regulation of synaptic vesicle exocytosis / eating behavior / monoatomic ion transport / response to mechanical stimulus / presynaptic active zone membrane / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / blood vessel diameter maintenance / protein localization to plasma membrane / establishment of localization in cell / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / G-protein activation / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / cilium / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / Glucagon signaling in metabolic regulation / G beta:gamma signalling through CDC42 / platelet activation / ADP binding / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / G beta:gamma signalling through BTK / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / photoreceptor disc membrane / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Glucagon-type ligand receptors / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / G alpha (z) signalling events / cellular response to catecholamine stimulus / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / sensory perception of taste / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / cellular response to prostaglandin E stimulus / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / GPER1 signaling / G-protein beta-subunit binding / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / heterotrimeric G-protein complex / G alpha (12/13) signalling events / extracellular vesicle / signaling receptor complex adaptor activity / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / GTPase binding / retina development in camera-type eye / Ca2+ pathway / signaling receptor activity / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / regulation of cell shape / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / basolateral plasma membrane / G alpha (i) signalling events / cell body / fibroblast proliferation / G alpha (s) signalling events / scaffold protein binding / G alpha (q) signalling events / Ras protein signal transduction / postsynaptic membrane / Extra-nuclear estrogen signaling / cell population proliferation / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / cell surface receptor signaling pathway / postsynaptic density / positive regulation of protein phosphorylation / apical plasma membrane / protein heterodimerization activity / G protein-coupled receptor signaling pathway / lysosomal membrane / GTPase activity / glutamatergic synapse / synapse / dendrite / protein-containing complex binding / cell surface 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | ![]() | ||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | ||||||||||||||||||
![]() | Tan Q / Li B / Han S / Zhao Q / Wu B | ||||||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural insights into signal transduction of the purinergic receptors P2Y1R and P2Y12R. 著者: Beibei Li / Shuo Han / Mu Wang / Yu Yu / Limin Ma / Xiaojing Chu / Qiuxiang Tan / Qiang Zhao / Beili Wu / ![]() | ||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 59.6 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 22.7 KB 22.7 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 43.9 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 49.5 MB 49.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7xxhMC ![]() 7xxiC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.045 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_33503_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_33503_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : The purinergic receptor P2Y1R in complex with 2MeSADP, G11 and scfv16
全体 | 名称: The purinergic receptor P2Y1R in complex with 2MeSADP, G11 and scfv16 |
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要素 |
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-超分子 #1: The purinergic receptor P2Y1R in complex with 2MeSADP, G11 and scfv16
超分子 | 名称: The purinergic receptor P2Y1R in complex with 2MeSADP, G11 and scfv16 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #2-#5 / 詳細: scf16 was recombinantly expressed in sf9 cells |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 10 kDa/nm |
-分子 #1: P2Y purinoceptor 1
分子 | 名称: P2Y purinoceptor 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 46.296887 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: GAPTEVLWPA VPNGTDAAFL AGPGSSWGNS TVASTAAVSS SFKCALTKTG FQFYYLPAVY ILVFIIGFLG NSVAIWMFVF HMKPWSGIS VYMFNLALAD FLYVLTLPAL IFYYFNKTDW IFGDAMCKLQ RFIFHVNLYG SILFLTCISA HRYSGVVYPL K SLGRLKKK ...文字列: GAPTEVLWPA VPNGTDAAFL AGPGSSWGNS TVASTAAVSS SFKCALTKTG FQFYYLPAVY ILVFIIGFLG NSVAIWMFVF HMKPWSGIS VYMFNLALAD FLYVLTLPAL IFYYFNKTDW IFGDAMCKLQ RFIFHVNLYG SILFLTCISA HRYSGVVYPL K SLGRLKKK NAICISVLVW LIVVVAISPI LFYSGTGVRK NKTITCYDTT SDEYLRSYFI YSMCTTVAMF CVPLVLILGC YG LIVRALI YKDLDNSPLR RKSIYLVIIV LTVFAVSYIP FHVMKTMNLR ARLDFQTPAM CAFNDRVYAT YQVTRGLASL NSC VDPILY FLAGDTFRRR LSRATRKASR RSEANLQSKS EDMTLNILPE FKQNGDTSLE FLEVLFQGPG SWSHPQFEKG SGAG ASAGS WSHPQFEK UniProtKB: P2Y purinoceptor 1 |
-分子 #2: Guanine nucleotide-binding protein G(11) subunit alpha
分子 | 名称: Guanine nucleotide-binding protein G(11) subunit alpha タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 41.385281 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MGCTLSAEDK AAVERSKMID RNLRRDKRDA RRELKLLLLG TGESGKSTFI KQMRIIHGAG YSEEDKRGFT KLVYQNIFTA MQAMIRAME TLKILYKYEQ NKANALLIRE VDVEKVTTFE HQYVSAIKTL WEDPGIQECY DRRREYQLSD SAKYYLTDVD R IATLGYLP ...文字列: MGCTLSAEDK AAVERSKMID RNLRRDKRDA RRELKLLLLG TGESGKSTFI KQMRIIHGAG YSEEDKRGFT KLVYQNIFTA MQAMIRAME TLKILYKYEQ NKANALLIRE VDVEKVTTFE HQYVSAIKTL WEDPGIQECY DRRREYQLSD SAKYYLTDVD R IATLGYLP TQQDVLRVRV PTTGIIEYPF DLENIIFRMV DVGGQRSERR KWIHCFENVT SIMFLVALSE YDQVLVESDN EN RMEESKA LFRTIITYPW FQNSSVILFL NKKDLLEDKI LYSHLVDYFP EFDGPQRDAQ AAREFILKMF VDLNPDSDKI IYS HFTCAT DTENIRFVFA AVKDTILQLN LKEYNLV |
-分子 #3: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
分子 | 名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 38.245805 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MHHHHHHSEL DQLRQEAEQL KNQIRDARKA CADATLSQIT NNIDPVGRIQ MRTRRTLRGH LAKIYAMHWG TDSRLLVSAS QDGKLIIWD SYTTNKVHAI PLRSSWVMTC AYAPSGNYVA CGGLDNICSI YNLKTREGNV RVSRELAGHT GYLSCCRFLD D NQIVTSSG ...文字列: MHHHHHHSEL DQLRQEAEQL KNQIRDARKA CADATLSQIT NNIDPVGRIQ MRTRRTLRGH LAKIYAMHWG TDSRLLVSAS QDGKLIIWD SYTTNKVHAI PLRSSWVMTC AYAPSGNYVA CGGLDNICSI YNLKTREGNV RVSRELAGHT GYLSCCRFLD D NQIVTSSG DTTCALWDIE TGQQTTTFTG HTGDVMSLSL APDTRLFVSG ACDASAKLWD VREGMCRQTF TGHESDINAI CF FPNGNAF ATGSDDATCR LFDLRADQEL MTYSHDNIIC GITSVSFSKS GRLLLAGYDD FNCNVWDALK ADRAGVLAGH DNR VSCLGV TDDGMAVATG SWDSFLKIWN UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 |
-分子 #4: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
分子 | 名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 7.861143 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MASNNTASIA QARKLVEQLK MEANIDRIKV SKAAADLMAY CEAHAKEDPL LTPVPASENP FREKKFFCAI L UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 |
-分子 #5: scfv16
分子 | 名称: scfv16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 26.337307 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: DVQLVESGGG LVQPGGSRKL SCSASGFAFS SFGMHWVRQA PEKGLEWVAY ISSGSGTIYY ADTVKGRFTI SRDDPKNTLF LQMTSLRSE DTAMYYCVRS IYYYGSSPFD FWGQGTTLTV SSGGGGSGGG GSGGGGSDIV MTQATSSVPV TPGESVSISC R SSKSLLHS ...文字列: DVQLVESGGG LVQPGGSRKL SCSASGFAFS SFGMHWVRQA PEKGLEWVAY ISSGSGTIYY ADTVKGRFTI SRDDPKNTLF LQMTSLRSE DTAMYYCVRS IYYYGSSPFD FWGQGTTLTV SSGGGGSGGG GSGGGGSDIV MTQATSSVPV TPGESVSISC R SSKSLLHS NGNTYLYWFL QRPGQSPQLL IYRMSNLASG VPDRFSGSGS GTAFTLTISR LEAEDVGVYY CMQHLEYPLT FG AGTKLEL |
-分子 #6: 2-(methylsulfanyl)adenosine 5'-(trihydrogen diphosphate)
分子 | 名称: 2-(methylsulfanyl)adenosine 5'-(trihydrogen diphosphate) タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: 6AD |
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分子量 | 理論値: 473.293 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-6AD: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 2.0 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 / 構成要素 - 濃度: 2.0 mg/ml / 構成要素 - 式: 150mM / 構成要素 - 名称: sodium chloride |
グリッド | モデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blot for 1s. |
詳細 | This sample was monodisperse |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 9856 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 / 詳細: Images were collected in movie-mode |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |