+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | X-31 Hemagglutinin Precursor HA0 at pH 7.5 after reneutralization | |||||||||
![]() | Sharpened map of the X-31 influenza hemagglutinin precursor at neutral pH after reneutralization from low pH. | |||||||||
![]() |
| |||||||||
機能・相同性 | ![]() viral budding from plasma membrane / virion component / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | |||||||||
![]() | Garcia-Moro E / Rosenthal PB | |||||||||
資金援助 | ![]()
| |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Reversible structural changes in the influenza hemagglutinin precursor at membrane fusion pH. 著者: Eva Garcia-Moro / Jie Zhang / Lesley J Calder / Nick R Brown / Steven J Gamblin / John J Skehel / Peter B Rosenthal / ![]() 要旨: The subunits of the influenza hemagglutinin (HA) trimer are synthesized as single-chain precursors (HA0s) that are proteolytically cleaved into the disulfide-linked polypeptides HA1 and HA2. Cleavage ...The subunits of the influenza hemagglutinin (HA) trimer are synthesized as single-chain precursors (HA0s) that are proteolytically cleaved into the disulfide-linked polypeptides HA1 and HA2. Cleavage is required for activation of membrane fusion at low pH, which occurs at the beginning of infection following transfer of cell-surface-bound viruses into endosomes. Activation results in extensive changes in the conformation of cleaved HA. To establish the overall contribution of cleavage to the mechanism of HA-mediated membrane fusion, we used cryogenic electron microscopy (cryo-EM) to directly image HA0 at neutral and low pH. We found extensive pH-induced structural changes, some of which were similar to those described for intermediates in the refolding of cleaved HA at low pH. They involve a partial extension of the long central coiled coil formed by melting of the preexisting secondary structure, threading it between the membrane-distal domains, and subsequent refolding as extended helices. The fusion peptide, covalently linked at its N terminus, adopts an amphipathic helical conformation over part of its length and is repositioned and packed against a complementary surface groove of conserved residues. Furthermore, and in contrast to cleaved HA, the changes in HA0 structure at low pH are reversible on reincubation at neutral pH. We discuss the implications of covalently restricted HA0 refolding for the cleaved HA conformational changes that mediate membrane fusion and for the action of antiviral drug candidates and cross-reactive anti-HA antibodies that can block influenza infectivity. | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
添付画像 |
---|
-
ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 96.3 MB | ![]() | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 21.5 KB 21.5 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 10.6 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 78.7 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 103 MB | ![]() | |
その他 | ![]() ![]() | 80.8 MB 80.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-
マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Sharpened map of the X-31 influenza hemagglutinin precursor at neutral pH after reneutralization from low pH. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.08 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 2.
ファイル | emd_14744_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Half map 2. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 1.
ファイル | emd_14744_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Half map 1. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-
試料の構成要素
-全体 : X-31 Hemagglutinin Precursor (HA0)
全体 | 名称: X-31 Hemagglutinin Precursor (HA0) |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: X-31 Hemagglutinin Precursor (HA0)
超分子 | 名称: X-31 Hemagglutinin Precursor (HA0) / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 詳細: Uncleaved precursor form of the X-31 influenza hemagglutinin with the T4 fibritin foldon attached to the C-terminus. |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() |
-分子 #1: Hemagglutinin,Fibritin
分子 | 名称: Hemagglutinin,Fibritin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 詳細: T4 fibritin foldon attached to the C-terminal of HA0 as a trimerization domain. C-terminal His8-tag for protein purification.,T4 fibritin foldon attached to the C-terminal of HA0 as a ...詳細: T4 fibritin foldon attached to the C-terminal of HA0 as a trimerization domain. C-terminal His8-tag for protein purification.,T4 fibritin foldon attached to the C-terminal of HA0 as a trimerization domain. C-terminal His8-tag for protein purification.,T4 fibritin foldon attached to the C-terminal of HA0 as a trimerization domain. C-terminal His8-tag for protein purification.,T4 fibritin foldon attached to the C-terminal of HA0 as a trimerization domain. C-terminal His8-tag for protein purification.,T4 fibritin foldon attached to the C-terminal of HA0 as a trimerization domain. C-terminal His8-tag for protein purification.,T4 fibritin foldon attached to the C-terminal of HA0 as a trimerization domain. C-terminal His8-tag for protein purification.,T4 fibritin foldon attached to the C-terminal of HA0 as a trimerization domain. C-terminal His8-tag for protein purification.,T4 fibritin foldon attached to the C-terminal of HA0 as a trimerization domain. C-terminal His8-tag for protein purification. コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 62.027055 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: QDLPGNDNST ATLCLGHHAV PNGTLVKTIT DDQIEVTNAT ELVQSSSTGK ICNNPHRILD GIDCTLIDAL LGDPHCDVFQ NETWDLFVE RSKAFSNCYP YDVPDYASLR SLVASSGTLE FITEGFTWTG VTQNGGSNAC KRGPGSGFFS RLNWLTKSGS T YPVLNVTM ...文字列: QDLPGNDNST ATLCLGHHAV PNGTLVKTIT DDQIEVTNAT ELVQSSSTGK ICNNPHRILD GIDCTLIDAL LGDPHCDVFQ NETWDLFVE RSKAFSNCYP YDVPDYASLR SLVASSGTLE FITEGFTWTG VTQNGGSNAC KRGPGSGFFS RLNWLTKSGS T YPVLNVTM PNNDNFDKLY IWGIHHPSTN QEQTSLYVQA SGRVTVSTRR SQQTIIPNIG SRPWVRGLSS RISIYWTIVK PG DVLVINS NGNLIAPRGY FKMRTGKSSI MRSDAPIDTC ISECITPNGS IPNDKPFQNV NKITYGACPK YVKQNTLKLA TGM RNVPEK QTRGLFGAIA GFIENGWEGM IDGWYGFRHQ NSEGTGQAAD LKSTQAAIDQ INGKLNRVIE KTNEKFHQIE KEFS EVEGR IQDLEKYVED TKIDLWSYNA ELLVALENQH TIDLTDSEMN KLFEKTRRQL RENAEEMGNG CFKIYHKCDN ACIES IRNG TYDHDVYRDE ALNNRFQIKG GGRENLYFQG GGGSGYIPEA PRDGQAYVRK DGEWVLLSTF LGHHHHHHHH |
-分子 #6: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 6 / 式: NAG |
---|---|
分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-NAG: |
-分子 #7: octyl beta-D-glucopyranoside
分子 | 名称: octyl beta-D-glucopyranoside / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 3 / 式: BOG |
---|---|
分子量 | 理論値: 292.369 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-BOG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-
試料調製
濃度 | 0.45 mg/mL |
---|---|
緩衝液 | pH: 7 |
グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: OTHER |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: 4s blot. |
詳細 | Experiment performed on ice. 0.1% b-octyl glucoside was added. |
-
電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
特殊光学系 | エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-32 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 12786 / 平均露光時間: 8.0 sec. / 平均電子線量: 41.15 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD 最大 デフォーカス(公称値): 3.3000000000000003 µm 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 倍率(公称値): 130000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |